刘毅伏诛的消息传到了建康，监太尉诸葛长民正在屋子里静坐研习书法。近来他经常心神不定，出现幻觉，有时看见柱子上缠着一条蛇，狰狞可怖的蛇头清晰可见，他急忙叫下人用刀去砍，但蛇头消失了，下人一走，蛇头又冒出来了。有时他看见墙中伸出一只巨手，他又叫人去砍，巨手又不见了。
他怀疑自己是不是做噩梦了，于是和别人说话，声音清晰，问答条理。他也不知道自己这是怎么了。
太尉刘裕处理完刘毅的事情，心事重重地从江陵东下，准备返回建康。刘毅积攒的大批的军用物资也准备一起运送回去，由于事务繁杂有待处理，刘裕一直不能启程回京。
诸葛长民与公卿们每天都到新亭去翘首企盼，等候迎接功勋卓著的太尉凯旋归来。可是一连几天都见不到刘裕的人影，诸葛长民焦灼不安的情绪日甚一日。
二月三十日的晚上，刘裕突然乘快速小艇急速行驶，乘着夜色的掩护，神不知鬼不觉地回到了东府。次日凌晨，诸葛长民才得到消息，大吃一惊，急急忙忙去往东府晋见。
诸葛长民也是刘裕集团的元老之一，他对书法颇有造诣，行书和草书都写得很漂亮。成功反杀刁逵后，被授宣城太守。桓玄死后，受封新淦县公，都督淮北诸军事。曾击退慕容超一次入侵，升青州都督。卢循之乱时，保卫建康有功，迁豫州都督。刘毅叛乱时，出任太尉府监事，由于文武兼修，常把自己比做足智多谋功勋卓著的韩信。于是自我膨胀，妄行不法，骄横放纵、贪婪奢侈，众人颇有微词。
由于一直交往密切，刘裕对他信任有加。去江陵收捕刘毅时，还把老母和幼子交给他照顾。但诸葛长民却常常担心刘裕要查处他。
因为他知道，刘裕之所以能异军突起人望日隆，靠的就是廉洁自守、纪律严明、嫉恶如仇，如今自己不知不觉就走到了刘裕的对立面。这是一种深层次的不可调和的矛盾。如果刘裕放任近在眼前的诸葛长民恣意妄为，将没有办法管理其他人奉公守法，好不容易树立起来的威信将大打折扣。
特别是刘毅被杀，诸葛长民如坐针毡，常自言自语道：“前年杀彭越，今年杀韩信，我的大祸就要来了！
诸葛长民的弟弟，辅国大将军诸葛黎民劝说诸葛长民道：“刘毅的今天就是我们的明天，应该趁着刘裕还没有回来，抢先动手。”
诸葛长民犹豫再三，没有行动，叹息道：“贫贱的时候，常常想着富贵，现在大富大贵了，想要回去当个普通老百姓，也不能够了！”
诸葛长民又不甘心束手就擒，他给刘敬宣写信，试探他的态度道：“刘毅狠毒暴戾，专横任性，他是咎由自取。现在，有叛乱之心的人将要被剿灭，我们的好日子快要来了。”
刘敬宣回信说：“下官当过三个州的刺史，七个郡的太守，常常居安思危，如履薄冰，害怕福分过去，灾祸临头。您所说的好日子的意思，我实在不敢奢望。”
随后又把信送给刘裕，刘裕欣慰地说：“刘敬宣没有辜负我。”这封信引起了对诸葛长民的警觉。
刘穆之担心诸葛长民制造叛乱，私下问何承天：“刘公这次能不能成功？”
何承天说：“明枪易躲，暗箭难防，还是小心为好。”
王诞也知道诸葛长民有作乱的打算，于是向刘裕表示，愿意先行回去，打探消息。
刘裕命壮士丁旿躲在屏风后，才接见诸葛长民。二人见面后，见刘裕笑谈如平日，诸葛长民长吁了一口气，看来是自己多虑了，毕竟自己追随刘裕这么多年，没功劳还有苦劳呢。
诸葛长民感叹地说：“想当初刘毅和咱们一起出生入死情同手足，没想到会心有异志。太尉待他不薄啊，真是知人知面不知心哪！”
刘裕说：“是啊，他打了败仗我就不该纵容他，让他继续官运亨通，实则是害了他呀！”
诸葛长民说：“人心不足蛇吞象。是他不知天高地厚，不自量力，与太尉何干？！”
刘裕说：“刘毅是明火执仗，还好对付，就怕有的人笑里藏刀，防不胜防啊。”
诸葛长民说：“是啊，这种人确实挺难对付的。”
刘裕说：“近来我常听人反映你的所作所为，感觉是民怨沸腾的样子。你到底做了啥了？引起这么大的反响？”
诸葛长民：“树欲静而风不止。是不是看见我和太尉过从甚密，有人从中作梗、挑拨离间呢？我们当初起事的，何无忌战死了，刘毅自缢身亡了，现在轮到我了！”
刘裕说：“身正不怕影斜，无风不起浪。难道大家都和你有仇，不一而同要陷害你吗？”
诸葛长民扑通一声跪倒在地，一迭连声地说：“奴才有罪，求太尉宽恕！”
刘裕继续说：“你且起来。你和刘敬宣写信要过什么样的好日子呀？有叛乱之心的人到底是谁呀？！”
诸葛长民还想狡辩，丁旿突然走出来，用杖击杀诸葛长民，当场立毙。
诸葛长民死后，刘裕立刻派人抓捕诸葛长民的兄弟。大弟辅国将军诸葛黎民“素骁勇，格斗而死”；小弟大司马参军诸葛幼民逃到深山，被人告发，抓回斩杀。
想到诸葛兄弟平日里作威作福横行无忌的样子，人们无不拍手称快。
由于诸葛氏仗凭有功，又和刘裕渊源颇深，大家都敢怒不敢言。刘裕离京去江陵，诸葛长民兄弟更是妄自尊大，狂妄到了极点，甚至想联起手来对刘裕下手。大家对刘裕捏着一把汗，不知在称兄道弟一团和气中暗藏杀机的复杂形势下，刘裕如何破解危局。而今刘裕临危不乱，巧妙布局，以极少的代价就消除了领导层内部的不和谐因素，没有引发社会震荡和不必要的伤亡，令人赞叹。