二月底，刘毅等将从广陵渡江，驻扎建康东边。刘裕引军驻扎玄武湖以北。呈两面攻击之势，留西、南两边允其撤退。

　　桓玄见刘裕围城，惶恐不安，忙命巫师占卜吉凶，卜得结果大不利于己，桓玄更是惊惧，遂有撤离建康之意。但在桓谦、卞范之的急切恳求下，桓玄同意分兵两万，出城驻扎，与主城做掎角之势。桓谦领一万驻东岭，卞范之领兵一万驻覆舟山以西，两军遥相呼应，与刘裕大军隔玄武湖对峙。

　　刘裕用刘穆之之计，提前遣羸弱之兵秘密绕过玄武湖登上覆舟山广植旌旗，做为疑兵。三月一日清晨，就在楚军忽见覆舟山上满是北府军旌旗，正在惊恐之际，刘裕却令军卒饱餐一顿，然后向湖中丢弃余粮，以示决死之心。他再把军队分成无数小队，数道并进，造成军容盛大之状。

　　而桓谦、卞范之所率的军卒，大半是北府旧军或原晋室之兵，他们都畏惧于刘裕的威名，有的甚至曾经就是刘裕麾下。此时见刘裕亲领大军前来，根本就无心作战。

　　刘裕大军来到覆舟山下之时，正好东南风大起，刘裕当机立断急忙下令火攻，玄武湖边、覆舟山下草木被燃，顺风火势大起，蔓延至卞范之军中，营内大乱，东岭的桓谦军众遥见西边军营火起，也开始骚动起来。

　　刘裕横槊立马，对着麾下士卒大声吼道：“将士们，我等兴义兵至此，前方是建康城，后面是玄武湖，往前便是建功立业，往后就会万劫不复，将士们我们有进无退，随我杀啊！”。

　　北府士卒群情激昂，士气如虹，紧紧跟随着主帅刘裕朝城外守军杀去，守军本无斗志，此时更是一触即溃，纷纷缴械投降。桓谦、卞范之在亲随的护卫下逃入城中。刘毅从广陵归来的军队此时也开始猛攻建康城东门。

　　其实自从刘裕驻军玄武湖北岸之时，桓玄便想逃跑，虽被众臣劝阻，表面上决定与刘裕决战，实际上暗中却让亲信殷仲文在石头城附近预留数艘大船，随时准备逃离。此时接到桓谦兵败的消息，更是不顾一切的仅率数千人，带着爱子桓升，以督战为名，从南掖门往城外逃离。桓谦等人逃回台城，寻不见桓玄，才得知桓玄已经出逃，他们俩来不及接走家眷，连忙追随着桓玄往石头城外江边赶去，幸好在开船之前赶上，随之沿江往逃往浔阳。此时离桓玄篡位称帝仅仅过去八十天。

　　主子逃走，建康守军更无斗志，纷纷归降，刘裕再得兵卒数万。刘裕进入建康后，命刘毅、何无忌率五万大军追击桓玄，自己留在建康稳定朝局。刘裕知道自己资历尚浅，在朝中毫无背景，于是声称获晋安帝密诏，以建康之战前投靠自己的新宁郡王司马遵为侍中、大将军，名义上承制百官。刘裕又命人焚烧桓温神主牌，并搜捕遗留在建康城中桓氏宗族、亲信，然后全部处决。

　　部下回报，桓玄的亲信司徒王谧逃离建康，刘裕一惊，随后想起当年王谧的种种恩惠，于是命司马遵亲自率人追蹑，半日后在横溪追上王谧，把他押往建康。

　　见到刘裕，王谧跪在地上，头也不敢抬，声泪俱下诉说着自己的罪过。刘裕不发一言，默默听着，半晌后沉声说道：“王公，裕年少之时承蒙你另眼相待，资助之恩我至今不敢忘，你寄人篱下，不得已投效桓玄之事就此揭过，当年你赠我五万钱，今时我保你半世富贵，况且朝廷再建，正需大臣，王公务必担当...”。

　　王谧原来以为自己助逆之事，必死无疑，听完刘裕之言，大喜过望，对刘裕感激涕零。随后他官复原职，仍任司徒，协理朝政。后来王谧子孙也都追随刘氏后人为官。

　　在王谧等大臣的推举下，刘裕出任使持节、征讨大都督、镇军将军、徐州刺史，都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事。正式开始朝权力的巅峰迈进。

　　刘裕在刘穆之的辅佐下，以身作则，先以威严约束宫廷内外，百官都认真供职，在二三日内，朝廷风气为之大变。

　　再说桓玄仓促逃离建康，粮草未曾带足，没两日就陷入“人无食、马无料”的窘境，身后刘毅、何无忌的追兵又正在逼近，桓玄坐在船头指天骂道：“上天，你为何急欲忘我桓玄啊！”，这时奴仆找来半碗糙米饭献上，桓玄不知是难以下咽，还是因为太饿狼吞虎咽的原因，竟然被噎住，年仅六岁的爱子桓升，抱住“父皇”抚摸其胸部，帮其顺气，并奶声奶语的出言安慰。桓玄见到爱子如此，再想到自己如今的境遇，悲从中来，哭的泪流满面。

　　数日后，桓玄终于到达浔阳，亲信江州刺史郭昶之赶到，并供给其物资及军队。桓玄逃亡数日，终于得到修整，可是没过几日，刘毅、何无忌便引军杀到。

　　何无忌先是击败了桓玄所派拦截自己的何詹之等军，攻陷湓口，然后与刘毅一起继续西进。桓玄无奈亲率大军迎击，两军在峥嵘洲相遇，当时桓玄军虽然有兵力优势，但桓玄却经常在船侧泛舟，预演败走时的动作，于是士众毫无斗志。在刘毅的进攻下楚军溃败，桓玄下令焚毁辎重乘夜逃走，郭铨遂向刘毅投降。桓玄抛下晋穆帝皇后何法倪及安帝皇后王神爱，只挟着晋安帝继续西走。桓玄亲信殷仲文见到桓玄败局以定，也生出叛离之心，于是以收集散卒为名移驻别船，脱离桓玄船队，再命人去浔阳城中接回两位皇后，往建康赶去。

　　桓玄浔阳兵败，亲信叛离，无奈领残兵，挟着晋安帝回到了江陵。

　　江陵乃荆州治所，桓氏的大本营，楚军在此有不小的力量，刘毅、何无忌数次作战均不能取胜，于是出现与荆州军对峙的局面。而桓玄也暂时安定了下来。

　　回到荆州后的桓玄依然摆出皇帝的派头，他在江陵重置百官，令卞范之为尚书仆射。荆州官员相继前来请安，上表慰问其起居，桓玄一概退回，让百官重新上表，称其为迁往新都，并不是败退江陵。桓玄不去思考自己丢掉江山的真正原因，反而自己“著书”起来，名为《起居注》，书中描写自己称帝之后，与刘裕逆贼作战的情况，把自己描写的算无遗策，无奈部下违背节度，才至失败。

　　听闻荆州久攻不下，刘裕命刘穆之留守建康，掌控朝政，自己则率大军朝荆州开去。

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　　慕容麟逃至邺城，得到其叔慕容德的收留，慕容麟不提自己曾经称帝之事，反而劝说慕容德仿效当年慕容垂反秦复燕之时自称燕王。而慕容德属下见时局如此，也早有劝其自立为帝的想法，麾下右将军慕容钟等人极力附和，劝进慕容德，于是慕容德在邺城自立为燕王。

　　慕容麟此举其实暗藏诡计，他明里劝慕容德称燕王，取得他的信任，暗中打算找机会，以讨逆之名除掉慕容德，然后兼并其众。此时拓跋珪的大军开始攻打邺城，慕容麟建言道：“北魏已经占领中山，现在乘胜攻打邺城，邺城虽有积蓄，但城池太大，不好固守，而且人心惊恐，所以邺城不能守，不如南下滑台，隔河阻击北魏军，再等待时机发兵渡河，河北之地可以光复。”。

　　慕容德认为言之有理，又见魏军势大，于是放弃邺城，渡过黄河来到滑台，于是后燕冀州之地尽被北魏所得。

　　当慕容德的大军渡过黄河前往滑台的途中，慕容麟突然发难，率领自己的亲兵猛攻慕容德大营，危机之时，恰好滑台守将慕容和率兵前来接应，内外夹击之下，慕容麟大败被擒，遂被慕容德斩于军中。

　　这位文武全才，却机关算尽、野心十足的后燕王爷终于结束了他兴风作浪的一生。

　　话说慕容宝怕叛逃出城的慕容麟逃回龙城据守，又见北魏大军再到，于是不顾劝阻带领众人往旧都赶去。谁知在路上并没有遇到慕容麟，反而遭到北魏游击军队的追击。在中山城寻求出战而不得，压抑已久的慕容隆，自领本部两千精兵断后，让慕容农护送慕容宝众人继续北上。

　　北魏游击将军，宗室拓跋题在冀州一代巡弋，忽见一支大军从中山出发，往北赶去。虽不知燕帝慕容宝就在军中，但是仍不肯放过这块肥肉，于是率军一路追击。

　　当北魏两万大军尾随来到白沟南岸时，天色已晚，拓跋题下令安营扎寨，准备天明后再进行追赶。深夜，疾行一日的北魏军在疲惫中进入梦乡，营寨内鼾声四起。慕容隆带领部下悄悄过河，潜至魏营旁，然后一声令下，燕军利用北风放火烧营，并发起猛烈进攻。魏军营帐纷纷起火，又见燕军骑兵大至，顿时大乱。拓跋题正在睡觉，忽听营中大乱，甲胄未及穿上，便赤脚跑出帐外查看，正好与直奔大帐的慕容隆相遇。慕容隆二话不说，提枪来刺，拓跋题绕帐逃命，被慕容隆追上，一枪刺死。燕军对营中刚刚惊醒，不明所以的魏军大肆砍杀，此役燕军共斩杀魏军一万余人，慕容隆亲手击毙宗室、游击将军拓跋题。

　　慕容隆取得大胜，仍然愤愤不平道：“中山城中吾有精兵数万，而不能出城杀敌，今日虽然大捷，仍不能解我心头之恨。”。

　　不日，慕容宝的军队来到蓟城郊外，与前来接应的长子慕容会相遇。慕容会自幼才能出众，深得祖父慕容垂的喜爱，慕容垂对他一直用心栽培。两年前征讨北魏之时，更是让他换回龙城的慕容隆，希望增加他在旧都的人脉，并建议慕容宝继位后，能立其为太子。而慕容宝却喜爱幼子慕容策，没有听从父亲当年的建议，因此慕容宝、慕容会父子二人嫌隙一直颇深。

　　自此北魏大军攻打冀州，慕容宝就传令慕容会从龙城引兵来援，可是慕容会一直拖延，三个月只行军到蓟城。父子此时相见，面对慕容宝的斥责，慕容会一脸不屑，并透露出厌恶之感，而且也不对父皇兵败出言安慰。

　　慕容宝对兄弟慕容隆、慕容农等人说道：“朕观此子并非善类，将来很可能会变成另一个慕容麟，如不早除恐有祸端！”。

　　慕容隆等人闻言大惊道：“陛下怎会有如此想法，河间公年纪尚幼，年轻气盛而已，况且国家有难，他不辞辛劳，千里奔赴而来，已是不易，陛下不必担心，我等长辈自会经常劝导。”。

　　慕容宝闻言叹息道：“尔等仁慈之心，希望他日不要反受其害！”。

　　第二日，慕容宝收了慕容会的兵权，分给慕容隆与慕容农统领。慕容会十分不服，他手下的将领更是气愤难当，纷纷来到慕容宝的大帐，跪请道：“河间公资质神武，应变的谋略超过常人，我们与主公誓同生死，因为感念公爷的恩惠，所以勇气倍增。请陛下与皇太子、诸王爷就住在蓟城的行宫，派河间公统领我们向魏军进攻，解除京城的围困后，就迎接陛下还都。”。

　　谁知众将此举更增加慕容宝的猜忌之心，属下官员也乘机言道：“河间公因为当不上太子，神色不满。而且他的才能与武力又超过常人，很善于收买人心，陛下如果答应这些人的请求，我们恐怕解除中山之围后，就一定会有春秋时卫辄那样自己继承王位，却拒绝父亲回国的事发生。”。

　　慕容宝于是遣人对慕容会的众将言道：“河间公年纪还小，他的才干也赶不上慕容农、慕容隆二王，怎可承担自己单独带兵征战的大任！况且朕正要亲自统率六军，非常需要依靠河间公作为助手，怎可舍得其离我左右！”。

　　慕容会麾下众人甚是不满，侍御史仇尼归私下对慕容会说：“主公您所依仗的是自己的父亲，但您的父亲现在已另有打算；您所依仗的是军队，但是军队也已经不在您的手里。您还打算到什么地方，依仗什么容身呢？我看您不如诛杀慕容农、慕容隆两位亲王，再废黜太子，您自己处于东宫的位置兼任宰相、大将军之职，以此来匡扶社稷，这才是上策。”。

　　慕容会听完犹豫不决，恰巧第二日，军事会议中因为意见不同，慕容会遭到了其叔父慕容隆、慕容农的大加训斥，心中恼怒，于是就决定听从史仇尼归的建议。

　　当晚，慕容会佯装设宴款待慕容隆、慕容农两位叔父，席间突然发难，史仇尼归率亲卫从幕后杀出，一刀砍死了尚在惊愕中的慕容隆，可惜一代名将，就此丧命。慕容农反应及时，但后背仍然中了一刀，幸好未曾丧命，他跑出帐外，抢了一匹快马，向营外深山之中逃奔，慕容会遣人追击而去。

　　第二日，慕容会拜见慕容宝，声称两叔父谋反，已被自己格杀，众人听到后，惊恐异常，燕帝慕容宝当然知道是怎么回事，面色一变之下，隐忍下来，随后安抚慕容会，令其退出。

　　夜里，慕容农悄悄逃回营地，来到慕容宝的大帐，诉说事情原委。得知慕容农返回，慕容会知道事情败露，于是孤注一掷，领兵攻打慕容宝大营，慕容宝率军北逃二百里，终于赶到故都龙城。到达龙城后，立即下令城中军队迎击慕容会。

　　慕容会战败，士卒损失惨重，但仍驻扎城外，威胁龙城。慕容会遣人送书至慕容宝处，让其诛杀身边奸佞之人，立自己为太子，慕容宝大怒。夜里，慕容宝近臣高句丽人高云，率两百人的敢死队，秘密遣往慕容会大营，发动袭击，慕容会营中大乱，城内军队，乘机杀出，慕容会更是一败涂地，逃往中山，后被当时称帝的慕容详所杀，而由于高云的英勇表现，被慕容宝收为义子，改名慕容云。

　　慕容宝在龙城站稳脚跟之后，又念念不忘恢复河北之地，正好身在滑台的慕容德遣人送来书信，相约两面夹击北魏，恢复故地。

　　慕容宝大喜，忙点兵准备出征，而后燕经过一系列的外患内乱，军心厌战，都不愿出征，慕容盛劝道：“我军将士都很疲乏，魏军才平定中原不久，正处于新胜之势，我军应当养精蓄锐，等待他们的变故，时机成熟之后，再图出兵。”。

　　而抚军将军慕舆腾却进谏道：“现在大军已经聚集，应当利用刚刚平定叛乱的机会以完成进取的功业。世人皆可共享富贵，却不愿承担创业的艰辛，陛下乃是英主，应乾纲独断，不应到处征求意见，以致延误军机大事。”。

　　慕容宝听到吹捧，心中大喜，顿时信心满满的说道：“朕意已决，即日发兵，敢谏者斩！”。

　　于是慕容宝命太子慕容策镇守龙城，任用慕舆腾担任前军大司马，慕容农带领中军，自己亲领后军，共计五万大军开始南征。

　　当大军在途经乙连城时，后军将领，段速骨、宋赤眉等人不愿再南下征战，发动兵变，杀了乐浪威王慕容宙、中牟公段谊以及宗室诸王，拥立慕容隆的儿子、高阳王慕容崇为主，只有河间王慕容熙因为与慕容崇关系好而幸免。慕容宝逃到了慕容农的营地并跟慕舆腾会合，打算整顿兵马剿灭叛将，但大军本来就没战胜北魏的信心，经此一乱纷纷溃散。慕容盛听说发生了兵变就自己带兵接走了慕容宝和慕容农，三人一起返回了龙城。

　　后燕尚书兰汗暗中串通叛军，集结大军在龙城东侧驻扎以隔岸观火，并欺骗慕容农说叛军要与他和谈，引诱他来到段速骨那里，然后就地擒获。慕容盛不得已，自己招募大量敢死队守城，击退了段速骨的几次进攻，段速骨只得押着慕容农在城下巡游，慕容农素有忠节威名，守城士兵都以他为榜样，忽见他在城下，无不惊愕丧气，遂皆逃溃，龙城因此沦陷。段速骨的部队大部分是被裹胁的乌合之众，他们在城中大杀大抢，死者枕籍。慕容宝、慕容盛、慕舆腾仅带领少数轻骑突围出城，向南投奔慕容德。

　　兰汗入城后，先是诱杀了段速骨，并处死慕容农，立太子慕容策为帝，然后自己任太师，掌握朝政。后来听闻慕容宝、慕容盛一行人从南边归来，就声称自己是平叛功臣，假意迎慕容宝归国，然后设伏兵杀之，可惜慕容宝登基三年，一日未曾安逸，最终死于自己燕国人之手，时年四十三岁。慕容宝之子慕容盛因为是自己的女婿，在女儿的哀求之下，兰汗放过了慕容盛，随后杀害慕容策，立慕容盛为帝。慕容盛韬光养晦，借机诛灭了兰汗。偏安辽东的后燕暂时得到安宁。

　　三年后，后燕内乱又起，慕容盛亲自带兵平叛。就在叛军皆被消灭之时，埋伏在暗处的叛军刺客突然杀出，慕容盛在猝不及防下被杀，时年二十八岁。

　　慕容盛一死，原本应该太子慕容元继位，但慕容垂的幼子、慕容盛的叔叔慕容熙因为跟皇太后丁氏有私情，被情人丁太后立为皇帝，慕容元随后被杀。慕容熙登基后，不再与半老的丁太后厮混，反而宠爱自己两位妃子、苻氏姐妹。丁太后十分气愤与后悔，打算除掉慕容熙，谁知事泄，自己却惨遭杀害。

　　慕容熙执政暴虐异常，属下多有怨恨，终被卫将军冯拔率禁军政变杀死，慕容宝的义子慕容云被立为皇帝。

　　慕容云继位之后，控制了朝局，然后改回高姓，此时的燕国已经不是慕容氏的燕国，而是高句丽人称帝的割据政权，史称北燕。而曾经盛极一时的后燕正式灭亡，立国二十三年。