随着格物堂的教学步入正轨，林砚开始琢磨新的技术——制作玻璃。他发现明朝的琉璃质地粗糙、透明度差，只能用来做装饰品，而且价格昂贵，普通百姓根本用不起。

　　林砚知道，玻璃的主要原料是石英砂、纯碱和石灰石。苏州附近有石英矿，纯碱可以用草木灰和食盐制作，石灰石更是随处可见。他在技造房的作坊里，搭建了一个高温熔炉，开始尝试制作玻璃。

　　第一次制作时，因为熔炉温度不够，石英砂没有完全熔化，得到的只是一堆浑浊的硬块。林砚没有气馁，他改进了熔炉，增加了风箱，提高了炉温。经过多次实验，他终于成功烧制出了透明的玻璃。

　　当第一块平整的玻璃板被从熔炉中取出时，作坊里的工匠们都惊呆了。这块玻璃晶莹剔透，能清晰地看到对面的物体，比明朝最好的琉璃还要透亮。

　　林砚用玻璃制作了各种物品：酒杯、试管、透镜。玻璃酒杯美观实用，被苏州的富商们争相购买；玻璃试管成为格物堂学生做实验的重要工具；玻璃透镜（放大镜）则被医生用来诊治眼疾，受到了百姓们的欢迎。

　　玻璃的问世，在江南引起了轰动。有人说林砚是“神仙下凡”，能造出如此神奇的东西；也有人嫉妒他的才华，暗中散布谣言，说玻璃是“不祥之物”，用了会招灾惹祸。

　　严嵩的党羽、苏州通判王怀安，早就对林砚不满。他认为林砚的技术“动摇祖制”，还抢了传统手工业者的生意。王怀安暗中派人破坏林砚的玻璃作坊，还向朝廷弹劾林砚“妖术惑众，败坏风气”。

　　林砚得知后，并没有慌乱。他一方面加强作坊的安保，防止再次被破坏；另一方面，他带着玻璃制品去拜见胡宗宪，向他说明玻璃的用途和好处。

　　胡宗宪看着手中的玻璃透镜，能清楚地看到纸上的小字，不禁感叹：“这玻璃真是个好东西，既能做实验工具，又能方便百姓，怎么会是不祥之物？王怀安这是在胡说八道！”

　　他当即写了奏折，向朝廷举荐林砚，还派人保护玻璃作坊。有了胡宗宪的支持，王怀安的阴谋没有得逞，玻璃的生产得以继续。

　　苏婉儿得知林砚遇到麻烦后，特意从吴江赶来。她看着林砚，关切地问：“林先生，你没事吧？那些谣言你别放在心上。”

　　林砚笑了笑：“我没事，有胡大人支持，还有苏姑娘关心，这点小麻烦不算什么。”他拿起一个玻璃酒杯，递给苏婉儿，“这是我用新玻璃做的，送给你。”

　　苏婉儿接过酒杯，透过透明的玻璃，能看到杯中倒映出自己的笑容。她轻声道：“谢谢林先生，这是我收到过最好的礼物。”