就在桓玄诛灭殷、杨之后，江南朝廷维持了两年的“风平浪静”，而就在这两年里，司马道子更加沉溺酒色，为了可以整日醉生梦死，他便把朝权完全交给了儿子司马元显。年仅二十出头的元显，被封为司徒，领扬州牧，年纪轻轻开始总揽朝政。

　　自从掌权之后，面对桓玄的不断壮大，这位以强硬闻名的青年权贵，一改其父妥协的绥靖政策，开始计划着讨伐桓玄，解除朝廷大患。而就在朝廷与荆州剑拔弩张的关键时刻，由于许诺大多无法兑现，司马元显与举足轻重的第三势力北府军都督刘牢之之间的关系却变得十分微妙！

　　为了压制桓玄，司马元显以朝廷的旨意任命杜逵和郭昶分别为广州刺史和豫章太守，并诏令桓玄退出广州与豫章郡。谁知就在二人前去就任而路过荆州之时，竟被桓玄扣下，并下令软禁。司马元显终于忍无可忍，一场攸关谁主天下的争斗正式开场。

　　京师建康，司徒府大堂之上，司马元显正召集一干心腹下属、门客就桓玄扣留杜逵和郭昶之事召开会议。

　　“桓玄胆大包天，朝廷钦命的封疆大吏竟敢劫持，实在视朝廷如无物，孤欲兴王师讨伐之，诸位以为如何？”，司马元显略显稚气的脸上满是怒色！

　　元显亲信、宗室司马尚之闻言行了一礼道：“桓玄不臣之心天下皆知，他的野心不在其父之下，谋反只是时间问题，尚之赞同司徒之意，晚图不如早图！”。

　　“不可！”京兆尹王延闻言反对道：“先前桓玄与殷、杨交战之时，朝廷不乘机图之，错过大好时机，现其羽翼已丰，诚不可轻启战端，当缓图之。”。

　　元显闻言，轻拍大腿叹息道：“当初孤力劝父王乘桓殷交战之时发兵讨伐，奈何父王不听，实是养虎为患！”，说完望向王延沉声道“如今桓玄已称霸荆襄，卿有何计缓图之？”。王延闻言，低头默然不语！

　　振威将军毛泰冷哼一声，向元显行了一礼怒道：“司徒休听其腐儒之言，桓玄乃朝廷心腹之患，现今他虽占据荆襄，但其威势、谋略与其父桓温无法同日而语，再说他以一隅之地对抗朝廷，安能不败，司徒不必犹豫，应乘早发兵剿除。”。

　　毛泰话音刚落，卢江太守、元显的心腹张法顺接着说道：“毛将军所言甚是，只是荆州军雄壮，与之开战恐两败俱伤！”，稍作停顿，张法顺看了一眼司马元显接着说道“不如令北府军做先锋与其交战，司徒再领大军为后继，则大事成矣！”。

　　元显听完沉默片刻后，说道：“刘牢之拥兵自重，当初父王应允其徐州刺史，并都督四州诸军事，孤秉政以来一律驳回，听闻其颇有怨色，此时令其为先锋，恐怕他不会从命吧！”。

　　张法顺闻言叹息了一声，然后毅然道：“臣愿往晋陵北府军中走一趟，定要说得刘牢之率军出征！”......

　　而就在张法顺前往晋陵的路上，一封从建康发往荆州的加急密报已经送到了桓玄的手上。

　　荆州江陵郡，南郡公府后堂，桓玄与数位心腹将领、谋士正在紧急商讨着。

　　“庾楷遣人密报给我，信中说司马元显决议率兵攻打荆州，并联络北府军为先锋，如此为之奈何？”，桓玄俊朗异常的脸上露出一丝忧色，又缓缓道“如此一来，荆州危已，吾打算集中兵力坚守各要城，令其不能成功。”。

　　“主公此言差矣！”，谋士卞范之闻言厉声道：“朝廷率军远来，我等据此坚守近乎于坐以待毙，不如率军沿江东下，主动出击，凭主公威势，荆州军勇猛，定可令其土崩瓦解！”。

　　其兄江陵太守桓伟应声道：“敬祖所言甚是，建康将士军心不振、粮草不备，司马元显就妄图发兵，况且其秉政以来，推行乐属令已大失人心，江南八郡怨声载道，南方的卢循蠢蠢欲动，一旦元显发兵，则必为其掣肘，况且我听闻刘牢之对司马元显颇有怨气，不一定会为其所用！”。

　　桓玄听完一喜“刘牢之与司马元显之间的矛盾，本公早有耳闻，如果能设法令其倒戈，建康大军将不足为患！”。

　　卞范之随声应道：“刘牢之一武夫耳，所寄者谢氏家族现已凋敝，他虽掌重兵，然朝中毫无背景，平生所图不过‘名、利’二字，当初反王恭，近日与元显不睦，皆是由此而来！”，然后向着桓玄一鞠到底道“只要主公，放低身段，遣一要臣前往，并许以重利，此事必成！”。

　　桓玄闻言，欣然的点头道：“卞敬祖言之有理，不过谁去合适呢？”，虽然是征求意见，但桓玄的目光却看向了荆州二号人物，其长兄桓谦身上！

　　桓谦一怔，无奈微微行礼道：“我愿走上一遭，定当全力促成此事！”。

　　桓玄听完微笑道：“大哥前往甚好，我料此事必成，不过...”，桓玄的话没有说下去，在座明事之人皆知，他担忧的并非其长兄安危，而是日后刘牢之尾大不掉的局面。

　　不日张法顺来到晋陵，刘牢之却以军务繁忙为由避之不见，只让其子刘敬宣带为接见。张法顺恼怒，丢下司马元显的军令之后，气冲冲的回到建康，并奏报刘牢之有贰心，应当用计召回建康除之！

　　但是司马元显担心与桓玄开战在即，现在与刘牢之翻脸，实属不智，并且除去刘牢之一旦引起北府军哗变，无异于后院起火，于是拒绝。司马元显再派人借朝廷之名下令北府军做好准备，随时开赴前线与荆州军开战。

　　而桓谦去往晋陵的途中，先秘密来到了京口，找到其父桓温曾经的门下、刘牢之的族舅刘穆，晓以利害之后，约其一同前往北府军营。

　　族中长辈来访，刘牢之自然不敢怠慢，连忙安排书房相见，可是见到后却发现族舅身后跟着一位贵气十足的中年人物！一问竟是荆州桓谦，大惊道：“阿舅，这是为何？”。

　　不待何穆答话，桓谦拱手行了一礼道：“南郡太守桓谦，仰慕将军久已，今日特来相见！”。

　　由于朝廷还未正式与荆州撕破脸，加上桓氏一族在东晋军队中的崇高威望，刘牢之不得不离席回礼道：“不知桓公亲临，末将有失远迎，实在惭愧！”。

　　桓谦闻言微笑道：“将军不必过谦，其实我今日求见将军不光只是仰慕，也是为将军前途而来！”。

　　刘牢之听完，疑惑的看着桓谦道：“此话怎讲？”。

　　桓谦正声道：“将军智勇双全，当然清楚‘鸟尽弓藏，兔死狗烹’的道理，所以才有勾践杀文种、嬴则除白起、刘邦斩韩信，雄主尚且如此，更不要说那些愚昧残暴之辈。将军追随元显，与荆州为敌，如若战败，必然有身死族灭之祸，就算取胜，想来最终也难被元显所容，定不会善终！当年管仲箭射齐桓公衣钩反被他重用，雍齿多次威逼汉高祖反而受到汉高祖的厚封，这一类事是常有的，足下与南郡公之间并无深仇大恨，何不弃暗投明，投入南郡公麾下？我来之时南郡公曾言，可以将军共分天下，望将军三思！”。

　　何穆也乘机说道：“为舅曾经侍奉桓大将军多年，桓氏一族对行武之人颇为器重，国中将士谁人不敬仰荆州桓氏。更何况司马元显乃一黄口小儿，色厉内敛，贪婪无信，牢之不为自己前途考虑，也要考虑整个家族啊！”。

　　刘牢之听完，陷入沉默。“虽然桓玄不臣之心天下皆知，自己对桓玄也甚是厌恶，但是桓谦这番话却说得很有道理，况且比起桓玄，司马元显要更加让他难以忍受，鸟尽弓藏之事确实不得不防！”，半晌后刘牢之站起身来对桓谦行了一礼道：“我意已决，即日起效忠桓氏，绝无二心！等两军开战，北府军必会调转矛头......”。

　　“大都督万万不可啊！”，第二日中军帐中，一干北府心腹已经争吵多时，何无忌跪在地上，用头撞地道：“桓玄狼子野心天下皆知，我北府军投靠他，与谋反无异啊！”。

　　北府军中对司马元显大多愤恨无比，但是听到大都督刘牢之投靠桓玄，大部分心腹将领还是不能接受，毕竟桓玄不臣之心已经天下皆知！此时只有诸葛长民、高雅之等少数谋士、将领支持刘牢之。

　　“住口！”刘牢之对着跪在地上的何无忌怒道“司马元显乃阴狠小人，而桓氏一族是我晋国柱石，何来谋反之说？”话说着，刘牢之的目光看向刘裕，恳切的希望能够得到刘裕的支持！

　　刘裕此时隐然已经成为北府军的二号人物，但争论到现在，他却始终一言不发。

　　跪在地上的何无忌此时也抬起头来，看着刘裕激动道：“大哥为何不发一言，难道甘心我们北府军陷入万劫不复吗？”。

　　刘裕仍是一言不发，接着向着刘牢之行了一礼，径自走出了大帐！

　　元兴元年正月，司马元显授意朝廷加封自己为骠骑大将军、征讨大都督，都督十八州诸军事，加侍中、黄钺、班剑二十人，并下诏讨伐桓玄，命刘牢之为前锋都督，率北府军先行。

　　不日，司马元显在建康郊外誓师，并在阵前斩杀庾楷祭旗，傀儡皇帝晋安帝亲自为其践行。原本就未曾驾驭过大军的元显，此时面对汹汹兵阵，突然感到莫名的惊慌，就在他准备登船沿江逆流而上之时，突然狂风大起，吹断旗杆，司马元显大惊，以为不吉，赶忙下令暂停发兵，军心士气顿时大减，而这一停就停了数日。

　　而此时桓玄却上表朝廷，发布檄文，列举司马元显种种罪状，并打着清君侧的名义率师沿江东下主动出击。檄文传到京都，司马元显吓得不敢应战。桓玄原本兴师，自觉以下犯上，惟恐将士不为所用，常怀返旆之计。及至兵过寻阳，不见朝廷大军踪影，不禁大喜过望，将士们也个个精神振奋，沿路如入无人之境。荆州水兵抵姑孰才遇抵抗，桓玄大将冯该击败宗室司马尚之，并将其擒获，襄城太守司马休之弃城而逃，桓玄兵锋直指建康。

　　司马元显赶紧让宗室司马德召手持驺虞幡前往安抚，意图令其退军，却被桓玄拒绝。驺虞幡是晋室帝王用以传令解兵的旗帜，但此时这种形式上的皇命在桓玄心中已经一文不值！

　　此时司马元显不得不亲率大军前往建康城南的新亭与桓玄决战，荆州大军虽然威武，但远道而来，而朝廷大军是在家门口作战，两军竟战成胶着之势，数日间各有胜负。

　　一日清晨，荆州军正新亭城下叫战，司马元显登楼观望，突然看见北边烟尘大起，隐隐望去大军中军大纛之上写着“刘”字，司马元显知道是刘牢之亲率北府大军赶来了，大喜道：“刘牢之终不负我！”，他心里甚至想着，等平定了桓玄定要好好赏赐刘牢之。随即司马元显下令全军出城决战，准备与北府大军夹击荆州军。

　　谁知大军刚一出城，才发现北府军竟然是朝自己杀来的，建康全军士气立刻瓦解、一触即溃。司马元显带领少数骑兵狼狈逃回建康，回到府上后与其父司马道子相拥痛哭，捶胸顿足悔不当初！

　　不日荆州大军兵临建康城下，晋安帝亲自下令开城投降，桓玄率荆州大军进入久违的建康，而失势的司马道子、司马元显两父子则在府宅内被搜捕，元显被斩首，其六位年纪尚幼的儿子皆不能幸免！司马道子被发配安城郡，数月后亦被桓玄赐毒酒鸩杀。两父子的亲信张法顺、司马尚之等人皆被斩首！

　　桓玄因此被朝廷授予侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人，开始总览朝政。自此桓玄正式入主京师！

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　　西晋末年，天下大乱，五胡乘机而起，朝廷无法抵挡。而一直效忠晋室的鲜卑索头部首领拓跋猗卢，被晋愍帝司马邺册封为代王，为朝廷在北方牵制诸胡。拓跋猗卢屡立战功，占据漠北大片领土。后来晋室南迁，交通断绝，面对后赵的压力，拓跋猗卢不得已向后赵称臣。猗卢死后，在后赵都城襄国作为质子的拓跋什翼犍逃回云中，继位代王。

　　拓跋什翼犍在中原受汉文化影响颇深，回到云中后，设置百官，制定律法，新建乐盛城，代国正式建国。后来前秦崛起，苻坚讨伐代国，什翼犍兵败被杀，代国灭亡。

　　前秦淝水大败，一直寄人篱下的拓跋什翼犍之孙拓跋珪趁前秦四分五裂之际逃回故地，并在族众旧属的拥护下在牛川自称代王，重建代国，定都盛乐，同年四月，改称魏王。六月，正式定国号为“魏”，史称“北魏”。

　　北魏建立之初四周强敌环伺。北有贺兰部、南有独孤部、东有库莫奚部、西边在河套一带有匈奴铁弗部、阴山以北为柔然和高车部、太行山以东为慕容垂建立的后燕、以西为慕容永统治的西燕。而内部政权也不稳定，叔父拓跋应窟咄为了争夺王位，与匈奴刘显勾结，意图攻击拓跋珪。

　　拓跋珪先是集中力量，平定了叛乱，其叔父逃亡途中被部下所杀。然后平定库莫奚部、高车部，接着亲自率军奔袭数千里击败柔然，暂时解除了后顾之忧，而剩下来的就是恢复代国原先的地盘。

　　苻坚灭亡代国以后，把代国一分为二，分别由匈奴刘库仁、匈奴铁弗部刘卫辰统领。

　　刘库仁本臣属于拓跋什翼犍，后来代国灭国后，只得归顺前秦，但他一直不改初衷，对前来投奔的拓跋珪等什翼犍诸子仍然侍奉如故。但刘库仁死后，儿子刘显继位，他一直视拓跋珪为患，意图暗杀，拓跋珪逃回乐盛复国后，刘显与其叔父拓跋应窟咄勾结，妄图消灭拓跋珪，拓跋应窟咄兵败被杀，刘显仍然时刻威胁着北魏。

　　铁弗部刘卫辰当年曾勾结苻坚，偷袭拓跋什翼犍，导致其兵败身死，乃是拓跋珪的世仇！

　　奈何北魏建国之初实力弱小，无法单独对抗刘显部以及刘卫辰部，甚至时刻受到二部的威胁。于是拓跋珪果断的向当时北方最强大的后燕称臣，得到了后燕皇帝慕容垂的庇护。

　　当时的刘显与刘卫辰分别臣服于西燕和后燕。北魏立国第二年，刘显偷袭了刘卫辰部送给后燕战马的部队，尽夺其三千匹战马。

　　慕容垂得知后大怒，命其子慕容麟、侄子慕容楷率军攻打刘显。拓跋珪得知此事后大喜，对着群臣道：“消灭刘显，收回故地的机会终于来了！”。

　　于是拓跋珪主动上表慕容垂，请缨为先锋，为后燕大军开道。果然，刘显在燕魏联军的攻击下大败，只身逃往西燕，拓跋珪尽并其众。由于刘显的地盘与后燕相距千里，不便治理，如其所料，刘显原有土地部族，慕容垂尽赐予拓跋珪，魏国因此实力大增。

　　两年后，后燕终于开始对西燕用兵，拓跋珪乘机率大军征讨刘卫臣，刘卫辰连战连败，急忙派人向后燕求救。后燕此时正在与西燕交战，无法他顾，慕容垂只能派人送信给拓跋珪，令其撤军。但是拓跋珪以杀父之仇不共戴天为由，拒绝了慕容垂的命令，不久攻克其都代来城，俘获刘卫辰及其诸子，拓跋珪尽诛刘卫辰宗族共五千多人，将尸体丢在黄河中。此战之后阴山以南诸部都向北魏投降。北魏至此已击败大部份强邻，国力大增，成为当时中国北方实力最强大的政权之一，为之后不久其入主中原奠定了基础。

　　而刘卫辰部灭亡的时候，他的幼子刘勃勃却乘乱率领残部逃往后秦投靠了姚兴，后来在中原兴风作浪，又改名赫连勃勃，称帝于统万城，此是后话，暂且不提。

　　后燕消灭西燕成为当时北方最强大的势力，北魏此时也是尽得曾经代国故地，实力强大。面对北魏的崛起，后燕朝廷开始惶惶不安起来，而拓跋珪也开始萌生了消灭后燕，入主中原的念头，两国之间的关系变得异常的微妙，二者之间的灭国战争似乎不可避免。