可是就在司马迁写作《史记》的第十个年头，遭遇了李陵之祸，司马迁被捕，羁押在监狱。在司马迁给任安写的《报任安书》，详细记载了事情的经过：

　　司马迁与李陵同在朝中任职，平素交往并不多，志趣也不尽相同，甚至从未在一起吃过饭、喝过酒。但是司马迁从侧面了解到，李陵在家孝顺父母，在外交往守信用，面对钱财，坚守廉洁，取舍之间，以义为先，待人谦让，礼贤下士，常有奋不顾身、为国分忧、报效朝廷之念，因此他认为李陵有国士之风，能不顾自身为国家赴死，急国家所难，堪为英雄。但李陵出征讨伐匈奴，遭遇失败，那些只知道保全性命、畏首畏尾的大臣，却群起攻讦，构陷夸大李陵的罪过，令人深感痛心。李陵出征时仅率领五千步卒，却能够深入匈奴腹地，挑战虎狼之师，与单于鏖战十几天，斩杀的敌寇远超自身的损失。匈奴单于惊恐万状、穷途末路，不得不求助于左右贤王，举一国之力围攻区区五千壮士。五千汉军健儿转战千里，矢尽计穷，救兵不至，李陵振臂一呼，全军将士仍前扑后继，甘冒霜刃与敌寇死战，绝不后退。

　　一开始李陵从前线派战士返回报告，朝廷公卿王侯都举杯向武帝祝酒庆贺。接下来李陵兵败的消息传来，武帝为此食不甘味，朝堂上一片沉寂，大臣们惴惴不安，不知所措。司马迁看到武帝愁肠百结，悲伤愤懑，恨不能捧上一颗赤诚之心。司马迁认为，李陵一向与部下同甘共苦，获得部下忠心拥戴，在紧急关头才能同生共死，奋力效命沙场。即使古时的名将，也不过如此。虽然暂时陷入敌境，但从李陵一向的行为，司马迁相信，李陵一定会再寻找机会报答武帝的厚恩。汉军虽然失败，但创下的攻績也足以告慰世人。司马迁想把心中的想法向武帝吐露，正好武帝诏问，他就把对李陵的看法一一表述，希望能够作为参考，堵住那些势力小人攻击、诬陷的言论，但却引起武帝的误会，认为他以李陵的功劳贬低貳师将军李广利的功绩，为李陵开脱，将司马迁逮捕入狱。

　　可怜司马迁的拳拳忠心却难以辩解，最终定为侮慢欺君之罪，被判死刑。由于家境贫寒，没有家产足以赎罪，平时的朋友也爱莫能助，朝中的大臣谁也不敢为他说话，司马迁最终只好接受了最为耻辱的腐刑。在这巨大的耻辱面前，司马迁恨不能一死了事，永远解除这无尽的痛苦。但是他同时也开始更深入地思考自己的生命价值和人生志向，对自己的人生道路再一次进行伟大抉择，在《报任安书》中，他这样剖析了自己的心迹：

　　我的祖先不曾立下盖世功勋，享受剖符丹书的荣誉，只是负责文献、史籍、天文、历法，类似占卜、祭祀的小官，在皇上眼里，犹如倡优一般可以任意侮辱，也为世俗所轻视。如果我伏法被杀，就像九牛身上拔去一毛，与蝼蚁又有什么区别？世人看待我的死，不可能与死于名节的英雄相比，只会认为我罪有应得，这都是因为我的工作和职业平素被人轻视的缘故。人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛，死的意义是不同的。人受到惩罚，首先不能辱没先人，其次不能辱没自身；不能受到非礼；不能受到辱骂；不能被绳索捆绑；不能穿上囚衣；不能带上刑具；不能剃去毛发；不能毁伤肌肤；最极端的就是遭受腐刑，这是最重的侮辱。

　　《礼记》说：“刑不上大夫”，指的是士人要爱护自己的气节。猛虎处于深山之中，百兽恐惧，但一旦落入陷阱，却要摇尾乞食，虎威荡然无存。因此在上古时，画地为牢，士人拒绝入内；削木为吏，士人拒绝应对，以自杀回答羞辱。投入监牢的士人说不会受辱，那是自欺欺人。当年的周文王、李斯、韩信、彭越，张敖、周勃、魏其侯等，都是当时的王侯将相，声名远扬，但一旦身陷囹圄，没有含愤自杀，只能与平民一样，怎么会不受到侮辱？因此说，人的勇敢和胆怯是形势造成，人的强与弱为环境所逼迫。人没有不贪生怕死的，思念父母，顾念妻儿，就算受到义理激励的人能舍弃这些，也是迫不得已。

　　勇敢不一定非要为名节去死，怯懦也可以向往道义，何时何地不能激励自己！我虽然怯懦，为活命而苟延残喘，也懂得生命的意义，所以才含垢忍辱，在狱中忍受酷刑！奴婢侍女尚且能自杀殉节，面对死亡，我却这样身不由己。之所以忍受耻辱苟且偷生，生活在粪土之中而不推辞，是因为我心中还有未了的心愿，怕的是一旦死了，所著作的文章不能流传给后世！

　　从司马迁长长的自白中，我们对司马迁的为人有了更深刻的了解：李陵之事本与他无关。他之所以为李陵说话，一是为李陵平时的为人和在战场上英勇杀敌的事迹所感动；二是为那些颠倒是非、混淆黑白、落井下石的小人所气愤；三是为汉武帝的食不甘味所担忧。不幸的是司马迁却因此遭受了比死还要难以接受的奇耻大辱。面对这一奇耻大辱，司马迁展现了一个文化巨人的胸怀和气度，并将他的个人命运与历史人物的悲剧性结合，形成了慷慨悲壮的文风，这种勇敢的殉道精神，是司马迁的人生之所以伟大的主因。