因为国家对人才需求的迅速扩大而官学不振，书院教育定位于从数量上补充学校教育的不足，但办学模式上仍趋同于官学，衡量书院办学成就的标准也主要是学生在科举考试中的表现。

　　但是到皇朝发展早期，在士人学子愈发热衷于科举功名，追求功利之风日益炽盛的情况下，不少有识之士对当时教育的弊病进行了理性而深刻的反思。

　　基于儒家的教育理想，思考教育的宗旨，指出教育的目的应当是明理修身、经纶世务，而不是谋取声名利禄。

　　首先，书院注重在尊师重道基础上构建密切师生关系。书院先贤致力于恢复儒学的师道传统，强调师道对于人才培养的重要意义：“后世之人才所以不古如者，以夫师道之不立故也。”立师道，则要求老师自身学行高深，使学生能够就近取譬，以老师为楷模。所以，书院总是选聘经明行修的硕儒名师担任山长、掌教，让学生“慕而从，从而服，服而思”，产生仰慕与向往。

　　在此基础之上，书院先贤努力构建密切的师生关系。

　　书院师生以道相交、密切互动、教学相长，师生之间感情笃厚。

　　在这种师生关系中，老师不仅深度了解学生的志趣个性，因材施教，还经常和学生分享学习经验与人生感悟，以学生的点滴进步为乐。

　　学生则视老师为良师益友，对老师其人与其所传之学都会产生深刻的认同，由此产生了“亲其师信其道，尊其师奉其教，敬其师效其行”的效果，形成了持久的学习兴趣和动力。

　　其次，书院实施灵活多样的教学方式。书院强调学生以自学为主，反复思考之后，可以与同学商讨，仍有疑难，则与教师一同讨论。教师则定期讲授，释疑解惑，引导学生进一步思考。日常教学活动之外，参加书院的会讲活动，聆听、参与不同观点的论辩交锋，也是书院生徒学习的重要方式。此外，书院还会在春秋二季、每月朔望祭祀先圣先贤，师生共同参加，在进退周旋之中学习礼仪，涵养性情。

　　教学的地点，也不拘一格。

　　可以是在讲堂之内，也可以是在室外乃至书院之外的各种空间、场所。在许多书院史料中，都可以看到书院师生共同徜徉于山林泉石之间，随处讲论，随机提点启发。

　　晨起讲经义，暇则率生徒看山花，听田歌，徜徉亭台池坞之间”，“随所触为指示”。

　　众生徒所以“或罗坐花间，或侍立月下，或随行涧沼、墩径间，谈经道古，内而心性，外而身世之故，凡所欲闻者无不闻，而皆有以洽其意而餍其心”。这些极具画面感的叙述，生动呈现出书院教学方式的灵活性。

　　再次，书院鼓励师生之间质疑问难，切磋论辩。

　　最后，重视环境育人。

　　书院先贤意识到优美的自然环境、良好的人文环境对于人才成长的作用，不仅在创建书院时往往选择远离尘嚣、清幽宜人之地，而且总是在书院中营建各种园林景致，为师生提供优雅的读书环境。

　　对人文环境的营造，书院尤为措意。从书院建筑的布局、形制、规格，到亭台楼阁、斋舍、景观的命名，到各类匾额、碑刻、楹联、画像的具体内容，都蕴涵着丰富的儒家精神价值，其目的就是营造浓厚的文化氛围，让学生藏修游息，都能在无形中受到熏染和影响。