刘裕在元兴三年光复建康的同时，便被加封为领军将军、使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事、徐州刺史，同年再领青州刺史，徐州刺史不变，并改授镇军将军，增督江州诸军事。
义熙元年，增督荆司梁益宁雍凉七州诸军事，次年，再督交广二州诸军事，总计都督十八州诸军事，并解任青州刺史，任兖州刺史，再封豫章郡公。
截止义熙二年（406年），刘裕累官镇军将军、使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并江荆司梁益宁雍凉交广十八州诸军事，徐兖二州刺史、豫章郡开国公。
刘裕的官职地位看起来非常非常厉害，但是我们也要注意到以当时刘裕的官职、实力、威望等一大堆东西，都是完全不足以进行晋宋易代的运转的。
从官职来说，刘裕当时都督十八州诸军事自然是军权在握。但是，一个非常现实的问题是，刘裕在这几年间基本很少待在京师，并且中书监、中书令、尚书令、录尚书事几个当时通常意义上的“宰相”以及掌管建康所属的扬州行政的扬州刺史一个没有。于是乎，此时的刘裕，实则能够对朝廷决断施加的影响非常有限。与此同时，《宋书·武帝纪》记载“武陵王遵为大将军，承制”，《晋书·武陵忠敬王遵》记载“使遵总摄万机……迁转百官，称制书”，也表明当时实际执政的应当是武陵王司马遵。
对于刘裕而言，我之前提到过，他是出身下等士族的一个孤儿，这就决定了他在东晋门阀政治的格局其实是相当不受待见的。
与此同时，几个当初和刘裕一起讨伐桓玄的老兄弟也都获得了相当高的地位：刘毅为散骑常侍、卫将军、开府仪同三司、使持节、都督豫州扬州之淮南历阳庐江安丰堂邑宣城六郡诸军事、南平郡开国公；何无忌为散骑常侍、镇南将军、使持节、都督江荆二州江夏随义阳绥安豫州西阳新蔡汝南颍川司州之弘农扬州之松滋十郡诸军事、江州刺史、安成郡开国公；诸葛长民为辅国将军、使持节、督青扬二州诸军事、青州刺史、领晋陵太守，新淦县开国公。
这些人的地位当然不能跟刘裕那个什么一听就很吓人的都督十八州诸军事比，但是刘裕当初举兵的时候是被推为盟主。也就是说，这些“老兄弟”们并非是刘裕的直接下属，跟刘裕实则更加类似于一种盟友的关系。
对于刘裕来说，更加可怕的是，这些人地位虽然跟自己不能比，但是个个都是持节都督，手握地方兵权，如果他们哪天真的看不惯刘裕，完全可以发动叛乱（后来历史的发展确实是这样）。所以说，这些暂时性盟友的存在很大程度上也限制了刘裕在义熙初年的实力与地位，使得刘裕短期之内尚不想，也不能开展改朝换代的工程。
所以，当义熙初年司马遵想要让刘裕录尚书事的时候，刘裕很可能就是因为觉得自己威望不足，暂时难以担任宰相辅政，所以坚决反对，打死也不录尚书事，而让出身世家大族琅琊王氏的王谧兼任录尚书事和扬州刺史两个要职，自己离开政治中枢。
但是，虽然没有执政，但是刘裕并没有真的安安心心地去当一条咸鱼，他开始继续干一件非常重要的大事，或者说，这件事可比早那么几年进中枢重要多了。
众所周知，没有一个权臣能够单单靠自己一个人拿到政权，任何一个权臣要想活着长期执政，甚至于搞点篡位的事情，肯定是需要依靠大量的心腹。
刘裕虽然勇，但是在政治斗争乃至于改朝换代这种事上，自己的个人武力，有一说一，用处不大。
于是乎，刘裕这时候开始积极在京口构建自己的幕府，而这套幕府班底构成了在之后很长一段时间中刘裕的基础班底。这套班底其实是以北府军将为核心，以与刘裕出身接近的低级士族为主体，辅以少量高门士族而组成。而这些人物有明确记载的中除了后来选择归隐的陶渊明之外绝大多数都为刘裕的造宋事业立下了或多或少的功绩。
其中，刘穆之在刘裕南征北战的一系列军事行动中留守后方，处理内政，居功至伟；徐羡之、檀道济、王弘等人也都成为了刘宋的佐命元勋，对刘宋武帝、少帝、文帝三朝政局都有着巨大的影响力。
这么一种以北府军将和低级士族为主体的幕府构架，也确实符合于刘裕他所代表的阶级利益。我在第一章里讲过，刘裕出身于低级士族家庭。其实不光刘裕，其余刘牢之、刘敬宣、何无忌、刘毅、诸葛长民、檀凭之（侄子檀韶、檀祗、檀道济）等晋末重要北府军将领也都是属于这一阶级。而在东晋门阀政治的政治体制下，整个官场被高层士族垄断，这些低级士族虽然在东晋末年的一系列军事行动中功勋卓著，但是由于门阀政治的存在，使得这些低级士族无法得到与其功绩所对应的地位。
而在孙恩之乱与桓玄之乱中，旧的门阀阶级遭到了沉重打击，而刘裕的崛起以及其幕府的构架表明了门阀政治的政治秩序在逐渐崩溃。最后，也正是这个京口幕府集团最终在刘裕的带领下摧毁了门阀政治——这当然是之后的事了。
局面在义熙三年年底发生了变化。义熙三年十二月，司徒、侍中、扬州刺史、录尚书事王谧因病逝世。刘裕在王谧逝世以后于次年正月加授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事。但是此时，跟刘裕一起举兵的刘毅却不希望刘裕担任扬州刺史和录尚书事两个极其重要的官职，想要让刘裕担任录尚书事，谢混担任扬州刺史，或者让刘裕在外地领扬州刺史，由孟昶录尚书事。
这其实就表明了以刘毅为代表的北府功勋集团并不希望刘裕的个人权力继续膨胀，企图继续维持刘裕个人与其他和他一起举兵的盟友之间的相对平衡。
刘裕还不知道这个消息的时候，刘裕的谋主刘穆之就知道了这个消息，立刻劝说刘裕不要管刘毅的提议，强行进入京师，逼迫朝廷授予他扬州刺史、录尚书事。
刘裕采纳了刘穆之的建议，迅速入朝，并取得了扬州刺史、录尚书事的要职，强行取得了国家政权。次年，司马遵病故，刘裕便以扬州刺史、录尚书事成为了东晋王朝的实际掌门人。