京房到了陕县，又向元帝密封上书说：“臣内心清楚，臣留在宫中，朝中的议政者（指石显等）认为对他们不利，他们千方百计把臣与陛下隔开。陛下不知道他们的真实用心，采纳他们的建议，这就是阴霾不散的原因，也是太阳暗弱无光的原因。臣离开朝堂越远，太阳受到蒙蔽就越厉害。愿陛下不要阻止臣返回，悖逆天意。邪说可以蒙蔽人，天仍然会发出警示。人可欺，天不可欺，愿陛下明察。”但京房说什么已没有用了，石显等人掌握了主动权，元帝更相信围绕他身边的人说的话，京房仅离开京师一个月便被捕入狱。

　　虽然京房提出的考功法触及了宦官集团及贵族大臣的利益，遭到他们的政治迫害，但罪不致死，关键还是他卷入了张博兄弟和淮阳宪王刘钦的事情当中，对元帝的皇位造成了威胁。张博的姐姐是张婕妤，也就是汉宣帝晚年最宠爱的那个嫔妃，张婕妤的儿子淮阳王刘钦聪慧、有才能，宣帝很喜欢他，曾经有改立刘钦为太子的想法，后来有感于韦玄成为将爵位辞让给哥哥装疯，才放弃这个想法，并让韦玄成辅导刘钦学会谦让。宣帝驾崩，元帝即位后，刘钦回到封国，当起了闲散王爷。但张婕妤的两个弟弟张博和张光对朝廷的权势念念不舍，想动员刘钦回到朝廷，刘钦一开始没有答应，于是张博和张光兄弟开始暗中串联，拉拢长安和各地的贵族名人，让他们支持刘钦重新回到长安朝廷，刘钦不禁有些心动。

　　当初张博跟从京房学习，还把女儿嫁给京房。京房和他关系亲近，每次上朝回来，京房会把自己和皇上的谈话内容告诉张博，认为皇上本来想采纳自己的建议，但群臣忌惮损害自身利益，所以被众人排挤。于是，张博想让刘钦上书请求入朝来辅助京房，他把京房预言的灾异及在宫中与元帝的谈话内容记录下来，寄给刘钦看，以证明自己所说的话有根据。石显暗中收集他们的活动，由于京房在皇上身边受到信任，暂时没有讲出来。等到京房外放担任魏郡太守，石显便告发京房将宫中谈话随意外泄，与张博勾结诽谤朝廷，将罪过归咎于天子，误导诸侯王。京房、张博都被杀头示众，京房死时年仅41岁。当初京房向元帝讲周幽王、周厉王，出宫后把此事告诉御史大夫郑弘，郑弘也受到牵连，被贬为庶人。

　　在以灾异干政方面，京房失败了，但他发展出的这套理论在中国历史上却影响深远。中国古人重视观察、记录异常天象和自然灾害，与这种思想方法不无关系。京房既要讲灾异，就要观察了解灾异，这使得他做出一些在科学史上比较重要的发现，例如对日珥、日冕的记录。日珥是在日面上不时发生的火焰状喷出物，日冕是太阳大气的最外层，一般情况下都难以看见，日全食时则较易于观察到。京房的观测非常珍贵，他留下的关于日珥和日冕的文字描述，是史上极早且准确的科学纪录之一，推动了古代天文学的发展。

　　京房在音律学上的成就也极具科学价值。他为了解决传统十二律无法完全循环的问题，将五音相生法继续推演了53次，算出了一个极小的音差值。这个精妙的数学发现，比西方科学家牛顿等人在类似问题上的探索，要早出整整1700余年。此外，他还改良了笛子（由四孔增至五孔），并发明了一种叫“准”的十三弦定音器。

　　京房作为一名积极的改革家，他心怀社稷万民，渴望实现自己的政治理想，只不过他操之过急，对朝中险恶的局势认识不够，最终落着如此凄惨的下场，令人唏嘘不已，京房的一生虽以悲剧收场，但他在学术上特别是易学上的成就，可以说重塑了中国人理解世界的一种方式。他让汉代易学从偏重义理转向象数术数，他建立了一套非常复杂的理论框架，将阴阳五行，天干地支，日月星辰等都纳入了卦象体系，发明了纳甲、八宫、世应、飞伏等全新的分析工具。这套理论对后世影响极大，至今仍在使用的纳甲筮法就源于此，他也因此被奉为“火珠林法”的祖师爷。