不久，贡禹又上书说：“臣贡禹本来年老贫穷，家产不满万钱，妻儿连粗粮都吃不饱，粗布衣服也不能蔽体，有130亩田地，陛下错爱征召臣，臣卖掉100亩地作为车马费来到长安。陛下任命臣为800石的谏议大夫，俸钱每月有9200钱。太官供给粮食，又蒙赏赐四季衣服和酒肉果品，患病有宫中侍医医治，对臣恩德深厚。陛下又任命臣为二千石的光禄大夫，俸钱达12，000钱，赏赐也越来越多，臣的生活越来越好，身份越来越尊贵，这真的不是草莽愚臣所能承受。臣私下认为无以回报陛下的厚恩，不禁日夜惭愧。臣已81岁，血气衰微，耳目不灵敏，对朝廷帮助不大，这就是所谓的尸位素餐、碌碌无为。如今我离家三千里，只有一个年仅12岁的儿子，没有为我准备棺椁的人，实在担心有一天突然倒下，不能再返回家乡，请允许臣乞骸骨退休回家。”

　　元帝回复说：“朕因为先生有伯夷的廉洁，史鱼的正直，奉守经义遵从古道，不迎合当世，孜孜不倦地为百姓着想，因此亲近先生，希望先生辅佐朕治理国家。一直没听说先生谈过家庭，现在突然提出要退休，是否有什么不满意的地方？还是和哪位官员意见冲突？此前我嘱咐金敞转告您，想录用您的儿子，现在才知道您的儿子还小。有朝廷保障先生的衣食住行，这不比有100个儿子还强吗？古话说‘君子怀德，小人怀土，为什么一定要思念故乡？’您要多吃饭，保养身体。”过了一个月，元帝任命贡禹为长信宫少府。不久，御史大夫陈万年去世，贡禹接替陈万年担任御史大夫，位列三公。

　　自从贡禹在位，多次谈论政事得失，上书数十次。贡禹认为古代百姓没有人头税（秦汉人头税分为口钱与算赋两类），但从汉武帝征伐四夷开始，加重对百姓的赋税，百姓生下孩子三岁就要出口钱，百姓苦不堪言，以至于生下孩子就杀死，实在令人痛心！应该让孩子七岁换牙后再出口钱，成年后20岁再缴纳算赋。

　　贡禹又谏言说，古代不用金钱作为货币，大家都致力于农业生产，因此有一夫不耕，就会有人挨饿的说法。现在朝廷铸钱，每年耗费在开山采铜铁的人力就有十万人以上，正常一个农夫可以养活七个人，那么就有70万人要因此挨饿。加上挖掘地下数百丈，挖去阴之精气，使得地藏空虚，不能含气出云。砍伐山林没有节制，造成水土流失，水旱灾害频发。从五铢钱兴起已经有70多年，百姓犯盗铸钱罪被判刑的很多，富人积钱满屋还是不满足，民心动摇，商贾求利，都不愿意种田缴纳赋税。农夫常年在外风吹日晒，手足长满老茧，不仅要缴纳赋税田租、禾稿税，还要服差役，负担非常沉重，迫使农夫弃农经商，耕田的人现在不到一半。即使将田地赐给贫民，他们也会由于负担太重把地贱卖，转而经商，穷困到极点就会变成盗贼。商业获利快，人们为了钱可以不择手段。痛恨工商业的危害就要断绝它的根源，应该废除开采珠玉金银、铸造钱币的官职，不再铸造钱币。市井也不要进行货物买卖，废除赋税以钱币缴纳的法律，赋税、官员的俸禄以布帛、谷物为主。让百姓专心务农，像古时一样。

　　贡禹还谏言把离宫及长乐宫卫士减去一半，裁撤官府奴婢以减轻徭役和赋税；宫中的近臣，从诸曹到侍中，其家属不得做买卖与民争利，有违反者免去官职，夺取爵位，不得再担任官职。针对汉武帝时为弥补国家用度不足，采用权宜之计，让犯罪者可以花钱赎罪，向国家缴纳粮食可以买官，造成天下追求奢侈，官场混乱，百姓贫困。贡禹认为应该废除这些制度，有贪赃枉法行为就要严厉处罚，不能仅仅免官了事。这样，人们就会争相为善，以孝敬父母，关爱兄弟为贵，看轻唯利是图者，推举真正的贤德之士和廉洁之人，天下必然由此而大治。

　　元帝采纳了贡禹部分建议，诏令百姓生下孩子七岁才出口钱，从此开始实行。又撤除上林苑不用的宫馆，裁撤建章宫、甘泉宫卫士，将郡国宗庙守护卫士裁减一半。其余建议虽未被采纳，但赞赏贡禹质朴正直的心意。

　　贡禹还上书想要废除郡国的宗庙，制定汉朝宗庙依次废除的礼仪，还没来得及实施，贡禹就因病去世，仅担任御史大夫几个月。元帝赐给他丧葬费上百万，并将他的儿子任命为郎官，后升任东郡都尉。贡禹去世后，元帝仍在思考他的建议，颁发诏书，撤除郡国的宗庙，并制定依次废除的礼仪。

　　贡禹以儒家道德为准则，多次向汉元帝上书抨击时弊，尤其针对皇室奢侈、赋税沉重，民生困苦等问题提出尖锐批评，体现了儒家士大夫的“清议”精神。虽然他废除货币等主张脱离现实，难以落地，但贡禹八十出仕，以残年燃尽孤忠，明知不可为而为之，他的清节与谏言，是西汉中期最动人的理想主义回响，虽未能力挽狂澜，却让后世知道：一个王朝的衰败，从不缺良药，缺的是服下良药的勇气与制度。