在大洪灾爆发后，瘟疫也暴发开来。
漆黑暗淡的天空下，暴雨交织，陆地被雨水淹没，成为一片海洋，当初的部落已不复存在。
为了给感染瘟疫的人治病，尧命令人族强者们采集圣药和凡草，按照神农传下的粗略草药信息，将几种有记录的凡草和圣药搭配起来，煮水分给病人饮用，希望能缓解病情。
起初时的汤水毫无效果，但随着试验的次数的增多，汤水也渐渐能起点作用，稍微缓解病人的痛苦，减缓死亡时间，但始终无法治愈病人，让尧忧心忡忡，夜不能寐。
瘟疫之下，老人和小孩最先死去，而后青少年也慢慢出现症状，头晕，发热和出汗不一而足，因为无法治疗青少年开始出现吐血，拉肚子和消瘦，尧看着他们无神的眼睛空洞的望着天空，直到死亡，这一幕让尧心痛不止。
羿在一旁扶着尧，自从嫦离开后，心怀愧疚的他就成为尧的义子。
他们一起巡视着人族的居所，望着那一颗颗高大树木的身下，搭建着几排木屋，心生希望。
木屋是人族强者刚刚建造的，木质的地板依靠在树干上，远离潮湿的地面，勉强能遮风挡雨，维持干燥，因为在抗争疫病时，尧发现干燥可以很好的减少患病人数，便吩咐修士们为同族修建木屋。
久经浸泡的地表上，泥土烂成粥，耕地生产不出粮食，积攒的食物早已吃完，如今人族能食以果腹的只有青涩的野果和偶尔猎杀到的鱼或野兽，好在修士可以减少进食，但他们体内的能量也所剩不多。
巡视完后，尧回到山顶的观察所，望着曾经的丘陵现在是一片大泽，手中拿着搜猎队刚送来的圣药，吸取着它积聚的能量，以前直接服用的圣药，如今也得先借用它吸附天地能量的能力，等它死亡后再服食。
看够漫漫江水，尧收拾心情，拿起身边的一小块石头，带进观察所，和之前拿的放在一起，坐在地上一块一块的计着数，期待着女娲能尽快将天空补上。
灾后三年的一天，随着一声划破天际的巨响，天上的乌云顷刻间消散得无隐无踪，霞光四散，映出道道彩虹，尧含泪看着这一切，所有人在此刻都大声哭喊，宣泄着绝望和悲伤，三年内，身边死去的人实在太多，他们的尸骨堆在水底，腐肉任鱼啃食，让活人无时无刻不害怕。
没有了吴浩宇的操纵，水位自然地日渐下降，终于在几天后露出堆满淤泥的陆地，上面还有未曾随水逃离的乌龟和鱼虾，面黄肌瘦的人们在吃了三年的素食后，榨干体内最后的力量抓起它们，洗一洗就想往嘴里送，不过在尧的命令下，他们还是忍着饥饿，找修士们能量加热，熟透后才食用，因为人们见过生吃鱼虾被虫子吃空身体的人。
女娲在和吴浩宇商量后补好了天，但她实在不好意思再见到人族，但人族并不知道灾祸的根源，只觉得是女娲拯救了他们，故而想要将女娲天天跪拜，于是第一座女娲庙就此诞生。
不久后，尧逝去，族中长者舜继位。
在舜的带领下，历经五十余年，人族生活重回正轨。
一日，舜召集族内长者，商量为人族的未来做些什么。
洪灾时期，搜猎队的带头人，禹，建议舜，挖宽黄河河道来减少水患，他的父亲鲧也支持他，于是舜便任命他们父子防治水患。
禹领命后，带领一众修士探测黄河下游全貌。
一日，禹在入海口处发现一群大鸟不停的从别处叼来石头，扔进海中，有些不解，修士中有曾经移山的悄悄告诉禹，他移山时也见此番景象，禹悄悄记下。
在走遍黄河南岸后，禹从北岸回到部落，一路上定下治水计划。
一到部落，禹便向舜讨要修士，并言明只需五年，便可根治，舜稍作思量便同意了禹的请求。
其后，禹带着人族近九成的修士，以能量为力，法则为锄，拓宽着黄河的河道。
人间的一切，吴浩宇都看在眼里，当他用法则将流逝的洪水加以补充时，心中也会有不忍，但是为了维持历史不被改变，未来的自己能按时出生，他硬是狠下心来，祸害同族。
不过吴浩宇做不到那么绝，于是三年期限未到，他便提前终止了行云布雨，更是打算日后用人族的风调雨顺来慰藉自己不安的良心。
见到禹开始治水，人族元气开始恢复，他的心思也跟着活络起来，思考着以后对于自己的安排，在想到封神演义后，吴浩宇才发现自己没有一件像样的法宝，于是开始试验着去炼制法宝。
此刻，他的动物实验也已经做完，第一批长有经络的动物已经在灾后被他投放到人间各处。
治水五年后，黄河中下游拓宽将近一倍，河水被束缚在河道内，不再漫上两岸，人民安居乐业。
又十年，舜日渐衰老，便让禹代为管理同族。
于是人族在禹的带领下，迎来第二次兴盛。
禹是一位聪慧，勤劳和乐于实践的部落首领。他改良文字，在之前的少数和生活相关的动词，名词和一些表示情感的形容词的基础上，增添大量描述草木的名词和形容词，更是天马行空的提出介词“之”，“乎”，“者”，“也”等，将原本需要通过手势和断断续续的字表达出的意思，改良为只需要连续的语句便能表达。
他编纂医典，在神农刻写的植物信息后，添加上后来实践检验过的药方，命名为“神农本草经”。
他提出将修士与凡人分开管理的想法，并付诸于实践，提高了劳动效率。
舜感受到禹治理下的人族充满希望，对比他治理的有过之而无不及，于是将首领的位置让给了禹。
在舜退位的那天，九圣全部到场，作为见证，除帝俊看见羿后心情极差，女娲看见禹后有口难言之外，其余宾主尽欢。
堂间，禹提起那只搬石填海的鸟，向九圣请教，帝俊想起吴浩宇吩咐之事，便故意将精卫填海的故事讲给禹听，禹听后也有感于精卫之情，便把此事传与众修士，并吩咐莫要伤它性命，而后八圣因好奇私下追问帝俊，帝俊只好将师父安排如实回答，一时间紫璜，女娲二女面面相觑。
禹成为首领后，为更好的帮助没有修为的平民，在各村建修士所，让修士传授知识并帮助平民解决困难。
起初修士按照禹的吩咐行事，可时日一久，加上禹疏于对他们的管理，有些修士因为担心修为被平民超过，便暗下不再传授知识。
禹察觉到后，起初想要惩罚这些阳奉阴违的修士，但在见到村中平民无需为采集圣药修炼耗费心力，日出而作，日落而息，生活安康便觉得这样也挺好。
当这种做法在禹的默认下传遍所有村落后，一些别有用心的修士开始一心修炼，让族中子弟去平民家收取日常所需的食物，名为保护他们的物资，由于不通世事，平民竟然信以为真，无人反对，争相从家中拿出余粮。
开始时修士子弟出于愧疚并不全拿，只敢拿一小部分，而后发现平民实在愚蠢，便加大力度，收取平民每家总收入的十分之三左右，而平民从来都不拒绝，让他们更加肆无忌惮。
禹听闻收取保护物资后，对这些子弟和修士进行了严厉的处罚，让他们将索取之物偿还给平民，并再拿出等同的物资赔偿。
修士们按照禹所说的做了，禹便将此事揭过，可禹不知道贪欲和懒惰一旦开了头，至死都不会休止。