刘毅烧掉了桓玄的战船，率军乘船赶往江陵。由于风向突然发生了改变，战船行驶异常缓慢。刘毅见大功即将告成，索性传令下去，在风向转变前大摆筵席犒劳三军。
一天，在江陵东躲西藏的昔日振武将军桓振收到了一封来自故将王稚徽的密信，信上说：“桓歆已攻克京邑，冯稚已攻克寻阳，刘毅的人马都被打败了！”桓振把密信展示给大家，旧部争相传看，颇受鼓舞，很快聚集了二百多人。他们在桓振的指挥下，拿了武器趁着夜色掩护，向江陵的城池扑去。
桓振武艺超群，擅长军事，负责晋安帝守卫的王康产、王腾之根本不是对手，还没扑腾几下就死了。
桓振跃马持矛，径直冲进司马德宗的行宫，大声问道：“桓玄之子桓升何在？”
司马德宗闻声走出来，战战兢兢地回答说：“据说已经被处死了！”
桓振怒目而视，厉声质问道：“桓氏一族有功于社稷，哪里有做得不对的地方？你们为什么要赶尽杀绝，连小孩都不放过？”
琅琊王司马德文旁边插话道：“将军言过了。我们司马家早已有名无实，自身难保，将军难道不知道吗？！处死桓升这事，确实不能怪我们！”
桓振理屈词穷，举戈便刺，“既然如此，我要杀了你这个没用的东西！”
桓谦闻讯赶来，慌忙拦住桓振的长矛，一迭连声道：“将军不可，将军不可！”
桓振冷静下来，心想心高气傲的桓玄就是因为僭越皇位，才身首异处，晋安帝虽然貌似是个傻子，可在大家心里还是个皇帝。于是翻身下马，一本正经地向皇帝行跪拜之礼，然后起身告辞。
第二天桓振为桓玄隆重地举行了丧葬仪式，赠谥号为武悼皇帝。
第三天，桓谦等人把玉玺还给安帝说：“主上是想效法尧禅位于舜才那样做，如今桓玄已经去世了，楚朝也就不复存在了，你依然是晋朝的皇帝。”
于是晋安帝下旨，任命司马德文兼领徐州刺史，桓振为都督八州诸军事、荆州刺史，桓谦复任侍中、卫将军，加授江、豫二州刺史，皇帝左右侍御，都是桓振心腹。
一个朝廷看着有模有样的，但只是在江陵这个小范围内，几个人摆弄着一个傻子在自导自演自说自话。桓振唉声叹气地说：“桓公当年不早用我，致有今日之败。假使公在，我为前锋，天下何愁不定也。如今我孤身一人，能走到哪一步呢？”于是纵情声色，动不动就杀人泄愤。
桓谦忍不住劝说道：“刘毅近在咫尺，你不主动出击，难道要坐以待毙吗？”桓振斜眼看着桓谦一言不发，心里说：“你懂个屁呀！”
得知桓振重夺江陵，刘毅捶胸顿脚，悔不当初。于是赶紧停止了庆功宴，又赶忙领兵作战。
他首先攻克巴陵，将散布虚假消息的王稚徽斩杀。何无忌、刘道规接连打败了桓谦、桓蔚，刘裕军队逼近江陵。
看着刘毅咄咄逼人的攻势，桓振纹丝不动，静待战机。一天，他让冯该设伏于树林中，自己进击驻扎在江陵城西灵溪的何无忌军队。
交战之初，桓振佯装战败，何无忌不知深浅，贸然追击，中了埋伏，被杀掉一千多人，打破了北府兵战无不胜的神话。
由此，桓振率领的荆州军声势大振，刘毅与何无忌、刘道规为避锋芒，只得收兵退回寻阳。刘裕知道后非常气愤，免去统帅刘毅青州刺史一职，以示惩戒。
桓振一鼓作气又打败了东进的益州军，斩了益州将领柳约之。但同时盘踞西南的毛璩攻克汉中，斩了梁州刺史桓希。
在建康发号施令的刘裕不可能让桓振在江陵挟天子以令诸侯，于是马不停蹄，兵分两路夹击江陵。
一路以刘毅为主帅，刘敬宣增援，沿长江西进，接连攻克了鲁山城、偃月垒、巴陵，打败桓家老将冯该；另一路由南阳太守鲁宗之指挥，南下进攻襄阳，雍州刺史桓蔚一看来势凶猛，仓皇弃城逃回江陵。
桓振审时度势，从江陵出发，进攻刘毅。刘毅却紧闭城门，一连几天，挂出了免战牌。鲁宗之乘桓振南出的机会，大败桓家军将领温楷，将兵锋推进到纪南。
桓振派人去见刘毅说：“如果把荆、江二州的地盘给他，他可以把皇帝送回建康。”
刘毅说：“废什么话！”。桓振只好收兵，然后命桓谦、冯该防守江陵，自率大军北上进攻鲁宗之。
桓振一走远，刘毅立即挥军出击，大败冯该于豫章口。守城的桓谦慌忙和桓蔚、桓怡等桓家兄弟，以及何澹之、温楷等将一起弃城出逃，江陵又回到了刘毅手中。皇帝司马德宗和琅琊王司马德文兄弟也落到了刘毅手里。
桓振打仗就是厉害，鲁宗之大败。桓振得胜后连忙收兵回江陵，遥望城头火光冲天，知道江陵已经沦陷。
江陵城里有大家伙的妻儿老小，桓振军队军心开始瓦解，最后一哄而散，任凭桓振怎样怒喝都无济于事。
桓玄的老臣卞范之，城陷时被俘，随后被斩首；老将冯该，在石城被刘怀肃抓住，就地处决。
桓振带着为数不多的士兵，又打了两个月的游击，重新打回来，赶走新上任的荆州刺史司马休之，再次夺回了江陵！
刘怀肃和刘毅的军队闻讯先后杀到，与桓振决战于江陵之北的沙桥。
桓振毫不胆怯，他仰头把一坛子酒一口气喝下，借着酒劲，向敌军冲杀过去，他杀红了眼睛，左冲右突，几乎无人能挡！
然而大势已去，面对如潮的如狼似虎的北府兵将士，他单枪匹马，孤军奋战，在身中数箭，精疲力尽后，还是被刘毅的部将唐兴无情地斩杀。
桓振死后，桓家再无抵抗。桓胤因是桓冲的长孙被赦免，狡猾的桓谦几经辗转，居然投奔了后秦。辉煌一时的东晋桓氏终于彻底画上了句号。