同治五年（公元1866年）正月初一，因局势紧张，朝廷取消了新年筵宴。初四，捻军侵扰湖北，曾国藩紧急传令刘铭传率军支援黄州。与此同时，马化龙请求朝廷招抚，并献出宁夏汉城。初五，广西官军收复那檀，朝廷下令免除福建的例行进贡。初九，朝廷命穆图善负责处理招抚回民后的善后事务。初十，云南巡抚林鸿年前往昭通。十五日，马贼攻占伯都讷，不久又波及双城堡，吉林局势危急。文祥、宝善紧急调遣黑龙江军队及马队前往支援。十九日，黄岩总兵刚安泰在海上巡逻时，遭遇艇匪袭击，不幸阵亡。二十三日，林鸿年因畏惧怯懦、贻误军机被革职，刘岳昭接任云南巡抚。左宗棠率领各路军队成功收复嘉应，广东境内的匪患至此平定，左宗棠及部下也依功得到朝廷赏赐和提拔。二十六日，马贼窜扰并攻陷阿勒楚喀及拉林城，富明阿奉命前往吉林围剿。朝廷命特普钦返回黑龙江部署防御。吴昌寿被降职调任，朝廷将李鹤年调为河南巡抚，曾国荃调任湖北巡抚。二十八日，奉天官军收复八面城。二十九日，朝廷下令严厉缉拿军营中的哥老会匪。
二月初一，朝廷下诏，让左宗棠等人暂缓裁撤江西、福建的军队，以备随时调往北方协助围剿捻军和回民匪军。贵州回民匪军攻陷永宁，但很快又被官军夺回。初二，朝廷命兆琛前往镇远办理军务。十一日，官军收复黄陂。十七日，都兴阿因部下士兵肆意杀戮，被革职但仍留任原职。十八日，朝廷命广东陆路提督高连升赴任，负责剿办当地土匪。伯彦讷谟祜在郑家屯围剿马贼，大获全胜。朝廷谕令马新贻着手筹备海塘修建事务。二十一日，定安的军队在长春剿匪获胜，朝廷下诏恢复其副都统职务。二十二日，德英因丁忧离职，富明阿被任命为吉林将军。二十六日，朝廷召郭嵩焘入京，命蒋益澧暂代广东巡抚。二十九日，湖南官军击退进犯的贵州苗匪。
三月初二，曾国藩将军队转移至济宁，亲自督战围剿张总愚所部捻军。初五，官军成功收复阿勒楚喀、伯都讷、双城堡三座城池。初九，奉天官军在围剿南北两路马贼时，取得重大胜利。朝廷下令免除奉天、吉林受战乱侵扰地区的银米赋税。初十，明谊因病请求离职，朝廷命麟兴统领蒙古军队支援伊犁。十五日，赖文光等率领的捻军逼近开封。十八日，朝廷免除跟随出征的黑龙江牲丁进贡貂皮的义务，并谕令内外臣工深入研习法律条例。十九日，马贼窜扰热河。二十日，朝廷准许马化龙等人投降。二十四日，张总愚率部窜至濮州、范县，赖文光等从河南窜入郓城、钜野，朝廷谕令曾国藩等人坚守运河防线，乔松年率军截击围剿。二十五日，马贼攻陷牛庄。二十六日，曹毓瑛去世。二十七日，福建官军收复崇安、建阳。二十八日，朝廷任命李鸿藻为军机大臣，胡家玉在军机处学习任职。这个春天，朝廷免除了河南拖欠的钱粮，以及直隶安州、奉天新民等州县因水灾、战乱应缴纳的赋税。
夏四月初一，奉天北路匪首马傻子被处死，其余部众纷纷投降，官军顺势收复牛庄。广东、捻军进犯直隶河岸，被官军击退。初三，朝廷批准曾国荃的奏请，同意裁撤部分军队、合并军饷，并允许他调遣刘联捷、彭毓橘、朱南桂、郭松林前往湖北。初八，洮州回民头目向曹克忠的军队投降。初十，朝廷命马如龙暂代云南提督。十二日，朝廷召文祥、福兴回京，命都兴阿接办奉天军务，节制各路军队。十三日，讷尔济收复木垒、奇台、古城，并招募民众组成民勇进行防守。十五日，官军收复绥阳。十六日，回民匪军攻陷靖远。二十日，朝廷谕令奉天、吉林联合围剿境内外贼匪。二十一日，谭玉龙的军队溃散，朝廷命曹克忠一并统领其部众。二十四日，回民匪军回窜庆阳。披楞（今印度境内一部分）出动大军逼迫布鲁克巴（今不丹），朝廷命景纹前往边境查办此事。二十六日，武缘的土匪被平定。二十八日，广东、捻军侵扰铜山、沛县及泗州、灵壁。劳崇光进驻昆明。杜文秀率领的回民叛军再次攻陷丽江、鹤庆、剑川。三十日，回民匪军进犯兰州，被官军击退。
五月初四，贵州匪军再次攻陷兴义、贞丰、永宁。俄国使者坚持要求在黑龙江内地通商，朝廷谕令特普钦整顿军队。初七，朝廷对翰林、詹事进行考核，孙毓汶等四人被评为一等，其余人员根据考核结果分别予以晋升或降职。初十，马朝清投降，灵州被官军收复。十三日，回民匪首霍三等回窜凤翔、岐山，被官军击退，朝廷谕令杨岳斌、刘蓉联合出击，防止匪军再次进入陕西。十六日，回民匪军攻陷塔尔巴哈台，武隆额战死。朝廷任命德兴阿为参赞大臣，奎昌暂代科布多参赞。同时，严厉督促成禄迅速出关平叛。十七日，回民匪军攻陷伊犁，明绪等人殉难，朝廷任命荣全暂代伊犁将军，命库克吉泰督办新疆军务。十九日，朝廷下诏清理积压案件。二十四日，因久旱无雨，朝廷下诏征求直言，禁止虐待囚犯。二十六日，朝廷谕令各地举荐尽心为民的官吏。二十九日，官军收复荔波。当月，朝廷免除广东嘉应等受战乱侵扰地区拖欠的赋税。
六月初二，天降大雨。朝廷批准左宗棠的奏请，同意在福建建厂试制轮船。初四，朝廷谕令内外大臣恪尽职守。十三日，成禄的军队进围肃州。十四日，朝廷谕令富明阿搜捕山林中残余匪军。十六日，灵山的土匪被平定。二十日，乌里雅苏台将军明谊因病免职。二十一日，朝廷任命德勒克多尔济为乌里雅苏台将军，福兴为绥远城将军。二十二日，盐池、固原的回民匪军投降。二十三日，凌云、阳万的土匪被平定。二十七日，朝廷谕令杨岳斌进剿狄道、河州的回民匪军。
秋七月初二，广凤、图尔库被革职，并被逮捕审讯。朝廷命侍郎魁龄等人出使朝鲜，册封王妃。初四，官军收复哈密。初六，朝廷谕令整顿广东的吏治、军务和厘税征收。初七，李鸿藻母亲去世，皇太后懿旨命他百日后仍到弘德殿、军机处任职。十二日，湘军攻克思南的贼军巢穴。十四日，李鸿藻请求守满丧期，朝廷未批准。十五日，朝廷减少苏州、松江、常州、太仓地区的浮收米三十七万多石，浮收钱一百六十七万多贯。十八日，崇厚与西班牙使者完成换约。二十一日，贵州匪军攻陷石阡，但很快又被收复。二十二日，朝廷免除乌梁海七旗应缴纳的半数贡赋。二十七日，河南黄河在胡家屯决口。
八月初一，刘蓉因病免职，朝廷将乔松年调任陕西巡抚，任命英翰为安徽巡抚。初二，濮州黄河决口。初三，浔州、郁州的匪患被平定。朝廷裁撤山海关监督一职，改设奉锦山海关道。十四日，朝廷赏赐李云麟头等侍卫衔，命他协助办理新疆军务。十六日，杨岳斌因病免职，朝廷调任左宗棠为陕甘总督，吴棠为闽浙总督，张之万为漕运总督，并正式任命瑞麟为两广总督。十七日，官军攻克大孤山的贼军巢穴，匪首徐宗礼被处死。十八日，官军击败张总愚、牛洛红等率领的捻军。因出现月食，朝廷认为这是上天警示，饬令朝臣反省自身。二十日，朝廷听从御史庆福的建议，在张家口、绥远城囤积粮食，再转运至新疆，以解决当地民众的粮食问题。
九月初一，朝廷命谭廷襄会同崇厚办理与意大利的商约事务。初七，福建兴化的土匪被平定。初八，朝廷谕令李云麟与麟兴等人整顿北方防线的军队。命皂保前往归化监督运送新疆的饷款。回民匪军攻陷阜康。祁俊藻去世。十五日，云南回民匪军攻陷安宁等州县。二十七日，左宗棠奏请对福建、浙江的绿营进行减兵增饷，利用节省下来的饷银训练精兵，朝廷批准了这一请求。这个秋天，朝廷免除了贵州、广东、山东、福建受战乱侵扰地区，以及江西受灾地区应缴纳的赋税，还有浙江等县拖欠的赋税。
冬十月初九，朝廷命刘长佑严格核查畿辅地区的兵额。十一日，张总愚从陕州窜至平陆，被官军击退。十三日，朝廷命沈葆桢全面负责福建船政事务，同时命刘典协助左宗棠处理军务。十七日，张总愚向西逃窜，相继攻陷华阴、渭南。甘肃回民匪军窜至宜君、三水。朝廷下诏斥责曾国藩未能有效遏制贼军蔓延。十九日，朝廷批准李鸿藻的病假请求。命富明阿办理吉林善后事宜，任命汪元方为军机大臣。二十日，贵州回民匪军攻陷兴义，但很快又被收复，官军还顺势收复了安平、镇宁。二十三日，曾国藩因病请求辞去各项职务，只愿在军营效力，并请求注销自己的侯爵爵位，朝廷下诏抚慰，命他病好后进京觐见。同时，谕令穆图善支援陕西。二十四日，朝廷开始修建海宁石塘。当月，朝廷免除安徽、寿州等州县因水灾应缴纳的新旧赋税。
十一月初二，朝廷命曾国藩返回两江总督任上，并暂署通商大臣。任命李鸿章为钦差大臣，节制湘军、淮军各路军队，专门负责剿匪事务。初四，朝廷批准山东巡抚阎敬铭的休假请求，命丁宝桢暂代其职。初六，刘铭传等在金乡围剿任柱、赖文光所部捻军，取得大捷。十一日，三札、两盟西征的蒙古军队溃散，李云麟退回乌里雅苏台城。朝廷谕令库克吉泰统领吉林、黑龙江军队迅速前进。十三日，四川官军攻克桐梓的贼军巢穴。二十三日，曾国荃弹劾官文贪婪昏庸、骄横傲慢，朝廷命官文撤职接受查办。二十五日，朝廷确定福建船政章程。
十二月初二，因给事中寻銮炜弹劾内容失实，朝廷严厉斥责，并借此谕令科道官员谨慎进言。初四，郭松林等在德安大破任柱、赖文光等率领的捻军。初五，鉴于黄河改道向北，朝廷谕令苏廷魁实地勘察，并会同直隶、山东、河南三省共同筹办堤防工程。甘肃回民匪军再次攻陷哈密。朝廷免去胡家玉军机大臣职务，革职留任，原因是他收受官文贿赂。初九，曾国藩再次上疏请求辞职，朝廷下旨温言挽留。十四日，雷正绾的军队收复平凉，呼兰的匪患被平定。十五日，支援贵州的湘军在铜仁围剿苗匪，大获全胜。二十四日，回民匪军包围庆阳，提督周显承等奋力抵抗，最终战死。二十九日，陕西官军在灞桥围剿张总愚时战败，总兵萧德阳等人战死。因捻军势力猖獗，朝廷命曾国藩等人广泛筹划应对策略。
这一年，朝鲜、琉球前来朝贡，维持着与清朝的宗藩关系。
同治六年（公元1867年）正月初一，任柱、赖文光率领的捻军窜至孝感、德安一带，官军与之交战失利，总兵张树珊不幸战死。初四，官军成功收复靖远。初八，官文被革去总督职务，朝廷召他回京。同时，任命李鸿章为湖广总督，将李瀚章调任江苏巡抚，刘昆任湖南巡抚。十一日，张锡嵘在西安鱼化镇围剿捻军时战死，不过刘松山率领的军队取得了重大胜利。朝廷命乔松年专门负责陕西军务。十三日，朝廷任命左宗棠为钦差大臣，督办陕甘军务，赏赐刘典三品卿衔，协助办理军务。十七日，哈密的回民匪军窜至巴里坤，被官军击退。讷尔济因病免职，朝廷任命伊勒屯为巴里坤领队大臣。十八日，朝廷命徐继畬继续在总理各国事务衙门任职，并负责管理新设的同文馆事务。二十一日，官军收复镇雄。
二月初一，刘铭传在钟祥追击任柱、赖文光所部捻军时失利，鲍超随后出击，大败捻军。初六，朝廷命李鸿章督军前往河南。初八，京师爆发瘟疫。初十，刘松山被提拔为广东陆路提督。十三日，陕西回民马生彦等人投降。朝廷下令减少广州地区征收的米折银十九万多两，并将此定为永久制度。二十一日，广西官军收复泗城。二十六日，丁宝桢被任命为山东巡抚。二十七日，洮州再次沦陷。二十八日，云贵总督劳崇光去世，张凯嵩接替其职。
三月初四，湖北官军在蕲水剿匪时失利，道员彭毓橘等人战死。初十，总兵段步云的军队在鄜州溃散。十五日，鲍超多次请求因病休假，朝廷谕令他仍需前往黄州。二十二日，朝廷命倭仁在总理各国事务衙门任职，倭仁推辞，朝廷未应允。二十四日，朝廷谕令李云麟等人安置好新疆的难民。二十八日，曹克忠的军队收复洮州。二十九日，回民匪首马占鳌等人进犯西宁。这个春天，朝廷免除了浙江仁和等盐场因受扰拖欠的赋税，以及山西平定等地百姓拖欠的仓谷。
夏四月初一，朝廷允许琉球国的子弟进入国子监读书，同时批准鲍超的病假请求。初二，何琯的军队收复哈密。初三，周祖培去世。初七，吉林的马贼之乱被平定。初十，西班牙使者前来换约。十六日，刘松山在同州大破捻军与回民匪军。二十日，朝廷追赠在哈密殉难的扎萨克郡王伯锡尔为亲王，并为他建立祠堂。德勒克多尔济因病免职，朝廷任命麟兴为乌里雅苏台将军，调荣全担任参赞。二十一日，瞻对的番目大盖折布被处死。二十四日，贵德的回民匪军叛乱，攻陷厅城。
五月初一，哈密的回民匪军窜至玉门，被官军击退。因天气干旱，朝廷下令抚恤难民、养育弃婴、掩埋暴露的尸体、赡养阵亡者家属。初五，朝廷谕令广泛购置书籍，并重新刊印御纂钦定的经史典籍，颁发给各地学府。初六，郭宝昌、刘松山两军在朝邑击败张总愚率领的捻军，朝廷免除郭宝昌发配戍边的处罚。初八，朝廷任命曾国藩为大学士，骆秉章为协办大学士。十三日，朝廷下诏清理积压案件。十四日，广西官军收复荔波、义宁。十五日，朝廷下诏征求直言，并核查削减宫廷开支。十六日，捻军渡过运河，朝廷对丁宝桢予以严厉议处。十七日，捻军窜至长垣，被官军击退。二十日，因剿贼无功，曾国荃被革去顶戴，与李鹤年一同交部严厉议处，朝廷谕令李鸿章戴罪立功。当日，京师发生地震。二十七日，董福祥攻陷陕西甘泉。
六月初一，总理各国事务衙门奏报俄国觊觎新疆，朝廷命大学士、尚书、左都御史会同总理各国事务王大臣妥善商议应对之策。初三，朝廷重申禁止州县官员浮收漕粮。十一日，倭仁因病请求辞职，朝廷免去其职务，但仍让他以大学士身份在弘德殿任职。十二日，官军在即墨击败捻军。十七日，顺天府和直隶地区久旱不雨，发生饥荒，朝廷进行赈济抚恤。朝廷批准鲍超回乡。十八日，李鸿章传令刘铭传、潘鼎新等军队防守运河，扼守胶州、莱州一带。朝廷命成禄节制黄祖淦、王仁和两军。因京城地区干旱严重，朝廷调拨福建、广东、江西的厘捐三十万两，以及浙江、闽海关的洋税三十五万两，以备赈灾之需。二十日，甘肃回民匪军攻陷陕西华亭，不久后又被官军收复。二十四日，朝廷免除昌平的例贡果品。二十六日，自三月以来一直无雨，同治皇帝多次祈雨，这一天终于降下雨水。当月，朝廷免除陕西乾州等受灾受扰地区的赋税。
秋七月初七，降雨。陕西官军收复甘泉。十八日，永定河决口。二十七日，因捻军越过胶莱河，朝廷谕令各路军队扼守黄河、运河防线，革去丁宝桢职务，但仍留任原职。当月，朝廷免除湖南晃州因受扰拖欠的赋税。
八月初四，朝廷停止奉天的冬季围猎活动。初六，湖北匪首刘汉忠被处死。初八，朝廷命黎培敬协助办理贵州的剿匪、招抚及屯田事务。初十，奉天官军剿平孤山、法库等地的贼匪。同日，署理贵州提督赵德光在安平剿匪时战死。十三日，穆隆阿等军队在文安围剿枭匪时失利，济阳的土匪发动叛乱，很快被官军平定。十四日，迤西的回民匪军进犯姚州。十五日，贵州巡抚张亮基被免职并严厉议处，朝廷命曾璧光暂代其职，布政使严树森因逗留不前被革职。十九日，朝廷召陈国瑞进京。二十三日，因淮军、楚军所到之处常有骚扰百姓的现象，朝廷谕令李鸿章严格申明军纪。二十六日，朝廷裁撤热河的木税。二十七日，福建开始创建船坞。
九月初一，朝廷批准左宗棠调遣曹克忠前往陕西的请求。初五，赖文光、任柱率领的捻军进犯运河，牛师韩的军队将其击退。初六，河州、狄道、西宁的回民纷纷投降。初九，朝廷停止山东的例行进贡。初十，朝廷将额鲁特部安置在额尔齐斯河游牧。十三日，总理各国事务衙门奏报关于预先筹备修约的相关事宜，朝廷谕令曾国藩等人各自发表意见。十八日，朝廷命丁日昌前往上海办理与意大利的换约事务。二十一日，朝廷抚恤巫山遭受水灾的百姓。二十六日，朝廷命荣全与棍噶札拉参共同筹划对哈萨克的剿抚策略。二十七日，朝廷命冯子材前往左江，专门负责南宁、太平的军务，同时赈济襄阳等府的灾民。
冬十月初一，朝廷谕令各路统兵大臣及各地督抚严格申明军纪。初二，察哈尔都统色尔固善去世，朝廷任命库伦办事大臣文盛接替其职。初三，朝廷任命张廷岳为库伦办事大臣。初四，陕西官军收复宁条梁及宜君。朝廷饬令席宝田的军队前往沅州，统领支援贵州的军务。初十，迤西的回民匪军攻陷定远、大姚。十一日，汪元方去世。朝廷任命沈桂芬在军机大臣上学习行走。十四日，曾国荃因病免职，朝廷任命郭柏荫为湖北巡抚，苏凤文为广西巡抚，同时赈济山东遭受水灾的百姓。二十三日，朝廷派美国前公使蒲安臣前往与中国有条约关系的各国，办理中外交涉事务。二十七日，回民匪军攻陷宝鸡、正宁，不久后又被官军收复。
十一月初一，朝廷命道员志刚、郎中孙家谷前往与中国有条约关系的各国，担任办理交涉事务大臣。初三，刘铭传等军队在赣榆围剿捻军，取得大捷，捻军首领任柱被杀。初四，因枭匪势力蔓延，刘长佑被革职，但仍责令他戴罪立功。朝廷命官文暂代直隶总督。初七，陕西官军在洛川围剿捻军时，遭遇回民匪军，作战失利，提督李祥和战死。十四日，张总愚攻陷延川、绥德。十五日，朝廷增设布伦托海办事大臣，任命李云麟担任此职，明瑶为帮办，福济为科布多帮办。同日，刘铭传的军队在诸城围剿捻军，取得大捷。二十八日，陕西官军收复延川、绥德。
十二月初二，张总愚窜至吉州，左宗棠、赵长龄均被革职留任。成禄在肃州围剿回民匪军时失利，总兵黄祖淦战死。初三，朝廷赏赐陈国瑞头等侍卫衔，命他隶属左宗棠的军队。刘铭传等在寿光围剿捻军，取得大捷。迤西的回民匪军攻陷禄丰、广通、元谋。初九，官军收复吉州。十二日，直隶的枭匪之乱被平定。十四日，朝廷赏赐刘长佑三品顶戴，命他率领所部返回原籍。永定河的河堤工程合龙。十六日，朝廷命蒋益澧以按察使候补，隶属左宗棠的军队，率领楚勇返回原籍。十七日，骆秉章去世。刘松山等在洪洞击败张总愚率领的捻军。朝廷调任吴棠为四川总督，马新贻为闽浙总督，李瀚章调任浙江巡抚，丁日昌为江苏巡抚。十八日，淮军在高邮围剿捻军取得大捷，抓获赖文光等人，并将其处死。二十一日，东捻被平定，朝廷对李鸿章、曾国藩加赏世袭官职，对刘铭传、英翰以及郭松林、杨鼎勋、善庆等人也分别赏赐不同等级的世袭官职，恢复曾国荃的顶戴。二十二日，因左宗棠督师进入山西，朝廷命库克吉泰、乔松年、刘典督办陕西军务。二十四日，朝廷命杨占鳌暂代甘肃提督，接办西路军务。二十八日，左宗棠传令喜昌、刘松山等前往磁州迎击捻军，同时谕令张曜、刘铭传等联合围剿。朝廷命郑敦谨前往山西查办相关事件。当月，朝廷免除浙江仁和等盐场未垦灶户的赋税，以及云南嵩明等歉收地区的额粮。
这一年，朝鲜、琉球前来朝贡，维持着与清王朝的宗藩关系。
同治七年（公元1868年）正月初一，捻军首领李允等人在盱眙率众投降，朝廷下诏将其诛杀，并遣散余众。朝廷任命朱凤标为协办大学士。初六，回民匪军再次攻陷正宁。初七，喜昌等人在河内迎击张总愚，取得重大胜利。与此同时，西宁的回民匪军攻陷北川。李云麟以生病为由请求离职，朝廷没有批准，还任命锡纶为布伦托海帮办大臣。十二日，张总愚率部向北逃窜至定州，保定形势危急，进入戒严状态，官文、左宗棠均被革职但仍留任原职。朝廷谕令玉亮统领神机营的军队前去剿匪。十三日，张总愚进犯清苑，刘松山、郭宝昌等率军绕到贼军前方进行围剿，朝廷对有功人员予以嘉奖。陈国瑞、宋庆、张曜也相继率军抵达保定。达赖请求赦免里塘罪犯东登工布的死罪，朝廷予以批准。朝廷命贾桢等人设立团防总局。十四日，朝廷谕令天津的洋枪队、练军等部队前往河间，与山东军队相互配合，联络防剿捻军。十五日，李鸿章派遣周盛波等率军北上支援。朝廷催促左宗棠赶赴保定以北地区督战剿匪，同时命恭亲王会同神机营王大臣负责巡防事务。二十三日，朝廷允许英翰率军护卫京城周边，命他统领牛师韩的军队驻守在黄河以南。朝廷饬令程文炳率军前往河间参与会剿。二十四日，张总愚攻陷饶阳，但很快又被官军夺回。贾桢因病退休离职。二十六日，朝廷命左宗棠总统各路官军。
二月初二，官军收复渭源。初四，朝廷命恭亲王节制各路统兵大臣。初九，回民匪军再次攻陷宁条梁。初十，回民匪军窜至伊克沙巴尔，被官军击退。朝廷革除赵长龄、陈湜的职务，并将他们发配充军。十三日，陕西官军收复宝鸡。十四日，云南官军解除镇雄之围。然而，迤西的回民匪军却攻陷了楚雄。十六日，河南、安徽的官军在束鹿击败张总愚所部。二十一日，左宗棠、李鸿章等率领的军队剿匪接连获胜。但回民匪军又趁机攻陷怀远、神木。二十三日，白泥里的苗匪选择投降。二十六日，因朝鲜请求加强边境管理，朝廷命延煦、奕榕前往奉天，会同都兴阿勘察并筹划边境拓展事宜。
三月初三，张凯嵩以生病为由请求离职，朝廷斥责他逗留观望、逃避责任，将其革职。回民匪军攻陷鄜州，刘典驻守三原督率军队进行围剿。初四，朝廷任命刘岳昭为云贵总督，岑毓英为云南巡抚。初六，陕西官军收复鄜州。十四日，朝廷谕令庶吉士散馆考试仍以诗赋为内容。十九日，张总愚窜至延津、封丘，刘松山、郭宝昌率军将其击败。二十二日，朝廷任命沈桂芬为军机大臣。二十六日，朝廷任命朱凤标为大学士。二十七日，迤西的回民匪军攻陷易门。二十八日，张总愚窜至滑县，同样被官军击退。这个月，朝廷免除直隶安州等遭受水涝地区拖欠的赋税。
夏四月初一，哈密的回民匪军攻陷五堡，好在官军及时将其击退。初六，张总愚攻陷南皮。初九，朝廷谕令左宗棠、李鸿章、丁宝桢等人，督率各军在运河东西两岸分路防剿捻军。十一日，苗匪首领何正观投降。十二日，陕西官军在邠州围剿回民匪军时失利，谭玉龙战死。二十一日，永定河决口。二十四日，朝廷召都兴阿进京。二十七日，黎平的苗匪进犯晃州、沅州等地，被官军击退。三十日，宁条梁的回民匪军侵扰鄂尔多斯游牧地区，贝子札那格尔济率军将其击退。回民匪军进犯哈密，伊勒屯等人联合将其击退。同日，朝廷赐洪钧等二百七十人进士及第或出身。这个月，朝廷免除四川各土司三年的租赋。
闰四月初一，迤西的回民匪军窜扰并攻陷昆阳、新兴、晋宁、呈贡、嵩明。十一日，回民匪军再次攻陷神木。十六日，陕西官军收复延长。十七日，董福祥选择投诚，朝廷谕令他立功赎罪。十八日，回民匪军占据乌绅旗，并分兵侵扰准噶尔旗，逼近托克托城。二十日，程文炳、陈国瑞、刘松山等率军在高唐、茌平、博平迎击张总愚，取得大捷，贼军被迫窜至东光。二十二日，回民匪军再次攻陷庆阳及宁州、合水，知县杨炳华战死。二十四日，朝廷任命都兴阿为钦差大臣，会同左宗棠、李鸿章围剿捻军，并有权调遣春喜、陈国瑞、张曜、宋庆四军，崇厚协助办理军务。
五月初一，刘松山等率军在盐山、海丰围剿张总愚，大获全胜。初二，朝廷创设长江水师，设置岳州、汉阳、湖口、瓜州四镇总兵官。初六，陕西官军击退窜至邠州、凤翔的回民匪军。十五日，北山的土匪进犯延安，官军作战失利，副将刘文华等人阵亡。二十三日，云南官军收复元谋、武定、禄劝、罗次。这个月，朝廷免除湖南晃州因受战乱侵扰拖欠的赋税。
六月初十，郭松林等在临邑、滨州、阳信围剿捻军，取得大捷。朝廷谕令水师严加扼守运河防线。十二日，广西官军收复归顺。十四日，金匪窜入宁古塔界内，被官军剿灭平定。十五日，陕西官军攻克宜川。十七日，张总愚进犯运河岸边，官军将其击败，众多捻军投降。十九日，官军又在商河与捻军交战，再次取得大捷。二十六日，李云麟因罪被革职查办。朝廷任命明瑶为布伦托海办事大臣。浙江的海塘工程竣工。
秋七月初一，朝廷免除直隶、山东、河南受战乱侵扰各州县的田赋。初三，春寿因欺瞒掩饰被革职。初六，朝廷抚恤沧州等受战乱侵扰地区的难民。初九，张总愚投水自尽，捻军之乱至此平定。朝廷为表彰有功人员，加封李鸿章、左宗棠太子太保衔，李鸿章以湖广总督身份协办大学士；丁宝桢、英翰、崇厚均加太子少保衔；恢复官文的官衔和翎顶；晋升刘铭传为一等男，郭松林为一等轻车都尉；赏赐宋庆、善庆二等轻车都尉；赐予刘松山黄马褂、三等轻车都尉；授予郭宝昌、张曜、温德勒克西骑都尉；给黄翼升加一云骑尉；恢复陈国瑞的提督世职，其余有功人员也分别得到晋升和赏赐。朝廷命惇亲王前往定陵祭告。朝廷批准彭玉麟回乡守满丧期。初十，朝廷召左宗棠、李鸿章进京觐见。十一日，荥泽黄河决口。十五日，毛昶熙上奏称军务逐渐平息，朝廷上下应更加敬畏谨慎，随后御史张绪楷上疏请求保持国家安泰、居安思危，及时倡导讲学之风，朝廷对这些建议均予以采纳。十六日，朝廷批准左宗棠的请求，出资遣送投降的捻军回原籍。十七日，武陟的沁河堤决口。十九日，朝廷调任曾国藩为直隶总督，马新贻为两江总督，英桂为闽浙总督。朝廷命彭玉麟前往江苏、安徽，会同筹划长江水师相关事宜。二十二日，朝廷谕令江苏、安徽、河南、山东各属地修筑圩寨，整顿乡团。二十四日，朝廷批准将宋儒袁燮配享文庙。支援贵州的四川官军收复龙里、贵定，另一支四川官军在围剿越巂的夷匪时获胜，俘虏其首领勒乌立。朝廷任命曾璧光为贵州巡抚。二十五日，布伦托海的变民窜至乌陇古河。德勒克多尔济去世。二十七日，朝廷抚恤荥泽、郑州的灾民。甘肃的回民匪军侵扰白水、郃阳，被陕西官军击退。二十八日，支援贵州的湘军收复瓮安。
八月初一，御史德泰因奏请修理圆明园被革职，库守贵祥因妄言希求利益，被发往黑龙江为奴。永定河再次决口。初五，朝廷谕令明瑶等人恢复布伦托海的旧有制度。朝廷命马新贻兼任办理通商事务大臣。初八，延安的土匪扈彰投降。十九日，朝廷谕令左宗棠兼顾山西的军务。二十四日，朝廷谕令吉林严格划定开垦围荒的界限。二十七日，朝廷谕令金顺专门负责支援陕西的军务。这个月，朝廷免除安徽、江苏、山东、河南、湖北受战乱侵扰多年拖欠的赋税。
九月初二，官军收复庆阳。初四，肃州的回民匪军攻打敦煌，被官军击退。朝廷谕令伊勒屯等人筹办巴里坤的屯田事务。初五，支援贵州的四川官军联合收复平越。十一日，朝廷命延煦出关查办奉天边境拓展事宜。十三日，云南官军收复晋宁、呈贡。这个月，朝廷免除浙江横浦等盐场因歉收应缴纳的灶课。
冬十月初三，回民匪军进犯泾州、灵台，被官军击退。十一日，文麟抵达哈密，朝廷谕令他兴办蔡巴什湖等地的屯田。十二日，穆图善攻克河州。朝廷赈济南下、武定的水灾。十三日，李云麟被发配到黑龙江戍边。十四日，朝廷命李鸿藻继续在弘德殿任职并担任军机大臣。十六日，因坚守科布多有功，朝廷加封土尔扈特郡王凌札栋鲁布亲王衔。二十五日，贵州的苗匪再次攻陷兴义，但很快又被官军收复。
十一月初一，支援贵州的四川官军收复麻哈。十四日，凉州总兵周盛波因约束不力，被革职。回民匪军侵扰鄂尔多斯等旗，并窜至榆林，朝廷谕令定安等人进行截击围剿。十九日，朝廷谕令革除官吏衙役的积弊。二十六日，贵州官军攻克都匀，朝廷赏赐张文德黄马褂。二十七日，台湾的英国领事纵容洋将掠夺船只，占据营署，焚烧局库，并索要兵费。朝廷谕令总理衙门进行诘问查办，饬令英桂等人选派官员与英方交涉。二十九日，热河的匪患被平定。朝廷免除吉林双城堡遭受水灾的屯田租赋。
十二月初一，四川官军在围剿西昌的夷匪时接连获胜，各夷部纷纷投降。支援贵州的湘军收复天柱。初三，回民匪军进犯包头，蒙古军队作战失利。初四，热河匪首弥勒僧格被处死。十一日，根据曾国藩的建议，因川盐流入影响楚地盐业，朝廷谕令筹划停止川盐济楚的章程，撤销相关盐局并停收赋税。十四日，云南官军收复澂江。十七日，朝廷再次谕令各省禁止种植罂粟。十九日，贵州的苗匪窜扰河池，被官军击退。二十二日，朝廷谕令对朝审中缓决三次以上的犯人减罪处理。永定河的治理工程竣工。二十五日，麒庆被罢官，朝廷任命庆春为热河都统。二十七日，刘松山在大理川剿匪取得大捷。二十九日，朝廷截留湖北的饷银二十一万两赈济河南的灾民。这个月，朝廷免除江苏荒地的粮赋，以及山东泰安、河南汝宁等受战乱侵扰地区拖欠的粮食赋税。
这一年，朝鲜前来朝贡，维系着与清朝的宗藩关系。
同治八年（公元1869年）正月初一，因局势或节俭等原因，朝廷停止了新年筵宴。初五，四川、湖南、贵州、广西各路军队联合围剿苗匪，贵州官军收复长寨。初六，云南官军攻克富民。十七日，刘松山等率军进击土匪和回民匪军，在清涧将其击败。成禄攻克肃州，朝廷赏赐他与杨占鳌黄马褂。二十二日，荥泽的黄河决口工程合龙。二十四日，刘松山的军队在靖边击败贼军，董侍有等人率镇静堡及靖边投降。迤西的回民匪军进犯昆明，岑毓英等率军将其击退。二十九日，雷正绾攻克泾州董家堡。
二月初六，朝廷命袁保恒督办西征的粮饷事务。
三月初一，林自清杀害兴义知县，提督陈希祥诱杀林自清，朝廷赏赐陈希祥黄马褂。初二，支援贵州的湘军收复镇远府及镇远卫两座城池。初七，甘肃提督高连升所部发生兵变，高连升被杀，部将周绍濂在同官攻击叛军，将其剿灭。十三日，朝廷谕令各地督抚在收复的州县中谨慎挑选地方官员，安抚流亡百姓。十八日，回民匪军攻陷磴口。二十二日，吐鲁番的回民匪军进犯哈密，官军多次将其击败。二十三日，广西官军攻克凭祥。二十七日，皇太后懿旨强调，大婚典礼要大力崇尚节俭。
这个春天，朝廷免除了江苏山阳、直隶安州等受灾、受战乱侵扰地区的赋税，以及两淮富安等盐场拖欠的灶课。
夏四月初一，迤西的回民匪军攻陷杨林营，刘岳昭退守曲靖，朝廷严厉斥责了他。初三，麟兴因畏惧事务被革职。朝廷任命福济为乌里雅苏台将军，文硕为布伦托海办事大臣。初七，雷正绾、黄鼎的军队收复镇原、庆阳。支援贵州的四川官军收复瓮安。十七日，支援贵州的湘军联合收复清江。十八日，朝廷批准刘铭传因病请假的请求。十九日，朝廷免除陈湜发配充军的处罚。这个月，朝廷免除山东东昌等地区拖欠的赋税。
五月初八，支援贵州的湘军收复施秉，在进攻黄飘的贼军堡垒时失利，按察使黄润昌、道员邓子垣、提督刘长槐战死。初十，回民匪军攻陷澂江。十二日，杜嘎尔等军队在杭锦旗大破贼军。十九日，朝廷命李鸿章前往四川查办吴棠弹劾的案件。同时申斥岑毓英任用勾结贼军的练目，以及苛敛百姓捐税的行为。朝廷任命马如龙为云南提督。二十四日，官军在保安剿匪取得大捷，匪首袁大魁等被处死。自正月以来一直无雨，同治皇帝多次祈祷求雨。二十五日，终于降下雨水。
六月初八，援军联合攻克寻甸。初九，朝廷命董恂、崇厚办理与奥斯马加（今奥地利）的换约事宜。十一日，永定河决口。十五日，朝廷给予在黄飘之战中战死的提督荣惟善、总兵罗志宏等人世袭官职，并提升等级。十八日，武英殿发生火灾。二十日，倭仁、徐桐、翁同龢奏请皇帝勤修圣德，以消除灾变，同治皇帝表示赞许并采纳。二十三日，朝廷谕令各地督抚考核督促农桑事务。二十七日，回民匪军进犯阿拉善定远营，蒙古军队作战失利。
秋七月初一，出现日食。初三，张曜等军队在察汉淖尔击败回民匪军。朝廷命吴坤修前往沿江各属地抚恤灾民。初四，云南官军收复嵩明，攻克白盐井。十四日，广西官军会同越南军队攻克九葑、洛阳等关隘。十五日，朝廷谕令锡纶赈济抚恤额鲁特部民众。十六日，朝鲜请求在鸭绿江北禁止流民建房垦田，朝廷催促都兴阿等人妥善办理。二十二日，何琯的军队在木垒河等地击败贼军。这个月，朝廷免除晃州因受战乱侵扰拖欠的赋税。
八月初一，俄国商船停泊在呼兰河口，请求在吉林、黑龙江内地通商，朝廷谕令总理衙门按照条约阻止，并禁止军民私自与俄商贸易。初四，太监安得海出京，丁宝桢上奏后将其诛杀。贵州匪军再次攻陷都匀。初七，广西官军会同收复越南的高平。十一日，朝廷再次谕令约束太监。十三日，官军剿平杭锦旗属地逃窜的回民匪军。十四日，宁夏官军剿匪失利，副将方大顺阵亡。十九日，棍噶札拉参的军队收复布伦托海，贼首张匊等被处死。二十日，官军剿灭达拉特旗逃窜的匪军。这个月，朝廷赈济浙江杭州、湖州各属地以及湖南安乡等县的水灾。
九月初二，高台的兵勇溃散，朝廷革除成禄的职务，但仍让他留任。初四，朝廷拨出京饷三十万两，用于武汉等属地的工程和赈灾。初六，马化龙再次反叛，袭击并攻陷灵州。官军收复威戎堡、水洛城。初十，云南官军收复易门。十四日，朝廷免除暹罗补交历年的贡品。二十二日，乌鲁木齐的匪军窜至哈密，何琯等将其击败。二十七日，福建新造的第一艘轮船建成，朝廷命崇厚进行勘验。三十日，朝廷谕令福济等人让额鲁特部各自安于旧居，僧众居住在阿尔泰山南，俗众居住在青格里河。
冬十月初二，刘松山在吴忠堡等地击败回民匪军。初三，金顺又在纳家徬击败匪军。朝廷命杨占鳌暂代甘肃提督，办理肃州的善后事宜。法国公使罗淑亚与其水师提督率领兵船前往江西、湖北、四川等省查办教案，朝廷谕令各地按照条约接待。初七，雷正绾、黄鼎在固原、盐茶击败回民匪军。初九，朝廷命毛昶熙、沈桂芬在总理各国事务衙门任职。同日，朝廷命文硕等人会同勘察布伦托海的分界事宜，董恂办理与美国的换约事务。十六日，云南官军收复楚雄、南安、定远。刘岳昭将军队转移至昆明。二十一日，哈密官军在围剿西路的回民匪军时取得大捷。二十六日，凤凰城匪首王庆等被处死。二十七日，刘松山的军队收复灵州。这个月，朝廷赈济云南的水灾以及直隶的旱灾。
十一月初八，茌平的教匪孙上汶等图谋叛逆，被逮捕诛杀。初九，朝廷裁撤新设的布伦托海办事大臣。十二日，朝廷赈济江宁的水灾。十五日，朝廷免除科布多属地进贡貂皮的任务。十六日，云南官军收复昆阳。十八日，甘肃官军收复靖远。二十二日，永定河河口合龙。二十七日，朝廷命文硕进京，改由奎昌办理分界事务。这个月，朝廷免除直隶东明因被淹、受战乱侵扰，以及安徽无为等州县卫因水灾拖欠的赋税。
十二月初二，支援云南的四川官军攻克鲁甸。初七，刘松山的军队进攻金积堡，总兵简敬临等人战死。十七日，披楞（今印度境内一部分）侵占哲孟雄（今锡金）各地，廓尔喀与唐古特（今西藏地区）产生嫌隙，朝廷谕令恩麟防范并开导。布鲁克巴（今不丹）发生内乱，朝廷也谕令恩麟进行调解安抚。十九日，越南的匪患被平定。朝廷谕令苏凤文严格申明朝廷的边境禁令。二十五日，朝廷赈济畿南地区的灾情。
这一年，朝鲜、越南、琉球前来朝贡，维持着与清王朝的宗藩关系。
同治九年（公元1870年）正月初一，朝廷停止新年筵宴。初七，云南官军收复禄丰。初八，甘肃官军在王家甿击败前来支援的贼军。十三日，回民匪军攻陷定边。十七日，神武门的木库发生火灾，朝廷下诏要求自省反思。二十四日，回民匪军攻陷安定，不过陕西官军很快收复了定边。二十八日，马德昭被留下办理潼关的防务。
二月初五，刘松山在督剿金积堡的回民匪军时，中炮身亡。朝廷赏赐道员刘锦棠三品卿衔，让他接统刘松山的军队。由于俄国官员前往齐齐哈尔、吉林商谈商务，朝廷谕令富明阿、德英依据条约接待，不得迁就退让。初九，回民匪军分路窜至安边、清涧，被陕西官军击退。初十，匪军又分路窜至花马池、榆林，宋庆率军进行围剿。十二日，官军击败窜至米脂的匪军。十六日，朝廷命李鸿章前往陕西督办军务。十八日，回民匪军窜至同官、宜君，陕西官军将其击败。二十日，法国公使因教案一事以出兵相要挟，朝廷谕令各地疆吏和通商大臣迅速处理相关交涉事宜。二十五日，宁夏各堡投降的回民再次反叛。
三月初一，回民匪军窜至准噶尔旗，被马玉昆击败。十五日，雷正绾因疏于防范峡口，被革职留营。朝廷谕令告诫西征各军不要贪图功劳而贸然冒进。十九日，云南官军收复弥渡、宾川、丽川、缅宁。二十五日，回民匪军分路侵扰岐山、凤翔，被李辉武击败。
夏四月十八日，谭廷襄去世。
五月十四日，朝廷命崇实前往贵州，会同曾璧光查办教案。十七日，朝廷开始允许英国在沿海各口设置电线。十八日，支援贵州的四川官军攻克黄飘、白堡等苗寨。二十四日，天津民众与天主教发生冲突，焚毁教堂，打死法国领事。朝廷命曾国藩与崇厚会商办理此事。二十九日，朝廷谕令各地疆吏禁止传播谣言蛊惑民众，保护通商和传教区域。李鸿章督军入关，请求调遣郭宝昌的军队，朝廷批准。朝廷命崇厚为出使法国大臣，成林暂代三口通商大臣。这个月，朝廷免除直隶安州等地区拖欠的赋税。
六月初二，奎昌前往塔尔巴哈台，与俄国使者勘办边界事宜。初六，赛音诺颜部的蒙古军队围剿回民匪军失利。十一日，云南官军收复威远。十三日，朝廷命彭玉麟前往江南，会同沿江督抚整顿长江水师。十四日，甘肃官军在巩昌击败回民匪军。十九日，永定河决口。二十四日，因疏于防范导致民教冲突发生，朝廷革除天津知府张光藻、知县刘杰的职务，并交部治罪。二十五日，云南官军收复姚州。二十七日，朝廷命毛昶熙会同曾国藩查办教案。曾国藩上奏称：“妥善保全和局，是保护百姓的方法。做好防备以应对意外，是国家立足的根本。”朝廷下旨嘉奖勉励。朝廷命丁日昌前往天津协助办理洋务。
秋七月初二，鉴于珲春边务事务繁杂，朝廷将协领加副都统衔，并定为制度。初十，法国公使罗淑亚因曾国藩不答应将天津知府、知县抵罪，返回北京。朝廷谕令曾国藩迅速缉拿原凶，从速办结此案。十一日，朝廷召崇厚回京。命毛昶熙暂代三口通商大臣。十八日，周盛传等将北山的残余匪军打散。二十日，朝廷谕令：“海上水师与江上水师截然不同。想要抵御外侮、谋求自强，没有二十年的时间，很难见到成效。然而因为事情艰难，就畏缩不前，那么永远没有自强的那一天。近年来，内外臣工在事情紧急的时候，只是慌乱应对。祸患稍微平息，又采取苟且偷安的策略。即使创立了战守章程，却执行不力，让朝廷的谋划都成为一纸空文。因循守旧的积习，让我怎能不焦虑。如今福建、上海两个船厂的轮船建成，马新贻、丁日昌、英桂、沈葆桢各自挑选统将出海，常年练习，以备不时之需。广东也应该筹备轮船，瑞麟、李福泰务必切实办理。将校中有熟悉风涛沙线的，随时选拔保荐，即使是民间山野中擅长海战的人，也应当随时留意，根据才能破格提拔。各位督抚要统筹全局，不辜负朝廷的委任。”二十四日，南路的甘肃官军收复渭源、狄道。这个月，朝廷免除晃州因受战乱侵扰拖欠的赋税。
八月初一，汝阳人张汶祥刺杀马新贻。朝廷命曾国藩为两江总督，李鸿章调任直隶总督，李瀚章为湖广总督。初二，朝廷设立黄河水师。初四，北山匪首李凡觉被处死。初六，朝廷命张之万会同魁玉审讯张汶祥。十三日，朝廷召毛昶熙回京。命李鸿章会同曾国藩查办天津教案。十七日，广西官军剿平安边、河阳的贼匪，匪首梁添锡被处死。朝廷允许越南进贡土特产品及驯象。二十三日，朝廷命李成谋为新设轮船统领。九月初三，云南官军收复新兴。初五，朝廷谕令崇实仍前往遵义办理教案。初九，朝廷惩治天津民教冲突的罪犯，张光藻、刘杰被发配充军，十五名行凶杀人的罪犯被处死。
这个秋天，川东、荆州、热河遭受水灾，朝廷进行赈济抚恤。
冬十月初一，沈葆桢遭遇丁忧，朝廷命他百日后仍继续管理船政事务。初二，朝廷命刘铭传督办陕西军务。朝廷谕令严禁四川州县的苛派行为，并拨款继续赈济北山的难民。初七，由于江北漕船因水浅受阻，改由陆路转运至临清。初十，天津制造局建成。十六日，日本请求立约通商，朝廷允许总理衙门挑选官员商议条约。十七日，朝廷免除科布多进贡貂皮的任务。十八日，朝廷裁撤三口通商大臣，命直隶总督兼任相关事务，如同南洋大臣的惯例，给予钦差大臣关防。朝廷严厉谕令各地疆吏在交涉事务中谨慎保密，如有泄露者立即处死。二十二日，因水旱灾害接连出现，朝廷下诏自省反思。二十四日，将周盛传的军队调往保卫京城周边。陕西的回民禹生彦等窜至平番，官军作战失利，提督张万美等人战死。二十六日，朝廷设立直隶津海关道。刘锦棠等各路军队攻克汉伯等堡，对金积堡形成合围之势。
闰十月初二，俄国使者倭良嘎哩来京。初七，湘潭的会匪之乱被平定。十二日，云南官军收复永北、鹤庆、镇南、楚雄。回民匪军攻陷乌里雅苏台。十三日，永定河合龙。朝廷谕令曾国藩筹划河运事务。十五日，越南的吴亚终等被处死。
十一月初二，朝廷命郑敦谨会同审讯张汶祥一案。不久后定案，在江宁将张汶祥凌迟处死。初六，回民匪军窜至凉州，副将谢元兴阵亡，王仁和将匪军击退。初十，支援贵州的湘军收复台拱。十七日，福济、荣全因匪军攻入乌里雅苏台，被革职留任。朝廷命曾国藩兼任通商大臣。十九日，甘肃总兵周东兴因侵吞赈款，被下令在军前斩首。二十九日，刘坤一因泄露机密谕令，被革职留任。
十二月初四，朝廷谕令严禁河工中偷工减料、侵蚀等弊端。十一日，云南官军收复邓川、浪穹。回民头目马源发杀害提督丁贤发等人，被逮捕诛杀。
这一年冬天，朝廷免除贵州兴义等州县卫、陕西绥德等州县因灾受扰拖欠的赋税。
这一年，朝鲜前来朝贡，维持着与清王朝的宗藩关系。