整个游戏的剧情设计其实非常简单。

　　总之就是经典反派火箭队的又一个阴谋诡计，绑架了一大堆宝可梦。

　　为了解救这些宝可梦，皮皮毅然踏上了拯救它们的旅程，前往那座传说中藏有火箭队基地的神秘岛屿。

　　然而这里远比想象中的更加凶险。

　　皮皮才刚一过来，就连连遭遇危机。

　　就在情况极度危险之时，皮皮见到了天边的彩虹，以及一道在苍穹之上若隐若现的大鸟的影迹。

　　只可惜皮皮经历了刚才危机...