慕容恪病亡，桓温认为伐燕的时机终于到了，于是太和四年，桓温上疏北伐，并请与徐、兖二州刺史郗愔、豫州刺史袁真及江州刺史桓冲一同出兵。郗愔就是桓温第一心腹郗超的父亲，其人极其忠于晋室，知道桓温邀请自己一起北伐后，非常高兴，连忙写信给桓温，表示愿与他一起北逐胡虏，匡扶晋室。

　　其实桓温请求郗愔北伐，只是觊觎他在京口悍勇的军队，并不是想跟他一起分享胜利的果实。身为心腹的郗超当然看透主子桓温的心意，他收到信后暗中将原信毁掉，并以父亲的名义伪造信件，自称老病，请以闲职休养。桓温便顺势上奏朝廷改任郗愔为会稽内史，自领徐兖二州刺史，兼并了郗愔的军队。

　　同年四月庚戌日，桓温亲自率领所镇的姑孰军队五万人出兵前燕，这时的桓温已经五十七岁，是他时隔十三年后第三次北伐。桓温大军来到兖州，当时郗超顾虑汴水因战乱久未浚治，会影响漕运，但桓温不听。直至行军至金乡时真的就因天旱而使水军不能继续前进。桓温命毛穆之开凿河道，引水入河让桓温水军得以继续前进，终成功进入黄河。

　　桓温的军队悍勇无比，很快晋军建威将军檀玄攻克湖陆，俘虏燕国宗室慕容忠。前燕下邳王慕容厉为征讨大都督和晋军战于黄墟，燕军大败，燕高平太守徐翻举郡降晋。晋邓遐和朱序又打败燕将傅颜。一时之间晋军北伐震动华北，桓温凭其威势，使得附近坞堡势力纷纷归附。七月，桓温进驻武阳，前燕豪强孙元率宗族起兵响应，桓温到达枋头，距离燕都邺城不足两百里。东晋大军连战连胜，此刻兵锋又接近都城，燕帝慕容暐和太傅慕容评十分恐惧，商议放弃河北，逃奔故都龙城。群臣都摄于桓温的威名，纷纷表示赞成。

　　前燕吴王慕容垂见到此番景象，心中大怒，连忙谏言道：“先祖们浴血奋战得来的土地怎能如此轻易放弃，臣请求率军迎战桓温，若战不捷，再走未迟！”。

　　自从慕容恪死后，燕帝慕容暐一直不让慕容垂掌兵，只是空有吴王的虚名留滞邺城，形同软禁一般。现在局面至此，慕容暐以及群臣都觉得慕容垂言之在理。于是册封慕容垂为南讨大都督，率镇南将军慕容德等人共五万大军抵御桓温。同时又派出使者去见苻坚，以虎牢以西的土地换取前秦援军。

　　得知前燕启用慕容垂后，桓温轻蔑的说道：“慕容垂虽然号称名将，但实际上只是寄父兄之名的黄口小儿而已，不足为惧！”。

　　桓温此次北伐，从姑熟一路向北，深入两千里，粮草供应是全军最重要的问题，而慕容垂也看出了这点。

　　为了解决粮草供应问题，桓温命令豫州刺史袁真，进攻谯郡、梁国，务必凿通石门，连接睢水与黄河，用以运粮。袁真成功的攻克了谯郡、梁国，但石门一时还未能凿开。慕容垂掌兵之后，立刻分兵一万五千给其弟征南将军慕容德，让他前往石门，不惜一切代价也要阻止袁真凿开石门。自己则亲率大军在枋头与桓温隔河对峙，这两位威震当世的名将终于狭路相逢了。

　　一月的对战，两军互有胜负，而慕容垂一直稳守黄河北岸，以逸待劳胜果更大一些，渐渐稳住了燕军的军心。而桓温的大军虽然出战不利，但是并没有多大的损失。

　　桓温见久战不胜，心中愤怒，平静过后计上心头，他准备率军佯装与慕容垂决战，实际上分兵绕过枋头渡河，直插慕容垂军的身后夹击燕军。

　　然而就在计谋已定，准备实施之时，石门会战晋军失利，袁真惨败慕容德的消息传到枋头。一时间，晋军陷入粮草即将断绝的境地，从而士气大丧，而燕军却因此军心大振！

　　桓温用兵素来严谨，他深知石门惨败，自己的粮食供应很快就要出问题了，如果还要继续北上，等到余粮用尽，后果将不堪设想。而此刻已是秋季，黄河水位下降，晋军巨大的战船都已搁浅，无法再驶离此地。于是九月十九日清晨，桓温突然下令烧毁战船，乘燕军不备从陆路朝南边撤离。

　　得知晋军撤走，燕军将士皆要求追击，慕容垂微笑的说道：“桓温初退惶恐，必然严设警备，留精兵为后拒，击之未必得胜，不如缓之。对方见到我们并未追击，必然昼夜疾趋，等到其士众力尽气衰，然后击之，定然取胜！”。慕容垂命人传令慕容德在襄邑设伏，并丢下大军，亲率八千轻骑兵远远的跟随着晋军南下，同时让人沿途传出风声，说慕容德已经在晋军南归的途中水道下满毒药。桓温为此，边撤便让士卒挖井取水饮用，这大大的消耗了晋军的士气。

　　果然不出所料，桓温退军途中，一直小心防备追袭。十多天后，晋军终于接近襄邑，离晋土不远，由于一直没有遭到追击，全军上下都放下心来，桓温也认为凭自己的威势慕容垂终究不敢追击，于是下令全军火速朝晋土赶去。

　　就在这时，慕容垂感到时机已到，决定收网。他一边派人联络早已埋伏好的慕容德军队，一边亲率八千轻骑兵火速追击。其实原本桓温的五万大军并未受到多少损失，按照军力对比来说，要两倍于燕军。但是面对归心似箭的军心士气，以及从天而至的燕军，晋军仓促应战，不久开始溃败。桓温亲自上阵，本想挽回败局，但突然身后慕容德伏兵大出，晋军被包围在中间，导致一败涂地，五万大军损失三万余人。

　　桓温率领剩余的晋军力战突围，在南归途中又受到趁火打劫的前秦邓羌、苟池的偷袭，再丢下万余具尸体。回到晋国之时，北伐大军只剩一万不到。

　　桓温征战一生，一直战无不胜，如今晚年遭遇惨败，英明大损，原本打算乘胜立威，回国篡位的企图也付之东流！

　　桓温北伐败于慕容垂之后，退至山阳，收集散卒，并将战败之罪委于袁真。他上疏朝廷，请废袁真为庶人。袁真不服，据寿春叛变，并暗中勾结前秦、前燕。

　　朝廷不但不敢追究桓温的兵败之责，还命侍中罗含带着牛酒到山阳犒劳桓温，并任命其子桓熙为豫州刺史。后来，桓温又移镇广陵。

　　太和五年二月，袁真病死，部将朱辅拥立其子袁瑾为豫州刺史。前燕、前秦都遣军援助袁瑾，桓温命部将竺瑶、矫阳之率军迎战。燕军先至，在武丘与竺瑶交战，结果大败而回。同年八月，桓温率二万军队攻打寿春，并筑起长围，将城池团团围困。袁瑾只得婴城固守，并向前秦求救。

　　太和六年，前秦将领王鉴、张蚝率军援救袁瑾，结果被桓温部将桓伊、桓石虔击败。不久，桓温攻破寿春，俘获袁瑾，将袁瑾、朱辅及其宗族数十人全部送往建康斩首。袁瑾妻女被赏赐将士，所侍养的数百乞活军则被活埋。从此，豫州彻底落入桓温之手。桓温的势力范围已经辐射整个建康周边。

　　桓温原打算乘着北伐前燕，取得巨大声望，然后回朝谋取九锡，接着篡位自立。没想到竟然遭遇大败，寿春平叛大胜之后，桓温向郗超询问道：“寿春大胜能洗刷孤枋头兵败之耻吗？”。

　　郗超明白桓温的意思，恭谨回答道“不能！”。桓温深深的叹息了起来。

　　郗超随即向桓温建言道：“主公要想立威，不一定要动用兵事，自古最能立威的不过行废立之事，主公可相仿伊尹、霍光之故事！”。

　　桓温闻言一惊，半晌后微微点头起来。

　　下定决心之后，桓温立刻行动。太和六年十一月，桓温带兵进入建康，一时间满朝惶恐。桓温威逼褚太后废除司马奕的帝位。他诬称司马奕因阳痿不能生育，让宠臣相龙、计好、朱炅宝等人与后宫美人私通，所生三子将冒充皇子建储为王。褚太后只得集百官于朝堂，商议此废立大事。废立君王乃是天大的事情，而且晋朝立国一百多年从来发生过废立之事，百官突然得知此事一个个战栗不已，其实就连站立丹陛之下的桓温自己也是汗流浃背，惊慌不定。不过箭在弦上不得不发，而且百官中也无人敢违逆桓温的意思，没有敢提出反对意见的人，桓温的党羽更是大力赞同，于是太后下诏废司马奕为东海王。

　　皇帝虽然废了，然而新帝的人选却是产生了争议，桓温的亲信们都认为应当迎立幼主方便控制，但是桓温心中却只想到了一个人，一个他的老友，多年来“相爱相杀”的知己，辅政的会稽王司马昱。

　　司马昱与桓温早年就以相熟，一直相交深厚，当年刘惔反对桓温担任荆州刺史，他却是桓温的支持者，可以说因为他，桓温才能入主荆州，才能有今天的威势。

　　司马昱任抚军将军时，一次与桓温一同上朝，二人多次互相谦让，要对方走在前面。桓温最后不得已只好在前，于是一面走一面说道：“末将手中虽然没有拿着兵器，但是仍然愿意为大王的先驱。”司马昱则回答道：“这就是所谓的无论大小臣子，身份尊卑都愿意追随明公身后！”。说完两人相视哈哈大笑起来。

　　后来桓温逐渐势大，不臣之心显露，司马昱为了祖宗社稷不得不多方压制，甚至请出殷浩加以制衡。后来又征召王、谢家族中的翘楚王坦之、谢安来与桓温抗衡。两人明争暗斗的例子不胜枚举。

　　如今的司马昱已经贵为辅政王，进位丞相、录尚书事，获得“入朝不趋，参拜不名，带剑着履上殿”的荣誉。但是突然降临的帝冕仍然让他措手不及，惶恐不安！

　　就在废帝的当日，桓温率百官到会稽王府奉迎司马昱，司马昱无奈从命，就在朝堂更换御服，但只戴平顶头巾，穿单衣，面朝东方流涕，叩拜接受皇帝的印玺绶带，当日便即位为帝，改年号咸安，史称简晋文帝。

　　当时苻坚已经在前秦即位称帝，得知桓温行废立之事后，不屑的说道：“桓温此前败于灞上，而今又败于枋头，十五年内两次使国家军队遭受重大打击。他不但不反思过错，向百姓谢罪，竟还废黜君主。六十岁的老叟如此举动，如何自容于天下？”。

　　司马昱虽然即位称帝，但是一直战战兢兢，担心被桓温废黜。桓温为此也写了书信，说明自己废黜旧帝是为江山社稷，但是仍然不能打消司马昱的担忧。他每次见到桓温都会流泪不止，诚惶诚恐。搞得桓温也战战兢兢，经常一句话也说不出，君臣相视良久，不知要言何事。后来郗超拜见简文帝，司马昱私底下问他桓温会不会再行废立之事，郗超用家族性命担保道：“大司马正在对内稳定国家，对外开拓江山，臣愿用全家百余口来担保，不会发生这样的事变。”。

　　但是桓温种种霸道的行为，还是让司马昱十分不满，却也无可奈何。他曾经酒醉后，私底下对谢安说道：“忠臣哀主荣，志士痛朝危！”，此时桓温在简文帝眼中已经如同乱臣贼子一般了。

　　然而废立只是开端，接下来桓温要做的就是清除朝中的反对势力，为自己称帝铺平道路。

　　当时朝中虽然人人畏惧桓温，但是内心不服，甚至反对者还是有很多的。对此桓温一个个加以剪除，就连当初提拔他的庾氏一族子弟很多都惨遭擒杀。

　　宗室显贵武陵王司马晞好习武事，又在朝中担任太宰重职，素为桓温所忌。桓温以“聚纳轻剽，苞藏亡命”为由弹劾司马晞，免去司马晞与其子司马综、司马护的官职，让他们返回封地。后来，桓温又逼新蔡王司马晃自首，称与司马晞、司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、散骑常侍庾柔等人谋反，将他们收付廷尉，请予诛杀。

　　剪除大臣的举动，简文帝司马昱虽然恼怒，但只能袖手旁观。可是如今动到了他的亲弟弟，司马昱再也坐不住了，不断驳回桓温的上疏。桓温毫不退缩，亲自找到简文帝继续争辩，司马昱愤怒的说道：“如果大司马认为晋室国祚还能长久，卿就按照朕的意思做。如果你认为晋室国运将尽，那么朕就退位让贤好了！”。桓温闻言惶恐，顿时汗流浃背，只得妥协。但是最终司马晞、司马晃还是被废为庶人，殷涓、庾倩、庾柔等人都被族诛。

　　其实简文帝继位不久，就进封桓温为相国，让他留京统领朝政，但是桓温不愿被困在建康，推辞不受，仍然回到驻地姑熟遥控朝政。不久简文帝再派王坦之招桓温入朝辅政，并加食邑一万户，桓温依然推辞不就。

　　咸安二年七月，简文帝病危，急召桓温入京，诏书恳切的言道“朕即将不久于世，卿赶快回来吧，这样我们还能相见，快来，快来！”。

　　然而桓温就是不动身，简文帝不得已一日之间连发四道诏书，桓温以年老多病，不堪受命为由，依然拒不入朝。其实桓温不入朝倒不是担心司马昱在将死之时会做困兽之斗，而是害怕皇帝临死之时再来个托孤之类的戏码，难道自己就要和当年诸葛亮一样立誓肝脑涂地效忠幼主？这个枷锁是桓温不愿意戴上的，他要的是那个帝座。

　　桓温不肯入朝，简文帝司马昱无奈在病榻上立下遗诏，诏书中让桓温效仿周公故事摄政，并真的向当年刘备托孤诸葛亮一样写道“少主可辅则辅，如不能辅，君自取之！”。

　　遗诏由内侍传出殿外，群臣皆惊，王坦之大怒，夺过内侍手中的遗诏，快步走入内殿之中。

　　王坦之乃是当时王氏宗族中的翘楚，才华横溢，仪表堂堂，年少时与郗超其名，曾担任过桓温的帐前司马，后来与谢安一起被当时还是丞相的司马昱征召入朝，用以对抗桓温。

　　王坦之来到龙塌之前，只是躬身行了一礼，然后当着简文帝面将遗诏撕毁。简文帝司马昱大惊，问道：“卿是何意？”。

　　王坦之面不改色的回道：“陛下的诏书，实在太过了，难道这是要让国吗，臣等不敢奉命！”。

　　躺在榻上的司马昱，微怒的叹息道：“司马氏的天下得来本就侥幸，如今朕这样安排，卿还有什么不满的吗？”。

　　王坦之据理力争道：“晋室的天下，不只是陛下的天下，更是宣帝懿，元帝睿的天下，陛下无权独断专行，拱手让人！”。

　　司马昱闻言又是一惊，良久之后微微点头，并让王坦之代其修改遗诏。结果不但“君可自取之”的言词没有了，就连摄政也改成了效仿诸葛亮、王导旧例辅政！

　　就在遗诏完成的当日，做了八个月傀儡皇帝的简文帝司马昱在东堂病逝，时年五十三岁，庙号太宗。

　　皇帝司马昱病死，桓温原本以为简文帝会禅位给自己，最不济也会让自己摄政，如今只得了个辅政的头衔，桓温大感失望，又愤怒异常，于是决定带兵入朝。

　　简文帝驾崩后，群臣惧于桓温，不敢拥立太子，都认为应请桓温决定。尚书仆射王彪之极力反对，太子司马曜方才得以继位，这就是后来的晋孝武帝。褚太后认为孝武帝年幼，且正在居丧期间，再次提议让桓温摄政，幸好再被王彪之阻止。

　　不久桓温即将带兵进京的消息传入建康，朝廷内外都非常恐惧，一时间流言四起。众人都认为桓温是奔着颠覆晋室，清洗朝堂，铲除王、谢宗族而来。

　　朝廷赶忙命令王坦之、谢安率领文武百官前往建康城外西南边的新亭迎接。不久桓温大军果然到来，并驻扎在新亭，王坦之、谢安奉命入账拜见。

　　前日撕毁诏书，正义凛然的王坦之，此时因为畏惧桓温，竟然惶惶不安起来，并问谢安有何应对之策。谢安神色如常，正声道：“晋室存亡，皆在此一行！”，于是拉着王坦之的手进入帐中。

　　谢安乃是谢氏家族中最出色的人物，被誉为江左风流。年幼时便风采秀达，敏捷聪慧，诗赋音律无一不精。少时便以清谈闻名，屡次辞去朝廷的征召，整日与名士贤者寄情于山水之间。后来谢氏一族在朝中人才凋零，加上朝局多艰，才接受司马昱的征召，入朝辅政，担任侍中、中护军一职。

　　桓温高坐帅位，不威自怒，默不作声的盯着进入帐中的王、谢两人。王坦之吓得汗流浃背，就连上朝的手板都拿倒了。

　　而谢安却举止如常，一副泰然自若的神情。只见他环顾了一下帅帐，悠然言道：“微臣闻言，诸侯有道，守在四方，大司马为何却在帐后埋伏军士呢？”。原来桓温确有擒杀二人的想法，于是在帐后埋伏了刀斧手，只待他的令下，就要冲入拿人。

　　桓温听到谢安如此说，又见他确是风采出众，也不禁惜才起来。于是哈哈大笑道：“卿说的不错，正是不能如此！”，然后下令撤去帐外军士。

　　桓温进入建康后并没有像众人想的那样血洗朝堂，年幼的孝武帝与太后一起请求桓温留朝辅政，并加其前部羽葆鼓吹，赐武贲六十人。桓温拒不受命，他正在筹划着如何改朝换代。

　　进京不久后，桓温率领群臣拜谒了简文帝的皇陵。想到曾经的老友，自己一手扶持的九五之尊，那个亦敌亦友的伙伴已经去世，年迈的他突然情难自已的痛哭起来。谁知当夜桓温突然病重，精神恍惚的他屡屡对着空中跪拜，并高呼“臣不敢，臣不敢！”。

　　因为突然病重，桓温篡位的图谋再次落空，只得由马车拉着回到驻地姑熟。

　　桓温的病情一直不能好转，他自己清楚篡位称帝已经再无可能了，但他仍然想让朝廷赐予他九锡之礼，完成他作为人臣奋斗中最高的荣光。

　　桓温不断派人前往朝廷，逼迫朝廷赐九锡，朝廷无奈，让袁宏撰写锡文。谢安、王坦之已经得知桓温病重将不久于人世，于是一直以锡文不好，需要修改为由加以拖延，谢安甚至数次撕毁袁宏的锡文，让他重写。如此一来，十几日加九锡的锡文都没有能够写就。

　　但是苦苦等待的桓温却没有时间了，宁康元年七月，一代枭雄桓温终于在姑熟病逝，时年六十二岁，死前仍然没有等到朝廷的九锡。临死之前，桓温让其弟桓冲统帅其众，接替自己担任荆州刺史一职，并把自己南郡公的爵位让其幼子桓玄继承。

　　不久朝廷追赠桓温为丞相，谥号宣武。桓温少年闻名，凭自己的奋斗一路达到人臣的巅峰。他剿灭成汉、平定叛乱、三次北伐皆威震天下，一直是当世声名最盛的人物。后人赞扬他“桓温弱冠雄姿，因平蜀之声势，步入咸关，野战洛、邺。雄才盖世，勋高一时，移鼎之业已成，天人之望将改。”。也有人贬低他“桓温败绩枋头，仅得寿春之捷，何足盖愆，乃反欲仿行伊霍，入朝废主，真咄咄怪事！温无以异于贼。论者恶其不臣，是也，天下之义伸也。”。

　　不管如何，抛开君君臣臣的纲常不论，桓温一生是辉煌的一生，也是奋斗的一生。他为父报仇，少年成名，一生征战胜多败少，是难得的军事天才。而且他推行土断，上疏朝廷改革弊政，又能不拘一格提拔人才，着实是一位极为出色的人中之杰。

　　桓温那句“既不能流芳百世，不足复遗臭万载”经典语录，正是他充满争议一生体现。然而桓温至死都念念不忘的九五尊位却在三十年后由其幼子桓玄帮他完成了。