哀帝收到鲍宣的上书，一方面感到言语尖刻难以接受，一方面又不得不承认鲍宣说的都是事实，看到了鲍宣对国家的赤胆忠心。而且他知道鲍宣是名儒，便宽恕了他的言辞激切。这时郡国发生地震，第二年正月初一，又发生日食。哀帝开始感到惶恐，他召见了孔光，罢免了孙宠、息夫躬，斥退宫中侍中诸曹黄门侍郎几十人。

　　鲍宣又再次上书说：“陛下应以天为父，以地为母，以黎民为子。即位以来，上天无光，大地震动，百姓流言四起，互相惊扰。如今元旦‘三始’便发生日食，实在令人恐惧。百姓在正月初一连打碎家中的器物都会害怕，更何况日食！陛下深深自责，避开正殿，选用直言士人，罢免外戚以及身边尸位素餐的小人，征召孔光为光禄大夫，将孙宠、息夫躬罢黜回家，百姓们都十分欢喜。天人同心，人民欢欣鼓舞，上天的愤怒自然解除。但到了二月，白气侵犯太阳，天气连阴不雨，这表明天有忧结未解，民有怨恨未消。

　　侍中驸马都尉董贤与皇上非亲非故，仅凭容貌俊美、谄媚奉承博取了皇上的欢心，陛下对他赏赐无度，耗尽了府库。陛下赐给他三座宅邸，他还嫌不够大，拆除宫廷暴室扩建新房。董贤父子坐着指使将做大臣修建府邸，董府巡夜的小吏都能得到赏赐。董家祭扫祖坟和举行宴会都由太官供应，本该奉养国君的海内贡品也都送到董家，这难道是天意和民意吗？天意不可违逆，对董贤的厚待太过反而害了他。陛下如果真的爱护董贤，就该罢免他的官职，以解除天下人对他的敌视，将他遣回封国，收缴所赐的御用器具，这样才能使董贤父子保全性命。

　　还有息夫躬、孙宠不配享有封国，应褫夺他们的爵位，以警示天下。恳请陛下征召何武、师丹、彭宣、傅喜，让百姓改变对朝廷的看法，顺应天意，整饬朝政，奠定太平基业。”

　　这次上书哀帝一方面非常惶恐，一方面深受感动，部分采纳了鲍宣的谏言，恢复何武、彭宣为三公，任命鲍宣为司隶（哀帝更改司隶校尉名称为司隶，职权类似于丞相府司直。）

　　丞相孔光一年四季要到先帝的陵园视察，丞相府的官员经常不注意，违反礼制在皇帝专用的驰道上驾车行驶。有一次正好被鲍宣撞见，鲍宣当即下令扣留车马，拘押丞相府官员，一点都不给丞相孔光面子。丞相受到羞辱，把事情交给御史中丞处理，侍御史到司隶官署，打算逮捕拘押丞相府官员的从事，却被挡在门外。于是鲍宣被扣上阻止使者执行公务、失人臣礼节、大不敬的罪名，被捕，关押在廷尉署监狱。

　　消息传出，天下震动，无数儒生、百姓、小吏自发为鲍宣请愿。博士弟子济南人王咸在太学门外高举旗帜，喊道：“愿救鲍司隶的，在旗下集合！”一时间聚集了上千学生。第二天早晨上朝，拦住丞相孔光的车辆，议论纷纷，丞相的车子无法前行，学生又守住闕门上书。哀帝没想到鲍宣在民间有这么大的威望，迫于压力将鲍宣减死罪一等，改为髠钳。鲍宣服刑完毕，流放到上党郡长子县。鲍宣发现长子县适宜耕种、放牧，又没有那么多豪强势力，便把家迁到长子县定居。

　　汉平帝即位后，王莽执掌朝政，极力排除打击不归附自己的“汉忠直臣”，处死达数百人。在这样的高压政策下，仍出现了“六人同志”坚决不仕王莽的事件，鲍宣就在其中。公元3年，鲍宣与大司空何武一同下狱致死。

　　东汉建武元年（公元25年），光武帝刘秀登基，大赦天下。光武帝特下诏褒扬鲍宣的忠君之举，并准荫其子孙，任命鲍宣的儿子鲍永为司隶校尉，再行当年其父之责。后来，鲍宣的孙子鲍昱，也同样被任命为司隶校尉。后世评价鲍宣为“三代三司隶，千秋动汉京。”鲍宣凭着一根硬骨头，敢骂皇帝，敢怼权臣，敢揭天下弊政，用一生的清贫与倔强，为西汉撑住了最后一点士大夫的骨气。