书院的性质不同于官学，区别于国家教育体系内的各类学校，办学具有相当大的灵活性，经济来源主要依靠民间捐助。具体而言，书院制度在几个方面的创新性非常明显。

　　书院有自主聘任名师宿儒担任山长和教师的选聘制度，既可以保证书院师资的学术水准，又能使书院在学术风格上体现自己的特色；书院有学生择师而从、自由流动的生徒管理制度，体现了在教学中对学生主体性、自主性的尊重，这是官学所无法比拟的优势。

　　书院有鼓励师生切磋砥砺、质疑问难的教学制度，与强调统一、重视灌输的官学教育形成鲜明对照，蕴含着催生学术创见的怀疑与批判精神；书院有邀请不同学派、不同思想观点的学者同堂讲学、互相论辩以及面向社会公众开放的会讲制度，使书院以一种兼容开放的崭新姿态崛起于当时社会，承担起创新学术、教化民众的社会责任。

　　作为教育制度创新的产物，书院在漫长的发展历程中形成了自身独特的思想观念、价值追求、文化传统、教育理念、办学风格，逐渐积淀、凝练为一种具有特定内涵的精神价值，这就是书院精神。虽然不同时代、不同书院的书院精神各有异同，但总体而言，书院精神可以包括如下几个方面的内容：

　　第一，以“成人之道”为主旨，重视人格养成的人文精神。从朱熹的《白鹿洞书院揭示》到众多书院的学规、书院记等各类文献中，我们可以看到书院对人格修养、品德养成的高度强调；

　　第二，担当天下、传道济民、教化社会的经世精神。书院要培养的，是具有高度文化使命感和社会责任感、具备致君泽民能力的经世之才，而不是汲汲于功名利禄的、“天崩地解，落然无与我事”的陋儒；

　　第三，穷本探源、极深研几、实事求是的探索精神。书院士人穷理尽性，关注对大本大原问题的探究，致力于深入的理论探讨，努力为重建秩序、安顿人心奠定坚实的理论基础；

　　第四，不囿成说、不断超越、与时偕行、引领学术思潮的创新精神。书院独特的氛围，自由的学风，激发了士人的创新意识。宋代以后中国思想史上的几次学术创新，都是与书院相联系的；

　　第五，有教无类、自由讲学、兼容并包的开放精神。许多书院招收学生不拘一格，没有出身、地域限制。同时邀请不同学派学者讲学论辩，包容、接纳不同的学术观点；

　　第六，鼓励学生自主学习、师生之间质疑问难的自主精神。书院在尊严师道的同时，尊重学生主观能动性，将老师视为学生求学问道的同路人，师生之间平等交流。疑难之处，师生互相探讨论辩，学生的自主性得到充分体现。

　　书院最为核心的功能和主要目标是人才培养，提出了立德为先、修身为本、经世致用的教育理念，体现了与以科举功名为目标的“俗学”分野，抓住了教育的本质。