同治皇帝全名为爱新觉罗·载淳，尊号为穆宗继天开运受中居正保大定功圣智诚孝信敏恭宽毅皇帝。他是咸丰皇帝的长子，生母为孝钦显皇后那拉氏，于咸丰六年（公元1856年）三月二十三日，在储秀宫出生。
咸丰十一年，载淳开始入学读书，由编修李鸿藻教授课业。七月，咸丰皇帝身体不适，壬寅日，病情急剧恶化，召来御前大臣载垣、端华、景寿、肃顺，军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛，宣布立载淳为皇太子，并任命载垣、端华、景寿、肃顺、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛八人赞襄政务。
癸卯日，咸丰皇帝驾崩，朝廷召陈孚恩、文煜前往皇帝行宫。甲辰日，尊咸丰皇帝的皇后和载淳的生母并为皇太后，并谕令军机处，在各类奏折、文书后署上赞襄政务王大臣的名号。乙巳日，下令惇亲王、恭亲王、醇郡王、钟郡王、孚郡王在日常召对和接受宴饮赏赐时，可免除叩拜之礼；同时，停止各省进献地方特产。
丙午日，决定将顺天的文乡试推迟到九月举行，恩科武会试在十月，顺天武乡试在十一月；授予骆秉章四川总督一职，督办军务；召云贵总督刘源灏回京，由福济接替其职务；任命崇实为成都将军，不久后又命他协助办理四川军务。湖北官军收复武昌、咸宁、通城等县以及江西义宁州。戊申日，任命景纹为驻藏办事大臣。己酉日，允许恭亲王前往皇帝行宫叩谒咸丰皇帝灵柩。庚戌日，薛焕奏请招商试运淮盐以补充军饷，朝廷商议后决定施行。辛亥日，广东的太平军攻陷吉安，广西官军则收复宾州。癸丑日，为宣宗皇帝和皇后追加尊谥。甲寅日，太平军又攻陷靖安、武宁、义宁各州县。乙卯日，确定年号为“祺祥”。
八月初一，出现日月合璧、五星联珠的天象。太平军攻陷严州，但很快又被官军收复。戊午日，官军收复新昌、奉新、瑞州、上高。己未日，朝廷命景廉前往叶尔羌，查办英蕴敛财杀人之事；批准曾国藩的请求，将上海现有的轮船驶往皖江，归其军队训练使用。辛酉日，湖北官军收复德安。壬戌日，江西官军收复武宁、靖安。癸亥日，颁布咸丰皇帝遗诏。胜保的军队收复濮州。丁卯日，捻匪渡过运河，朝廷谕令胜保与僧格林沁等人进行截击围剿，防止捻匪向北逃窜。戊辰日，胡林翼因病请假，朝廷命李续宜暂代湖北巡抚。庚午日，御史董元醇奏请皇太后暂时代理朝政，并挑选一两位亲王辅佐。载垣等人拟定旨意进行驳斥。甲戌日，曾国荃的军队收复安庆。戊寅日，广西官军收复浔州。庚辰日，四川的番贼攻陷松潘。辛巳日，朝廷论及收复安庆的功劳，加封官文、曾国藩为太子少保，胡林翼为太子太保，并赐予他们骑都尉世袭职务；赏赐李续宜黄马褂，授予杨载福、多隆阿云骑尉世袭职务。癸未日，为咸丰皇帝上尊谥为协天翊运执中垂谟懋德振武圣孝渊恭谦仁宽敏显皇帝，庙号文宗。与此同时，苗沛霖攻陷正阳、霍丘，围困寿州。
九月初一，为母后皇太后上徽号“慈安”，为圣母皇太后上徽号“慈禧”。辛卯日，杨载福的军队收复池州。壬辰日，捻匪窜犯汜水、巩县，被官军击退；朝廷召张亮基回京；金州发生地震。甲午日，四川军队平定会理的回匪。丁酉日，朝廷批准乐斌等人的奏请，因撒拉回匪投降，撤回官军。庚子日，四川军队收复名山。壬寅日，多隆阿、曾国荃等人收复桐城、宿松、蕲州、黄梅、广济；彭玉麟、成大吉等人收复黄州。湖北巡抚胡林翼去世，朝廷调任李续宜为湖北巡抚，仍驻守鄂、皖交界，督办军务；提拔彭玉麟为安徽巡抚。癸卯日，浙江官军收复于潜、昌化。太平军窜犯严州，张玉良等人的军队溃败。甲辰日，英、法撤出广州驻军，英国撤出驻天津的马队。乙巳日，僧格林沁剿灭青州等地的捻匪，朝廷赏还他御前大臣衔及黄缰。戊申日，同治皇帝护送咸丰皇帝灵柩返回京师，免除承德及宛平各府县的田赋。己酉日，苗沛霖反叛，朝廷命袁甲三会同贾臻等各路军队进行讨伐。甲寅日，同治皇帝侍奉母后皇太后、圣母皇太后回宫。乙卯日，因载垣等人擅自更改谕旨，极力阻止皇太后垂帘听政，朝廷解除载垣、端华、肃顺的职务，罢免景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛的军机大臣之职；命恭亲王会同大学士、六部、九卿、翰詹科道官员，按照律法进行核查奏报。贾桢、周祖培、沈兆霖、赵光上疏请求由皇太后掌握政权，并商议皇太后召见大臣的礼节以及办事章程。胜保上疏请求皇太后亲理朝政，并挑选亲王辅政。朝廷命王大臣、大学士等商议后奏报。召醇郡王奕譞来京。当日，朝廷剥夺载垣、端华、肃顺的爵位和职务，将他们逮捕审讯定罪；命睿亲王仁寿、醇郡王奕譞逮捕肃顺并押解回京。朝廷下诏，文武各衙门自十月十六日以后，轮流值日。鲍超的军队收复铅山。当月，朝廷免除西宁碾伯因受侵扰而应缴纳的赋税。
冬十月初一，朝廷任命恭亲王奕为议政王，在军机处任职；大学士桂良、户部尚书沈兆霖、侍郎宝鋆、文祥为军机大臣；鸿胪寺少卿曹毓瑛在军机处学习任职；召盛京户部侍郎倭仁来京。丁巳日，朝廷下诏广开言路，并重申严格门禁制度。戊午日，咸丰皇帝的灵柩运抵京城，安放在乾清宫。庚申日，朝廷下诏将年号由“祺祥”改为“同治”。辛酉日，恭亲王等人拟定奏请，建议按照大逆之罪，对载垣、端华、肃顺处以凌迟之刑。最终，朝廷下诏赐载垣、端华自尽，将肃顺斩首；革除景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛的职务，将穆荫发配到军台服役。壬戌日，朝廷革除陈孚恩、黄宗汉、刘昆、成琦、德克津太、富绩的职务；并谕令既往不咎，众臣不要再请求查办与载垣等人有牵连的官员；同时，告诫王公贵族和内外文武大臣，不得揽权受贿。甲子日，同治皇帝在太和殿举行即位大典，接受群臣朝贺，并颁布诏书昭告天下，将明年定为同治元年，对朝廷内外进行施恩，除了那些罪大恶极、不在赦免范围内的罪犯，其余皆可赦免；同时，惇亲王、恭亲王、醇郡王、钟郡王、孚郡王在谕旨和奏疏中可不必自称其名。乙丑日，皇太后懿旨指出，因财力物力紧张，告诫内务府在宫廷用品的使用上，要厉行节俭；朝廷赏还僧格林沁博多勒噶台亲王爵位；命刑部核查结案五宇钞票案；并通令中外，清理积压的案件。丙寅日，苗沛霖攻陷寿州，东南方向传来如雷般的声响；朝廷谕令热河尚未完工的工程立即停止。丁卯日，朝廷申诫各路统军将领，不得粉饰军情、拖延战事，纵容贼寇、祸害百姓；并补行咸丰十年恩科武会试。己巳日，朝廷任命总兵冯子材督办镇江军务。庚午日，朝廷谕令议政王等人在处理政务时，不要回避小的矛盾。壬申日，朝廷谕令统兵大臣，要如实考核将士的功过，做到赏罚分明。癸酉日，太平军攻陷严州、余杭；朝廷命曾国藩统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，节制巡抚、提督以下各级官员；命瑞昌协助办理浙江军务；太常寺少卿左宗棠前往浙江剿贼，并可自行调遣提督、总兵以下官员。丙子日，朝廷再次申明，郊祀配享仍以三祖五宗为准，咸丰皇帝入太庙后称宗；起用已退休的大学士祁俊藻、翁心存，以及前太常寺卿李棠阶；抄没陈孚恩家产，将其下狱治罪；官军收复无为州和随州。丁丑日，朝廷申诫朝中大臣，遇事不可因循守旧；并谕令官文、曾国藩等人妥善筹划对苗练的剿抚事宜。太平军攻陷萧山、绍兴以及江山、常山，朝廷催促左宗棠迅速率军支援。己卯日，朝廷释放被关押在狱中的贝子德勒克色楞。辛巳日，朝中大臣商议后上奏垂帘听政的章程，皇太后懿旨批准。朝廷下诏举行恩科考试。起初，乌拉地区停止采捕珍珠已有八年，至此，朝廷谕令仍继续停办。壬午日，陈孚恩被发配到新疆；朝廷命侍郎宝鋆、董恂在总理各国事务衙门任职。甲申日，法国军队撤离天津。
十一月初一，同治皇帝侍奉慈安皇太后、慈禧皇太后驾临养心殿，开始垂帘听政。丙戌日，朝廷谕令各省在处理与教民相关的交涉事务时，要分清好坏，公正处理。丁亥日，朝廷谕令确定户部五宇钞票侵吞款项者的罪名；恢复熙麟等人的官职。庚寅日，朝廷命各军举荐将才。壬辰日，山东教匪发动叛乱，成禄等人将其平定，匪首延秀轮被诛杀。甲午日，此前张亮基奏称云南副将何有保杀害邓尔恒，怀疑是徐之铭主使。此时，徐之铭却粉饰军功，为何有保请求奖赏，朝廷谕令福济进行调查，并将徐之铭撤职严办。乙未日，石达开窜犯绥宁。庚子日，朝廷谕令朝廷内外举荐人才，并以曾国藩、胡林翼、骆秉章为榜样。辛丑日，太平军攻陷绍兴、诸暨，朝廷革除王履谦的职务并将其逮捕审问。壬寅日，福济因胆小怕事、投机取巧被革职；朝廷赏赐潘铎二品顶戴，暂代云贵总督。僧格林沁在寿张等地围剿会匪，取得大捷。癸卯日，朝廷命彭玉麟协助袁甲三处理军务；官军收复来安。乙巳日，给事中高延祜弹劾徐之铭贪婪荒淫、行事荒谬，以及滇省练党肆意妄为，朝廷谕令潘铎进行查办。丁未日，朝廷下诏，命各省举荐奉公守法的官吏，并寻访学问品行俱佳的士人。庚戌日，朝廷任命吴棠为江宁布政使，兼任代理漕运总督，督办江北粮台。癸丑日，太平军攻陷处州。
十二月初一，朝廷谕令曾国藩全面筹划进剿事宜。乙卯日，朝廷谕令谭廷襄前往东昌筹备河防；濮州、范县的教匪被平定。丁巳日，胜保奏报收抚匪首刘占考、宋景诗。戊午日，国瑞的军队收复范县；太平军攻陷宁波、镇海以及绍兴下属各地。己未日，朝廷谕令整顿盐务。辛酉日，朝廷命左宗棠迅速率军支援杭州，张运兰归其调遣，左宗棠可直接奏报军事情况。壬戌日，朝廷命江宁副都统魁玉协助办理镇江军务；因毛鸿宾进言，朝廷谕令各地督抚及统兵大臣，要根据地方情况选拔将领，不要只依赖楚勇。袁甲三的军队收复定远；朝廷允许廓尔喀按惯例进贡的时间改到丁卯年。乙丑日，福建的会匪攻陷福鼎，不久后又被官军收复；河南捻匪窜犯枣阳。丁卯日，曾国藩推辞节制四省军务的任命，朝廷未予批准。己巳日，朝廷为孝德皇后上尊谥为孝德温惠诚顺慈庄恭天赞圣显皇后；兵部侍郎庆英因有罪被革职，发配到新疆；朝廷任命青海札萨克贝勒纲僧却多布为左翼盟长。辛未日，朝廷革除毓科的职务，提拔沈葆桢为江西巡抚；命恭亲王、醇亲王督率瑞麟、文祥等人管理神机营。曾国藩奏请派遣道员李鸿章统领水陆军队前往镇江，谋划收复苏州、常州，朝廷批准；同时，确定登莱青道驻扎在烟台，负责监督东海关税务。壬申日，朝廷将端华、载垣的世袭爵位降为不入八分辅国公。甲戌日，朝廷免除安徽、江苏、浙江等地因受贼患影响，来年应缴纳的赋税。乙亥日，朝廷批准江忠义为父母守满三年丧期；命田兴恕兼任代理贵州巡抚，不久后又改由韩超代理；命张亮基督办云南军务，免去徐之铭云南巡抚一职，由张亮基暂代。丁丑日，多隆阿的军队进攻庐州；石达开窜犯沅江、黔阳，逼近四川边境，朝廷谕令骆秉章、田兴恕联合出击；两淮地区的太平军攻陷杭州，瑞昌、王有龄战死；朝廷革除闽浙总督庆端的职务，命其留任；任命左宗棠为浙江巡抚；彭玉麟辞去巡抚一职，请求专心负责剿贼事务，朝廷批准，并任命他为水师提督；朝廷调任李续宜为安徽巡抚，严树森为湖北巡抚；任命郑元善为河南巡抚。戊寅日，祁俊藻以大学士衔担任礼部尚书；改任彭玉麟以兵部侍郎候补。庚辰日，捻匪围困颍州；胜保弹劾严树森，朝廷谕令严树森“要深刻反省自己，保全名节，不辜负咸丰皇帝的信任和重托”；因薛焕提议，朝廷谕令总理各国事务衙门与英、法两国商议借兵剿贼之事。壬午日，朝廷追封皇弟二阿哥为悯郡王；催促左宗棠进军浙江；命胜保率领部队前往颍州。癸未日，僧格林沁在曹州河南岸截击窜匪，并将其全部歼灭。
同治元年（公元1862年）正月初一，慈安皇太后、慈禧皇太后驾临慈宁宫，同治皇帝率领王公大臣行礼，随后在乾清宫接受朝贺，此后每年正月初一都如此。朝廷任命麟魁、曾国藩为协办大学士。初二，朝廷下诏，考虑适当撤减亩捐、厘捐，安抚跟随出征将士的家属，抚恤伤亡兵勇的子孙。因江西匪患肃清，赏赐鲍超黄马褂，李世忠收复六合，也获同样赏赐。初三，朝廷谕令曾国藩、左宗棠保住衢州，进而解除徽州之围，还命曾国藩挑选将领支援上海，调蒋益澧所部前往左宗棠军中。初七，胜保将军队转移到颍州，朝廷命副都统遮克敦布、道员王榕吉接管其原防务。初八，四川官军收复丹棱，匪首蓝潮鼎被诛杀，同时官军还收复了平越。初九，李世忠的军队收复天长。初十，太平军李秀成部攻陷奉贤、南汇、川沙，朝廷命都兴阿率水师扼守吴淞口。十三日，乐斌因纵容匪患、祸害百姓，被解除职务接受审讯查办，朝廷命麟魁暂代陕甘总督，与沈兆霖一同负责对撒拉族回民进行剿抚。太平军向上海逼近，薛焕奏报英法官员协同防守剿匪，得到朝廷嘉奖。十四日，此前绵性奏请更改回民赋税征收方式，景廉前往阿克苏调查办理，此时景廉弹劾绵性，绵性因此被革职，不久后发配到吉林，回子郡王爱玛特被押解回库车管束。朝廷申诫回疆各大臣不得再摊派征收赋税，命英蕴调查禁止私自典卖阿克苏各城回民土地。十五日，太平军进犯镇江，被冯子材率军击退，捻匪窜至沭阳，朝廷谕令僧格林沁兼顾南北防务，官军收复莘县。十六日，麟魁去世，李世忠军队攻克江浦、浦口，朝廷撤去庆端职务，命耆龄前往福建接手支援浙江的军务。十七日，朝廷提拔鲍超为浙江提督，冯子材为广西提督。二十日，朝廷命乔松年督办沿江团练。二十三日，前任安徽巡抚翁同书因丢失寿州、定远，被革职逮捕审讯，不久后被判斩首。二十四日，朝廷下令加铸阿克苏钱币。二十五日，文煜等人上奏北塘防守事务相关方案，获朝廷批准施行，英法留下军队驻守大沽炮台。云南官军收复丽江，但回匪窜至昆明。二十七日，太平军窜至松江，官军联合外国军队迎击，取得大胜，洋将美国人华尔原本已加入中国籍，获赏四品顶戴、花翎。二十九日，朝廷命张亮基招募军队前往云南。三十日，朝廷谕令遮克敦布等人联合围剿河套地区的捻匪。
二月初一，官军收复来凤。初二，皇太后懿旨安排同治皇帝在弘德殿入学读书，由祁俊藻、翁心存教授课业。初三，朝廷提拔曾国荃为江苏布政使，并令他继续办理军务，无需回避。初四，太平军攻陷黄岩，同时官军解除了镇江、徽州的围困。初八，西宁办事大臣多慧、提督成瑞因谎报撒拉族匪众投降，一同被革职议罪，不久后被判斩首，乐斌因庇护他人被革职，发配到新疆。初九，朝廷命都兴阿派兵驻守天长、六合，李世忠将军队转移到江浦、浦口，要求二人同心协力。太平军攻陷安义，很快又被官军收复。初十，捻匪包围杞县。十一日，朝廷将倭仁进献的古帝王事迹及古今臣工奏议，用于弘德殿讲学。十二日，僧格林沁率军大胜捻匪，捻匪从杞县窜至通许，官军继续追击。十五日，石达开窜至酆都，朝廷允许田兴恕辞去钦差大臣一职，率部前往四川，归骆秉章节制，同时命韩超筹划贵州的防剿事务。十六日，薛焕奏报联合英法军队，攻克高桥贼军堡垒，美国人白齐文原本已加入中国籍，获赏四品顶戴、花翎。十九日，金陵太平军渡江骚扰江浦等地，朝廷谕令曾国藩、都兴阿抽调水师船只进行截击。二十日，多隆阿率军进攻庐州。二十三日，因上海洙泾陷落，朝廷革去提督曾秉忠职务，上海官军联合英法军队剿灭萧塘贼军堡垒，朝廷命崇厚、成明督办天津海防。二十四日，朝廷恢复郑亲王、怡亲王的世袭爵位，谕令李续宜安顿好皖北流亡百姓。本月，朝廷免除汀州等地因受战乱侵扰而应缴纳的赋税。
三月初一，捻匪窜至太和。初二，朝廷允许英法派遣水师船只前往长江协同防剿。初四，太平军窜犯上海，被薛焕率军击败。初六，贼军攻陷青田，朝廷批准郑元善的请求，让处于丁忧期的布政使张曜专门负责剿匪事务。初八，自正月以来一直未下雨，朝廷下诏反省自身，征求大臣们的直言进谏，左宗棠收复遂安，宋景诗投降的部众在兰仪反叛。初十，太平军进犯庐州、和州及江浦。十二日，胜保率军支援颍州，取得大胜。十四日，郑元善奏报招降宋景诗，让其戴罪立功，朝廷批准。十五日，朝廷命李续宜、郑元善协助胜保处理军务。十八日，前府尹庄琦龄应召入宫，提出尊崇正统儒学、疏通正途官员晋升渠道、限制津贴发放和厘金抽取、筹备军需等十二条策略，朝廷商议后决定施行部分内容，但因停止官员养廉银、清查陋规会妨害政体而未批准这两条。朝廷下诏让各省举荐孝廉方正之人，要求务必选拔真正的儒者。二十日，朝廷命沈兆霖率军前往西宁剿灭撒拉族匪众。二十二日，同治皇帝生日，朝廷停止接受朝贺。二十三日，朝廷催促曾国藩分兵支援湖州。二十四日，汇编帝王政治及前朝太后垂帘听政事迹的书籍完成，命名为《治平宝鉴》。二十六日，朝廷命副都御史晏端书前往广东督办厘金事务，吴棠督办江北团练，命薛焕以头品顶戴担任通商大臣，任命李鸿章暂代江苏巡抚。京口副都统海全剿匪失利，不幸战死。二十九日，朝廷免除回疆新旧规定应进贡的物品。本月，同治皇帝亲自前往大高殿祈雨达三次之多。
四月初二，朝廷谕令统兵大臣慎重使用军饷，去除不必要的开支，景其濬进献《历代君鉴》，获朝廷嘉奖采纳。初三，朝廷批准骆秉章的奏请，让田兴恕继续办理贵州军务。初五，太平军攻陷宜阳，很快又被官军收复。初六，天降大雨，鲍超军队收复青阳，曾国荃军队收复巢县、含山、和州。初七，普承尧被发配到军台服役。曾国藩等人奏称，江苏绅士请求借英法军队收复苏州、常州，此议绝不可行，朝廷认可这一建议，同时令李鸿章约束管理华尔的常胜军。太平军李世贤部窜入江西，沈葆桢前往广信督办防剿事务，比利时请求与清廷换约，朝廷谕令薛焕妥善斟酌办理。初八，朝廷为孝静成皇后上尊谥为孝静康慈懿昭端惠弼天抚圣成皇后。初十，朝廷命薛焕为全权大臣，负责办理与比利时的通商事务。十一日，贼军攻陷汉中。十三日，四川官军收复青神，左宗棠解除衢州、江山之围。十四日，捻首张洛行向北逃窜，朝廷谕令僧格林沁等人筹备防务，因福建军队作战失利，庆端隐瞒不报，朝廷严厉斥责。十六日，曾贞幹收复繁昌，鲍超收复石埭、太平、泾县，上海军队联合英法军队平定南翔贼军堡垒，收复嘉定。十八日，都兴阿击败从扬州逃窜的匪军，官军收复颍上，太平军攻陷孝义、镇安，河南官军收复永宁。十九日，因叶尔羌阿奇木伯克郡王阿克拉伊都违反规定摊派捐税，擅自杀害回民，朝廷剥夺其郡王爵位，并惩治英蕴。二十二日，西安副都统乌兰都剿匪失利，朝廷谕令官文、郑元善分兵前往陕西支援。二十六日，台湾会匪攻陷彰化，太平军向西安逼近，朝廷催促官文、郑元善派兵联合围剿。二十七日，朝廷为慈安皇太后、慈禧皇太后加徽号，并颁布诏书广施恩泽。二十八日，多隆阿军队攻克庐州，匪首陈玉成逃至寿州境内，被苗沛霖诱捕擒获，朝廷下令免除苗沛霖的罪行。二十九日，张运兰军队收复旌德，曾贞幹军队收复南陵，撒拉族回民围攻巴燕戎格，沈兆霖率军前往支援剿匪，上海官军收复青浦。三十日，何桂清被押解到京城，朝廷命大学士会同刑部进行审讯拟罪。本月，朝廷免除安州等州县因水灾拖欠的赋税。
五月初一，官军收复宁波、镇海。初二，郑元善将军队转移到汝宁，太平军攻陷陕西山阳，朝廷命多隆阿督办陕西军务。初三，天降大雨，朝廷命吴振棫迅速前往山西协助筹备防剿事务。初四，朝廷命明谊迅速前往塔城与俄国勘定地界，命徐宗幹剿灭台湾匪患。初五，朝廷赐徐郙等一百九十三人进士及第或出身。初六，因诸暨农民包立身组织练勇杀贼，朝廷谕令左宗棠酌情任用。李世忠军队截击江南来援的贼军，取得大胜。初八，广西官军收复太平，刘长佑前往浔州督率剿匪。太平军攻陷渭南。十一日，王履谦被发配到新疆。太平军包围温州、瑞安，朝廷谕令庆端等人进军支援，并让左宗棠兼顾此地防务。太平军进犯潼关，朝廷谕令沈兆霖传令马德昭支援陕西。十四日，彭玉麟、曾国荃各军收复太平及芜湖城、金柱关、东梁山各要隘，朝廷赏赐李成谋黄马褂，官军联合英法军队攻克南桥、柘林、奉贤各城。南桥攻克时，法国提督卜罗德战死，朝廷嘉奖哀悼他，赐予祭典，并赏赐其家属珍贵物品。十五日，太平军窜至陕州，因铜仁、石阡的苗民、教众匪患猖獗，朝廷谕令毛鸿宾、韩超联合围剿。十七日，朝廷命侍郎恒祺会同崇厚办理与葡萄牙的通商事务，此时英国计划调印度军队协助清廷剿匪，朝廷谕令曾国藩等人迅速攻克金陵、苏州、常州，以杜绝英国的觊觎之心。十八日，太平军攻陷兴义，官军收复霍丘。十九日，前太常寺少卿李棠阶上疏建议，在师傅辅佐教导皇帝之余，要提前杜绝皇帝身边亲近侍从逐渐干预政事的苗头，还建议讲解《御批通鉴辑览》及《大学衍义》，朝廷下优诏回复。二十日，官军收复台州府的仙居、黄岩等六个县，贼军头目吴建瀛等人献南汇投降，官军收复川沙，贼军又攻陷嘉定，朝廷免除直隶拖欠的旗租。二十一日，官军进攻雨花台。二十三日，朝廷批准曾国藩的建议，仍以安庆为安徽省治所，设立长江水师提督，驻扎在芜湖，命恒祺为办理与葡萄牙通商的全权大臣，总理各国事务衙门奏报法国公使照会称田兴恕虐待教民，朝廷命骆秉章、劳崇光进行查办。二十四日，陈玉成被押解前往京城，朝廷下诏在途中将其凌迟处死，汝州练勇头目李瞻图谋反叛，被官军剿灭。二十五日，李世忠军队渡江攻克龙潭等处贼军堡垒，进攻九洑洲，朝廷谕令曾国藩进行节制。朝廷谕令明谊按照条约和地图与俄国详细划分边界事务，命锡霖协助办理北路分界事宜。二十六日，官军收复陕西山阳。二十七日，占据山阳的贼军窜至郧西，英蕴被发配到盛京。四川匪军攻陷太平厅，窜扰陕西定远，张芾在临潼县招抚反叛回民时，被劫持杀害。三十日，彭玉麟、曾国荃等军攻克秣陵关等要塞，向金陵逼近，太平军攻陷湖州，在籍的福建粮道赵景贤战死。
六月初一，耆龄因在支援浙江时拖延逗留，被革除职务，但仍留任原职。初四，朝廷谕令李续宜统筹调度淮北地区剿捻事务，并约束苗沛霖的势力。初五，僧格林沁等率领的军队攻克金楼的贼军堡垒。初七，朝廷命六部、九卿再次审议何桂清的罪行。初九，四川匪军攻陷西乡，不过官军很快收复了定远。李鸿章督率程学启等将领率军围剿太平军，取得大胜。此时，西安、同州地区汉民与回民发生械斗，渭北村镇惨遭烧杀。朝廷下令要分别进行剿抚，只分辨是非曲直，不区分汉回身份。十一日，四川官军收复太平。十二日，太平军攻陷郧西。十三日，何桂清被下令斩首。十四日，直隶地区遭受蝗灾。十五日，太平军从伊、洛向南逃窜，朝廷命胜保督率军队进行围剿。陕西回民攻打西安及同州，朝廷催促雷正绾入关支援。十七日，朝廷申诫统兵大臣不得欺瞒粉饰、随意保举，同时要求各地督抚严禁州县借着受灾名义请求缓征赋税，却私下照旧征收。十九日，贼匪攻陷天柱。二十二日，大学士桂良去世，朝廷追赠他为太傅，并颁布敕书奖励廓尔喀王。二十三日，朝廷下诏，凡是陷入贼军后归来的难民，一概免罪；同时重申对失守城池官员的惩处律法，并确定与比利时的通商条约。常清等人奏报，俄国人称哈萨克汗阿勒坦沙拉已归属俄国，朝廷谕令查实情况后酌情处理，并让各台吉另外推举承袭汗爵之人。二十四日，朝廷严厉谕令文煜等人缉拿直隶地区的马贼，同时命谭廷襄前往兖、沂地区督率围剿各类匪患及流窜的捻匪。二十五日，官军收复青田。二十六日，朝廷批准僧格林沁的请求，收抚苗沛霖。二十八日，石达开窜至綦江，被官军打得大败，随后逃往珙、高等县。二十九日，朝廷催促多隆阿支援西安，剿灭回民匪患，告诫他不要被招抚之议误导，同时要解散被胁迫的良善回民。当月，朝廷免除直隶、河南地区拖欠的赋税及杂粮税。
秋七月初一，安集延匪首倭里罕进入喀什噶尔卡滋扰，被官军击败。浩罕发生内乱，伯克迈里被杀。初四，朝廷命景纹征调达木蒙古兵及夥尔等族番兵前往西藏。初六，因陕西回民惨杀汉民，朝廷催促多隆阿等人入关。不久后又因他们行动迟缓予以斥责，并命令胜保分兵支援陕西。袁甲三因病免职，朝廷任命李续宜为钦差大臣，督办军务。初七，李鸿章的军队攻克金山卫。初八，甘肃撒拉族回民投降，安集延贼军逃出卡外。俄国人宣称哈萨克、布鲁特是其国土，朝廷命常清核查情况，由总理各国事务衙门进行交涉，明绪会同明谊勘察西部边界事宜。初九，朝廷任命倭仁为协办大学士。十一日，四川匪军攻陷洋县。十五日，四川官军收复长宁。朝廷命爱仁、王茂荫秘密考察陕西吏治。提拔知州秦聚奎为大顺广道，会同遮克敦布办理直隶、山东防务。十六日，总兵田在田因纵容士兵劫掠，被革除职务。十七日，沈兆霖在督剿撒拉族回民后，返回平番时，遭遇山洪暴发不幸身亡。太平军窜至南阳，朝廷命胜保进入陕西督办军务，节制各军；同时任命熙麟为陕甘总督。朝廷批准冯子材的请求，精简淘汰镇江军队。二十日，毛鸿宾剿除贵州匪患接连获胜，朝廷谕令韩超谋划收复失地，刘长佑设法解散瑶人武装，毛鸿宾联合围剿贵州、广西的匪患。二十一日，福建官军收复宣平、松阳、瑞安。朝廷任命庆端为福州将军，耆龄为闽浙总督。二十二日，李续宜母亲去世，朝廷下诏让他暂时放弃守丧，署理安徽巡抚一职。二十三日，西北方出现彗星。中国与葡萄牙的通商条约达成。朝廷命僧格林沁统领河南、山东军务，节制督抚以下官员，并与李续宜共同商议办理安徽剿匪事务。总理各国事务衙门奏请设立同文馆，学习外国语言文字，朝廷批准。二十四日，鲍超的军队收复宁国，官军还收复了景宁、云和，湖北官军收复郧西。朝廷谕令刑部清理积压案件。此前，广东恩平、阳春、新兴等县土民与客民相互争斗，九年未能解决，至此朝廷谕令劳崇光劝止争斗，并提前筹划善后事宜。二十五日，因出现星象变异，朝廷下诏征求大臣们的直言进谏。二十七日，林福祥、米兴朝因失守城池且临阵脱逃被处斩。朝廷谕令都兴阿切实核查沿江地区的厘税。云南回民匪军攻陷永昌、龙陵、腾越。当月，朝廷免除江西义宁等州县拖欠的赋税及芦课税。
八月初一，因台州民团成功收复郡县，朝廷下诏免除同治元年、二年当地的钱粮赋税。初二，李鸿章的军队攻克青浦。朝廷再次申令各地督抚彻底革除捐输、抽厘、逼勒等弊端。初三，朝廷准许京官俸禄按比例搭配现金发放。初四，回民匪军包围咸阳等城，朝廷谕令胜保进入潼关督率围剿。初五，哷徵呼图克图的名号及黄缰被革除。因西藏事务平定，朝廷停止征调番兵及四川的饷银，并下诏让顺天、直隶地区捕杀蝗虫。初九，徐之铭奏请阻止张亮基带兵进入云南，朝廷斥责他受回民挟制，未予批准。十一日，朝廷谕令严密防范陕西匪军与甘肃回民相互勾结。十二日，朝廷谕令胜保分兵前往山西，英桂筹备山西省防务。十三日，朝廷谕令胜保围剿渭北的匪军，多隆阿围剿渭南的回民匪军，同时兼顾镇平地区。十四日，朝廷遣散林自清的练众返回云南。十五日，陕西回民包围朝邑。特普钦等人奏报呼兰地区垦荒民众日益增多，请求设立理事同知等职，朝廷审议后批准施行。朝廷任命傅振邦协助谭廷襄处理军务。十六日，朝廷谕令各省清查人员品行。十七日，李续宜请假回家治丧，由唐训方暂代其职务。朝廷命福济会同景纹办理西藏事务，命僧格林沁节制淮北军队，对苗沛霖势力和捻匪进行剿抚。二十一日，陕西回民向西窜至同州，朝邑道路恢复畅通。逆贼首领洪容海前往鲍超军中投降，并率领所部攻克广德。二十二日，北新泾之围解除，上海防务肃清。二十三日，甘肃回民窜至凤翔。太平军与捻军联合进犯淅川，攻陷竹溪、竹山。二十四日，朝廷批准王大臣的奏请，停止护送迁移山陵之事，命大臣商议由近支亲王代为举行相关典礼。镇江设立关卡征收洋税。二十六日，朝廷谕令胜保传令马德昭率军驻守长武一带，防止回民匪军窜入甘肃，同时提拔雷正绾为陕西提督。二十七日，台湾官军解除嘉义之围，官军还收复处州及缙云。朝廷命总兵黄开榜接管田在田的军队。二十八日，朝廷批准直隶增募马勇缉拿马贼，官军收复青溪。朝廷命耆龄专门负责支援浙江的军务。二十九日，山东官军围剿捻匪取得大胜。胜保奏报在斜口击败回民匪军，西安解围，匪军窜至渭北，朝廷下旨斥责他处事随意。朝廷命雷正绾协助胜保处理军务。官军收复浙江余姚、广西阳朔。因太平军窜至阌乡，朝廷催促郑元善率军赶赴河、洛地区。
闰八月初一，庆端的军队收复缙云。初四，多隆阿的军队攻克荆紫关。初五，湖北官军收复竹山、竹溪，贵州官军收复天柱、邛水。太平军窜至老河口，回民匪军包围泾阳，朝廷饬令雷正绾率军进剿，西安解除戒严。初七，法库门回民发生内部争斗，玉明等人将其劝解散。朝廷催促文煜、谭廷襄抓捕直隶、山东边界的马贼。初八，回民匪军再次攻打西安，云南匪军从四川窜至塼坪，太平军从阌乡窜至永宁。朝廷批准河南收取长芦盐厘补充军饷。初九，洪容海投降的部众再次反叛，占据广德。十一日，多隆阿的军队围剿捻匪大获全胜，解除商南之围。朝廷调驻南苑的吉林、黑龙江马队前往山西。十二日，朝廷谕令韩超与提督江忠义商议办理贵州军务，拦截林自清率众进入贵州。朝廷任命李棠阶为军机大臣，德勒克多尔济等人增兵巡查黄河防务。十四日，朝廷谕令各省裁革州县的额外费用，命京控案件专门由按察使审讯。十五日，朝廷下诏举荐人才，命薛焕、李鸿章办理与普鲁士的换约事宜，饬令各省迅速解送京饷。十六日，朝廷任命倭仁为大学士，谕令多隆阿扼守武关。十八日，多隆阿围剿从亳、颍向西逃窜的捻匪大获全胜，获赏黄马褂。太平军再次攻陷慈溪，官军联合英法军队将其收复，华尔在战斗中阵亡。二十日，朝廷谕令劳崇光等人筹备接济京仓的米谷，要求江苏等省新征收的漕粮以实物形式解送京城。张亮基弹劾徐之铭、岑毓英专横跋扈。朝廷批准法国将领勒伯勒东留守宁波进行防务。朝廷谕令潘铎安抚云南的汉民与回民。二十一日，朝廷批准袁甲三回乡，命唐训方前往临淮接任军务，马新贻暂代统领袁甲三的军队。曾国藩奏请派大臣共同办理军务，朝廷未予批准，反而对他加以慰勉，并传旨慰问身患疫病的将士。朝廷谕令景纶等人严密缉拿吉林的教匪。二十二日，朝廷命富明阿迅速前往扬州协助都兴阿处理军务。二十三日，胜保奏请招抚三原等处的回民匪军，朝廷未批准。二十四日，朝廷任命刘长佑为两广总督，批准田兴恕暂时留在贵州剿匪。二十五日，石达开窜至綦江等地，被官军击败。回民匪军窜至邠州、宝鸡等地。二十六日，河南捻匪李如英投降。二十八日，石达开窜至仁怀。二十九日，朝廷任命官文为文华殿大学士，倭仁为文渊阁大学士。
同治元年（公元1862年）九月初一，孝静成皇后神位升祔太庙，朝廷颁布诏书，按例对不同对象施予恩泽。河南的捻军窜扰内乡、新野。初二，御史刘庆上奏建议以招抚流亡百姓、开垦荒地的成效考核州县官员的治理功绩，朝廷采纳了这一建议。初四，朝廷批准沈葆桢的奏请，允许挑选训练额定兵员，并酌情筹备津贴。初五，因咸丰皇帝的灵柩移往山陵安葬，朝廷免除灵柩经过州县的赋税；同时谕令文煜选拔贤良的官员，筹备办理畿辅地区的水利事务。初六，直隶妖人王守青等人编造谋逆书籍，事情败露后被处死。初七，朝廷谕令郑元善、毛昶熙联合围剿西南两路捻军。曾国藩上奏认为，对待苗沛霖，应赦免其罪过但不借助他的力量，朝廷认可了这一主张。初八，广东土匪黄金笼、李植槐等人发动叛乱，被官军平定。朝廷催促多隆阿率领所部进入陕西，对于窜至随、枣一带的匪军，令穆图善率军围剿。初九，胜保奏请调苗沛霖入陕协助剿匪，朝廷没有批准。四川匪军窜至宁陕，在子午谷被官军击败。初十，石达开窜至桐梓。十三日，因福建、广东、山东三省轻视军饷事务，朝廷对这些省份的封疆大吏予以严厉议处，并严格制定拖欠京饷的处分条例。十四日，太平天国将领李秀成率大军援救金陵。陈得才攻陷应城、孝感，后被官军收复。安徽官军攻克湖沟贼巢。十六日，僧格林沁的军队攻克亳州捻军巢穴。陕西回民包围凤翔。二十日，冯子材攻克汤冈贼巢。灵州发生回民动乱。朝廷催促李续宜赶赴军中。二十二日，回民攻打同州、朝邑，朝廷谕令胜保亲自前往督战，命雷正绾督率围剿咸阳以北的匪军。二十三日，浙江官军收复寿昌。二十四日，因勒索回族商人，库伦大臣色克通额被革职，发配新疆；同时革除库伦茶票的不合理陋规。李鸿章的军队联合英法军队收复嘉定。朝廷批准与荷兰订立通商条约。二十五日，湖北官军收复京山。太平军窜至黄陂、黄安。朝廷谕令曾国藩等人挑选武官在上海、宁波学习外国兵法，并要求福建、广东等省份仿照施行。二十六日，河南官军攻克龙井贼巢。朝廷征召苏廷魁、曾望颜、刘熙载、黄彭年、朱琦等人进京，同时仍命各省开展团练事务。二十七日，朝廷下诏在畿辅地区推行坚壁清野的策略。谕令曾国藩等人提前选拔将官，练习使用外国船炮。二十九日，举行太庙祭祀仪式。
冬十月初一，四川官军攻克龙场，匪首李永和等人被处死，朝廷赏赐提督胡中和黄马褂。初二，太平军大部队包围南翔等地的上海官军。胜保前往潼关剿匪。初四，湖南援军协同收复修仁。朝廷命劳崇光前往贵州调查处理田兴恕杀害教民的案件；同时任命张凯嵩接办广西军务。初七，咸丰皇帝和孝德皇后的神位升祔奉先殿，同治皇帝亲自前往行礼。初九，朝廷任命瑞常为协办大学士。初十，任命曹毓瑛为军机大臣。十一日，河南官军剿捻获胜，解除临颍之围。朝廷催促胜保前往同州、朝邑剿匪。胜保仍奏请调苗沛霖赴陕，朝廷严厉斥责了他。官军收复奉化。徐之铭奏报招抚兴义回民匪军，朝廷下谕指出他受云南回民挟制，命令潘铎拦截相关委员，不许徐之铭干预贵州事务。十二日，延安回民发动叛乱。英桂负责办理河曲、保德的团练防务。朝廷命李鸿章挑选将领统领常胜军，并正式任命他为江苏巡抚。甘肃回民窜至花马池附近。十四日，贵州官军击败石达开，解除遵义之围，石达开逃往仁怀。十六日，朝廷谕令奉天严厉缉拿盗匪。裁撤已故洋将华尔所部的兵勇。准许俄国兵船在上海协助剿匪，但禁止进入长江。确定日后外国人领兵不得更换服饰颜色的条例。德楞额的军队在山东溃败，朝廷下诏革除其职务并查办。十七日，宁夏官军剿回作战失利。陕西回民窜至清水。十九日，朝廷命僧格林沁围剿山东幅匪。二十日，江南官军击退金柱关贼军。二十一日，谭廷襄被罢职。朝廷命丁忧期间的按察使阎敬铭暂代山东巡抚，办理军务。二十四日，朝廷命穆腾阿协助胜保处理军务。二十六日，朝廷谕令刑部：“今年按例暂停死刑判决，但何桂清统兵失职，仅判斩候，已是法外开恩。如今期限已到，如果因停决再作缓期，长久拖延处决，如何向战死的将士和万千百姓交代？着即处决。今后如遇停决之年，对于罪行重大的犯人，仍需特别奏报请旨。”当初，徐之铭委派回民马联升代理安义镇职务，回民匪军趁机占据普安城。此时事情奏报朝廷，朝廷谕令徐之铭撤回马联升，并迅速查明引发事变的情况奏报。
十一月初一，发生日食。朝廷任命沈宏富暂代贵州提督，接办田兴恕的军务。初二，提拔长沙知府丁宝桢暂代山东按察使。初四，郑元善因政务废弛，降为道员。朝廷命张之万暂代河南巡抚，同时谕令毛昶熙裁减所部兵勇。台湾会匪攻陷斗六门。初六，黄彬被革职，其帮办职务被撤，朝廷命吴全美接统水师，归曾国藩、都兴阿节制。初八，翁心存去世，朝廷追赠他为太保。曾国荃的军队在围剿金陵援贼时大获全胜，朝廷赏赐曾国荃和萧孚泗黄马褂。初十，官军联合英法军队收复上虞、嵊、新昌。十一日，彭蕴章去世。十二日，金陵太平军窜扰高资，被冯子材的军队击退。十四日，胜保因骄横跋扈、欺瞒朝廷，被革职逮捕审讯。朝廷谕令直隶推行保甲制度，同时命瑞麟严厉缉拿热河匪徒。十五日，秦聚奎在冠县剿匪时阵亡。九洑洲贼军再次攻陷和州、含山、巢县。十七日，朝廷公布胜保的罪状，抄没其财产，赏赐给他原来所部的兵勇。朝廷授予多隆阿钦差大臣，接统胜保所部各军。十八日，四川匪军攻陷佛坪，后被官军收复；不久，四川匪军又攻陷略阳。二十一日，太平军窜扰并攻陷祁门。平罗发生回民动乱。二十三日，阎敬铭请求服满丧期，朝廷没有批准。二十七日，山东投降的部众反叛，攻陷濮州。朝廷命张亮基以总督衔暂代贵州巡抚，兼任代理提督，撤去代理巡抚韩超、代理提督田兴恕的职务，等候查办。二十八日，石达开攻陷筠连。四川匪军攻陷两当，很快又被官军收复。二十九日，法国公使以教士被杀为由，要求田兴恕抵命，朝廷没有同意。
十二月初一，朝廷谕令，江浙等地被贼军胁迫而诚心归顺的人，无论跟随贼军时间长短，均允许投降。同时谕令曾国藩、唐训方分兵驻守正阳关、寿州。初三，白齐文因有罪被革去顶戴，逮捕治罪。初四，多隆阿在同州大破回民匪军。初五，朝廷命荆州副都统萨萨布前往直隶、山东剿匪。初六，江南官军收复绩溪、祁门。鲍超遭遇母亲去世，朝廷命他改为署理原职，仍留军营。官军收复濮州。初八，左宗棠的军队收复严州。初九，朝廷命雷正绾协助多隆阿处理军务，命将军穆腾阿会同瑛棨办理省城防守事宜。初十，朝廷谕令左宗棠等人举荐湖南籍人才。广西匪军攻陷西宁。十一日，回民匪军攻陷泾阳。宋景诗在山西反叛。朝廷调阿拉善、鄂尔多斯的蒙部军队协助围剿宁夏、平罗的回民匪军。朝廷再次谕令举荐孝廉方正之人。太平军窜至平利。河州回民匪军肆意侵扰，恩麟率军围剿。朝廷批准与普鲁士换约。云南匪军攻陷景东。朝廷改令席宝田的军队支援江西。谕令江忠义节制支援广西的各军。山东窜匪侵扰冀州、枣强，朝廷谕令文煜等人联合围剿。十七日，广东举人桂文灿进献经学丛书，朝廷下诏嘉奖勉励。十九日，官军收复新宁、霍丘。石达开再次攻陷高县，随后又被官军收复。二十日，朝廷命侍郎崇厚协助办理直隶防剿事务。召刘长佑进京，命晏端书、昆寿商议办理广东军务。二十一日，太平军从郧阳窜至兴安，朝廷谕令多隆阿等人联合围剿。二十三日，贼军头目骆国忠等人献常熟、昭文投降。二十五日，朝廷谕令穆腾阿、瑛棨办理西安防剿事务，多隆阿兼顾省城防务。甘肃匪军窜扰并攻陷陇州，知州邵辅战死。二十六日，召薛焕进京，命李鸿章暂代通商大臣。二十七日，贼匪窜至永年、邯郸等地，因办事拖延贻误军机，文煜、遮克敦布被革职，发配充军。朝廷任命刘长佑为直隶总督，晏端书暂代两广总督。谕令提督宝山接办直隶、山东交界地区事务。二十八日，举行太庙合祭仪式。二十九日，太平军再次窜至宁陕。三十日，太平军包围兴安，分兵窜往汉中。当月，朝廷免除四川荣昌等县、福建瓯宁等县因受战乱侵扰而应缴纳的赋税，以及江南湖滩拖欠的地租。
这一年，朝鲜、琉球前来进贡。