孙恩兵败逃往海岛已经过去两年，这两年也是皇天不佑，谢安、谢石、谢玄相继病故，东晋朝廷连失栋梁。不久晋孝武帝司马曜也因后宫争宠，意外遭到暗害。新即位的晋安帝司马德宗年幼，再加上被外界传言“口不能言，不分冬夏”，朝政随被宗室权臣司马道子把持，皇帝沦为傀儡，庙堂之上再次成为权臣相争的战场，而北伐之事也从此无人问津！

　　自从谢氏诸公病亡之后，朝廷乘机排挤谢氏一族的势力，谢姓将领以及门客亲属纷纷被排挤出北府军，刘牢之等将领因为骁勇而被保存了下来，一番博弈之后，北府军划归王恭麾下，成为琅琊王氏私产，开始军阀化！

　　就在朝廷忙着争权夺利的时候，天师道叛乱再起，并且这次孙恩准备充分，实力更胜前次，东南八郡再次沦陷，外放的会稽太守谢炎战死，朝廷剧震，只得游说王恭调北府军前去平叛，并由刘牢之全权指挥。

　　原本妄图推翻晋朝，自己做皇帝的孙恩，见刘牢之率大军前来，于是退守三吴，并幻想着做个越王勾践就心愿已足！谁知竟一败再败。

　　北府军一路打到上虞，刘牢之命刘裕率军驻守句章，这时的刘裕已经成长为独当一面的将领。刘裕刚刚屯住句章不久，不料贼兵竟大举来攻，句章城小，刘裕的守军不足千人，但是仍坚守城池长达数月，贼军最终败走！

　　贼兵又欲再次攻打会稽，刘裕临危受命，率军驻守通往会稽的必经之路海盐县，当刘裕引军来到海盐县才发现，自从上次孙恩从会稽撤走之后，沿途烧杀劫掠，海盐县城几乎已成废墟，城墙残破不堪，根本无法坚守！见此情景，刘裕心生一计，布置妥当之后，撤出所剩无几的百姓，只把一座空城留给贼兵，并在沿途故意丢下辎重，做出仓皇而逃的假象。

　　傍晚贼兵大至，见空城无人防守，又派人四处查看，只见辎重丢弃在道路上，于是认定官军畏惧，已经弃城，贼兵因此放心大胆的进入县城。不料城中突然火起，府衙、民宅一时间烈焰焚城，贼兵被烧得抱头惨嚎，此时只有城东没有火情，剩余的贼兵们赶紧从城东逃出，一路狂奔，争前恐后的离开这个人就炼狱。队伍刚出城不到十里，进入一处山道，山道四周寂静的让人害怕，领头的贼将似乎意识到什么，刚要下令全军退出山林，突然之间伏兵四处杀至，经过刚才的大火以及一路的奔跑，贼兵们早已疲惫不堪，毫无战力，连忙器械投降，跪伏在地。

　　原来刘裕发现此城绝不能坚守，于是在城中到处埋下硝石火油，只留城东一处，等贼兵入城，埋伏在城中的士兵点燃火油。刘裕料定一旦火起，城中必然大乱，此时只有城东一处无火，贼兵必然从东面逃走，于是在此伏兵。此役刘裕不费一兵一卒，消灭贼兵甚众，并俘虏数千，由此声名大震！

　　各路北府军也都是捷报频传，特别是刘毅、何无忌这两位把兄弟也都取得了不错的战果！

　　就在贼兵节节败退，行将覆灭的时候，孙恩孤注一掷，制定了一个疯狂的计划，打算殊死一搏！

　　孙恩急令全体大军撤回海上，都在以为他们又将逃往海岛的时候，突然孙恩的船队调转船头，沿海北上，打算从长江驶入，直逼建康。

　　而此时刘牢之还在南方，北府各将也都离得很远，只有刘裕最近，获悉孙恩的意图之后，不待将令，刘裕即带领麾下兵卒昼夜兼程向京师驰援，并赶在贼兵之前到了丹徒，刘裕下令全军休整，准备在此拦截孙恩，与之决战！

　　孙恩的数万大军即将来犯的消息传来，丹徒一带的百姓大为恐慌，他们纷纷组织乡勇护卫家园，这些乡勇都被刘裕招揽，一时之间刘裕的实力大增！

　　孙恩进入长江不久，便全军登岸掠夺补给，并一路由东往西朝建康杀来，各地驻军防御松散，纷纷弃城而逃，不日贼众便到达了丹徒。正当贼众行进之时，忽见官道上有一支官军拦路，队伍之前乃是一青年将军，只看他骑着白马，手持一杆长槊，英姿飒爽，旁边大旗迎风飘扬，大旗之上写着“刘”字！

　　贼兵见状停住脚步，接着大军排开，二十名贼兵抬出一轿，说是轿子，又像是大床，更像是道君老祖坐的宝台！“宝台”之上坐着一位鹤发童颜，仙风道骨的人物！此人正是孙恩。孙恩缓缓开口道：“尔乃何人，竟敢挡我仙兵！”，声音婉转如仙谷幽兰一般蛊人心神。

　　刘裕不为所动，大声道：“老贼，我是刘裕，你蛊惑人心，兴兵叛乱，残害生灵，今日我定要取你首级！”。

　　孙恩一听刘裕之名，突然记起什么，略微一愣既回复平常，依然悠悠的说道：“刘裕，是年你杀我义子，今日又屡害我徒子徒孙性命，实在罪大恶极，如你肯下马受降，拜于我膝下，我将饶恕于你，并持加你修得大道！”。

　　刘裕大怒，骂道：“老贼你死期将至，还在此大言不惭！”，接着持槊向孙恩杀去，身边兵卒纷纷追随者杀向贼兵。孙恩急退，贼兵中转出数员贼将迎战刘裕，刘裕寡不敌众，带着败兵向后急退，孙恩下令全军乘胜追击......

　　贼兵追不多时，来到城外一处山坳之前，由于素知刘裕善于用计，领头的贼将，急忙勒住战马，下令道“停止追击，小心有诈”，正在贼兵犹豫之间，刘裕突然转回，带领官军再战，一阵拼杀后，官军再次不敌，往后急退！这次贼将再也无法沉住气了，怒喊着“孩儿们，杀啊，别让他们跑了！”，说完自己一马当先追了过去。

　　此时他已冲出山坳，可贼兵大军还未出来，突然擂鼓响起，山上滚石纷纷落下，贼兵瞬间人仰马翻，接着两侧官军、百姓全部冲出，杀得贼兵尸横片野。而率先冲出山坳的贼将，正悔恨间，刘裕突然反身杀回，一槊刺来结果他的性命！

　　刘裕领着麾下全体北府军，后面跟着丹徒驻军以及民兵乡勇，猛虎扑食般的向孙恩剩余的贼兵杀来，此时贼兵已成惊弓之鸟，毫无还手之力，向东溃逃，刘裕紧追不舍。一天一夜的追逐中，几番交战，刘军杀敌甚重，孙恩领着几千残兵逃到海边。

　　当孙恩逃到海边时才发现，此时海边的战船早已不知去向，原来孙恩的妹夫卢徇得知前方大败，早领着船队逃走了。

　　孙恩一人站在海边崖石之上，身后跪满了他的姬妾、残兵、信众。孙恩望着崖下波涛汹涌的海浪，一时间百感交集“自己十几岁出道，数十年间一直被民众奉为神明，三年以前还有机会登上九五，可今天竟沦落至此！”，念及于此，孙恩不禁长叹一声，他心里知道“自己如果投降，押往建康必然受辱而死，自己绝不能投降，绝不能受辱！”。

　　孙恩转过身来，望着一众徒子徒孙、良姬美妾，海风吹着他那雪白的长须，络纱的道袍，犹如神仙一般。孙恩用着他依然如空谷般蛊惑人心的声音朗声道：“天地有毁，而道不毁，非吾等不力，然晋妖气数未灭，我等信奉道仙，只为白日飞升，今日时机已到，尔等随我殉道，即可蝉脱登仙！”，说完转身跳入海中，数千姬妾、贼兵、信众见状，哭喊着纷纷追随其跳入海中......

　　当刘裕领大军赶到时，见海中满是浮尸，大惊失色，不禁哀叹“鬼神之说蛊惑人心，乃至于此，孙恩大罪也！”。

　　历经数年的孙恩之乱终于平定，刘裕在剿灭孙恩的过程中，屡立大功，朝廷下诏晋升其为北府军建武将军。刘毅、何无忌也因战功，各有晋升。刘牢之拜为北府军前锋都督、征西将军，成为北府军实际上的最高统帅！

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　　自从苻坚回到长安之后，便深闭宫门不见群臣，他常常独自一人饮酒大醉，又感叹道：“朕逢此大败，还有何面目统治天下啊！”。

　　而此时，前秦朝廷的统治，已经开始崩溃。慕容垂率领自己一系的鲜卑贵族借机离开长安之后，一路向河北故地进发，沿途收拢、联络鲜卑部族以及前燕旧臣，一时实力大增。原本计划袭取前燕故地邺城，怎奈有苻丕重兵镇守，没有可乘之机，只得率兵攻取荥阳，自称燕王，开始割据，后燕政权建立！

　　时任北地郡长史的前燕皇族慕容泓听闻慕容垂起兵，于是自己也率众前往山东召集鲜卑部众，自称大将军、都督陕西诸军事、雍州牧、济北王，建立了西燕政权。当时身在长安的前燕后主慕容暐连忙遣人送密信与慕容泓，令其设法救自己出城，同时也称：“如果自己惨遭不幸，大燕国祚将由慕容泓来继承。”。

　　姚苌见秦兵大败，领兵来到渭北，被当地羌人推举为盟主，不再奉秦廷号令，并计划着出兵夺取关中。

　　被苻坚灭国二十年的拓跋鲜卑部在云中复国，当年幸存的代王拓跋什翼健之孙拓跋珪自称魏王，北魏建立。

　　丁零人翟斌在长安附近发动叛乱，各州郡、部族纷纷割据，不再奉长安号令！一时之间，叛乱四起，从长安开出的平叛军队，首尾相望。然而就在平叛大军纷纷派出之时，长安却变得十分空虚，关中附近，位居平阳太守的鲜卑皇族后裔慕容冲看到了这个机会，竟然率麾下兵卒两万，再召集留在关中的鲜卑族人，向长安发起来进攻！并驻军长安近郊阿房城。

　　慕容冲乃当年前燕景昭帝慕容儁幼子，前燕后主慕容暐的幼弟。前燕灭国后，他与姐姐清河公主一起被苻坚收入后宫，慕容冲年少，容貌俊美，颇有龙阳之姿，便被苻坚宠幸，姐弟俩一时宠冠后宫，当时有歌谣形容“一雌复一雄，双飞入紫宫”，后因王猛劝谏，慕容冲才被苻坚外放，以少年之资获封平阳太守。

　　当年民间一直有童谣道“凤凰、凤凰止阿房！”苻坚以为祥瑞，因为传说凤凰喜好停留在梧桐树上，所以苻坚特命人在阿房城广植梧桐，等待凤凰降临。而慕容冲小名就叫“凤凰”，此时他驻军阿房城，正应验了当年的童谣。

　　听闻慕容冲谋反，率兵包围长安，苻坚大惊，对左右感叹道：“我当年如此恩宠于他，为何他还要叛我？”，并把滞留在长安的前燕后主慕容暐叫到跟前大骂道：“朕以国士之礼对待你们慕容家，谁知慕容垂、慕容泓、慕容冲相继叛朕，你们一家都是人面兽心之人，你是不是也要叛朕，朕可以赐你金银，你出城去吧！”，慕容暐吓得头如捣蒜，猛撞地面，导致满脸是血。到了这时候，仁慈过头的苻坚依然没有惩罚于他。

　　不日，慕容冲再度攻城，苻坚亲自来到城楼，命人从城上扔下一盒，盒内装有绿色锦袍，乃慕容冲少年时最爱之物，并朗声道：“凤凰，朕当年对你姐弟何等宠爱，今日你何至于此，朕知你远来，仍念你冷暖，难道你丝毫不念旧情吗？”。

　　慕容冲闻言，骑在马上，用刀挑起锦袍应道：“孤现在心怀天下，岂能念一锦袍之恩，如今天下皆反，你要能识天命，就把我家皇帝送还，然后君臣束手，出城投降，到时我们慕容家自然不会亏待你们苻氏一族！”。

　　苻坚听完勃然大怒道：“悔不听王景略之言，留得这些狼心狗肺之徒，以至于白虏猖狂至此！”，因为鲜卑人，身材高大，皮肤白皙，所以世人都蔑称他们为白虏。苻坚遗憾此时已把张蚝派出北方平叛，城中并无上将，只得令骁骑将军苻信率军出城迎战，谁知竟被慕容冲杀的大败而回。

　　不久城内的前燕后主慕容暐联络留在长安的几千鲜卑族人，打算里应外合发动叛乱，不慎事发。苻坚此时才勃然大怒，连忙命人将留在长安的数千鲜卑族人杀绝！

　　得知慕容暐被杀，身在华阴的慕容泓于是急不可待的称帝了，慕容冲也在在军中即位称王，同时遣使归附实力更强的哥哥慕容泓。不久慕容泓的十几万大军也来到长安城外，一时间燕军士气大增，攻城更急！围城已有半年，苻坚常亲自披坚执锐站在城头指挥杀敌，无奈始终不能解长安之围。此刻外无援军，内无粮草，秦军陷入绝境，城内百姓出现易子而食的情况！

　　一日清晨，四面城门大开，全城王室、公卿、将士分四路突围，相约寻得勤王大军再来夺城！苻坚听信谶言“帝出五将久长得”，遂带领太子苻宏、两位公主苻宝、苻锦、爱妃张夫人等，在数千秦军的护送下，一路血战突围往西朝五将山的方向逃去。

　　苻坚突围而走，慕容泓、慕容冲得以进入长安，并大封群臣。而在荥阳的慕容垂这时也击败苻丕，攻占故地邺城，闻得慕容暐已死，在群臣的拥戴下即皇帝位！一时间两燕并存，史称西燕、后燕！

　　而苻坚在西遁的路上没有遇到勤王援军，反而等待他的却是一直虎视眈眈，觊觎关中的姚苌！